因為馬尾藻海非常平靜，而且生物也很少，所以人們稱馬尾藻海為海中沙漠。科學家們經過證實，認為有很多生物生活在馬尾藻海中。大西洋有超過1/3的浮遊生物生活在這裏，還有歐洲鰻魚萬裏迢迢從歐洲海岸沿灣流來此繁殖產卵，雖然這些鰻魚來自不同的河流，但是馬尾藻海卻是它們的樂土。馬尾藻海有豐富的浮遊生物，這是鰻魚們豐富的食物，水流的平靜使這裏成為寧靜的港灣，繁殖期的鰻魚在這裏可以平安快樂地生活，所以它們年年樂此不疲地準時到來。
海龜是馬尾藻海的土著
海龜是馬尾藻海的土著，它們同鰻魚一樣享受著這裏的生活，難怪一百年前從這裏經過的水手們曾經說過，在馬尾藻中看不到別的生物，除了海龜還是海龜。1503年，哥倫布曾航行於馬尾藻海上，他對遍布於開曼群島海灘的海龜非常驚訝。現在馬尾藻海已經成為一個海龜天堂，為人類保存了豐富的物種。科學家們對馬尾藻的海龜進行了統計，得知今日的海龜種群數目還不及從前的6%，還有許多海龜正處於瀕危邊緣，若再不加以保護，它們很可能從這個世界上消失。科學家們對2500隻位於馬尾藻海的綠海龜加以標記，在進行了一段時間的跟蹤觀察後指出：“馬尾海藻是非常重要的，它是那些需要花五十年的時間才能逐漸發育成熟的幼年海龜們至為關鍵的棲息地。”
植物界的低等類型是藻類，它們有18000種之多，分別屬於綠藻類、輪藻類、矽藻類、金藻類、紅藻類和褐藻類。藻類具有細胞壁，其成分是纖維素，這是它們作為植物的特征。藻類的分布範圍非常廣，在地球上的各種水域中都可以看到它們的蹤影。
綠藻的種類繁多、分布廣闊，它們是地球上各種水域中最主要的初級生產者。綠藻是較為原始的單細胞植物，它們有兩條能夠自由運動的鞭毛，以營養細胞進行繁殖。綠藻廣泛分布在流速較緩、水深較淺的淡水水域裏，海洋中也有少量存在，但是海洋中的綠藻不如淡水中的旺盛。綠藻有各種各樣的形態，如單細胞形態的衣藻、原球藻、綠球藻等，多細胞形態的水綿、柵列藻、空球藻、水網藻、團藻等，細胞群形態的石蓴、滸苔等。綠藻和高等植物的光合色素和光合片層的結構蛋白是一樣的，因此科學家們認為綠藻是高等生物的起源，它利用陽光和水中的無機營養成分，以光合作用將二氧化碳合成有機物，在生態係統的能量流動和物質循環中起到重要作用。
輪藻與綠藻所含的色素和同化產物相同，藻體的中軸部分明顯分化為節與節間，每個節上有小枝和側枝生長出來。它具有較為發達的性生殖器官，在小枝上有藏精器和藏卵器分布，其地下假根可進行營養繁殖。輪藻多叢生在水底、淡水和半鹹水中，稻田、沼澤、池塘和湖泊中也有生長，在鈣質豐富的硬水和透明度較高的水體中生長得尤其旺盛。
矽藻的細胞壁含有矽質，整個細胞通常由兩片蓋在一起的殼片組成，看起來如同一個小盒子。矽藻的繁殖能力很強，光合作用能力也很強，因此它們是水域的重要生產者。海洋矽藻在海洋中發揮著非常大的作用，它們的繁殖受到季節的影響。在矽藻的細胞殼片上，有大量矽質沉積，它們形成了各種花紋。由於矽藻殼中有大量不能溶解或不能消化的矽酸鈣和二氧化矽等矽質物，所以它們死後會將大量藻殼遺留在海底，堆積後形成了矽藻土。矽藻有很多種類，但都是單細胞的浮遊植物或底棲植物。
金藻是一種類型多樣的藻類植物，其繁殖方法為細胞縱分裂形成2個子體細胞。藻體多數是單細胞或集成群體，浮遊或附著生長在其他生物之上。由於該藻類具有金褐色的載色體，除含葉綠素外，還具有很多類胡蘿卜素，所以經常呈現出金黃色。金藻門約有200屬1000多種，中國大約有30種金藻，它們大都分布於清潔的貧營養型淡水中，也有的生於半鹹水或海水中，春天、冬天和晚秋等季節生長得最為旺盛。魚鱗藻和錐囊藻等是金藻的代表，它們可以作為貧營養型水體的指示生物。
紅藻的細胞內有載色體，其中含有葉綠素a和b，還有α胡蘿卜素、葉黃素和大量的藻紅素。以上的色素在不同紅藻中的含量和組合都有所不同，這使得藻體呈現紫色、紫紅色和紅色等不同的顏色，其中藻紅素是紅藻所特有的。紫菜是我們經常食用的植物，石花菜主要用於製造瓊脂，它們都是紅藻。紅藻的藻體形狀很多，有的是絲狀，有的是片狀，有的是樹枝狀，它們絕大多數生活在海裏，細胞有較為堅固的細胞壁，其中纖維素成分較多，細胞群體有膠質包裹，這個結構使它們能夠更加健康和快速地成長。