欲壑難填的希特勒在攫取到捷克斯洛伐克以後，繼續向波蘭燃起戰火。人們本能地預感到，丹麥和北歐的其他國家也在劫難逃。此時的墨索裏尼也粉墨登場，出兵占領了阿爾巴尼亞。
眼見歐洲一步步陷入災難的深淵，玻爾憂心如焚。他焦急地在房間裏踱著步子，不停地思索著一個問題：“我該為災難的歐洲做點什麼？”此時，他已來普林斯頓大學講學3個月了，恰逢風雲突變。
桌上擺滿了美國各名牌大學的邀請信，信中邀請玻爾長期留居美國，甚至要他把家也搬到美國來，不要再回到危險的丹麥去了。玻爾不為所動，他一一地回絕了這些盛情邀請。
玻爾認為，要他離開祖國，離開他的研究所，置同胞的災難於不顧，在異國他鄉享受所謂的幸福和安寧，這無異於斬斷他的血脈！
“我必須回到丹麥去”，玻爾對美國朋友說：“我不僅要回去維持研究所的所有工作，還要在丹麥為逃離納粹占領區的科學家敞開大門。我們的研究所現在對這些人來說，是有限的幾條出路之一。”
為了他的祖國，為了人類科學事業的興旺發達，玻爾不顧個人安危，毅然回到了他熱戀的故土。
1939年夏天的哥本哈根，天氣比較炎熱，而人們焦慮的心情比炎熱的夏季還要強烈。玻爾每天都要收聽電台的新聞節目，密切注視著戰爭形勢的發展。
這時，他的研究所也成了接待逃難科學家的營地。玻爾為了使這些蒙受種種苦難的科學家快慰一些，他想盡了各種辦法。政府獎勵他的榮譽樓此時也成了招待所，瑪格麗特不停地招呼著客人。
為了給科學家們尋找到安全之地，玻爾還特意去了一趟中立國瑞典，為他們找到了一些合適的職位。
玻爾對科學家們的前途、事業乃至安全一直是關心有加的。他沒有任何種族偏見，隻要是人才，他就會不惜一切地幫助和保護，讓其為人類的科學事業發揮出全部的光和熱。
早在1933年，希特勒製造了臭名昭著的“國會縱火案”時，玻爾就意識到了問題的嚴重性，希特勒大搞種族歧視政策，迫害猶太人，對內實行恐怖統治，使德國許多優秀的科學家身陷困境。
對此，玻爾知道該采取怎樣的行動幫助他們。他要求去德國訪問，表麵上是參觀大學，實際上是檢查科學家們的安全狀況，調查有多少人可能在種族法下失掉工作，以便將他們轉移到安全的地方。
為了迎接從各地逃往丹麥的科學家，1933年，玻爾還和他的弟弟——著名數學家海拉德及其他幾個人組成了“丹麥支援外逃知識分子委員會”，向世界各地的朋友和同行發出求職信，為逃離納粹恐怖的科學家們尋找工作。
像弗利什、海烏希、弗蘭克和波拉柴科等人都曾在玻爾的保護下得以安全地轉移。
德國占領丹麥後，玻爾一直同法西斯分子進行著頑強的鬥爭，留下許多感人肺腑的故事。後來，他獲悉德國已簽署了逮捕他和他的弟弟的命令後，便在朋友們的幫助下，來到了斯德哥爾摩。
此番到達斯德哥爾摩，玻爾肩負著丹麥地下組織的特殊使命——要求瑞典政府接收丹麥的猶太難民。因為丹麥有7000猶太人也正麵臨著被殺戮的危險。
玻爾一到瑞典，不顧隨時有被特務暗殺的危險，急切地奔走於瑞典的軍界和政界，敦促瑞典政府采取一切可能的步驟，阻止納粹對丹麥人進行有預謀的迫害。
在玻爾的努力下，瑞典駐德國的大使作出了應有的反應，但納粹德國不予理會。
大批猶太人被納粹抓走，他們被驅趕到了哥本哈根的輪船上，準備送往德國集中營。
玻爾一麵積極建議瑞典政府要求德國把船隻開到瑞典來，由瑞典政府負責在戰爭期間拘留這些猶太人，一麵通過各種渠道拜見了瑞典國王。
他向國王痛訴祖國的不幸，熱情讚揚瑞典的人道，希望國王為丹麥幾千同胞的生命盡最大的努力——以個人名義向希特勒提出呼籲，表示瑞典願意接收丹麥的猶太難民。
麵對這位偉大的科學家的至誠至愛，瑞典國王被深深地打動了。當天夜裏，就播出一條聲明，建議納粹將囚船改道駛往瑞典。
然而，納粹德國依然和往常一樣，傲慢地拒絕了這一建議。不過，瑞典政府卻積極行動起來，幫助丹麥的地下組織用小船營救難民。
最後，有6000人被安全運往瑞典，隻有43人死於納粹的集中營中。
尼爾斯·玻爾冒著生命危險拯救了幾千同胞。在丹麥人的心中，他不隻是一位睿智蓋世的科學家，而且還是一位有勇有謀的英雄豪傑。