自1570年底，瑪麗住在設菲爾德堡。直到諾福克死後幾周，她才得知他已不在人世。時代在與她作對，一切嚐試與她對表姐建立友好關係的努力都失敗了。瑪麗既不再寫低三下四的信，也不再贈送小禮物，隻有她嫻熟掌握的女紅活才能在大部分時間撫慰她。出於費用原因，這位高貴的女囚被迫減少了她的仆人。外界的情況折磨著她，使剛滿30歲的她漸漸虛弱下來。她的美貌消失了，頭發脫落，從此戴著一頂假發。她忍受著風濕病帶來的痛苦，在監視下，被允許去巴克斯頓療養了幾次。在此期間，她在蘇格蘭最後的一批支持者臣服於新政權。喬治·布坎南，她兒子的老師，甚至被允許出版一本咒罵前女王的書，內中收錄了所有據稱給博思韋爾的情書。瑪麗無法替自己辯護。她越來越絕望。她想念著兒子。像她自己一樣，他也在斯特林堡長大，接受教育——新教式的。她驚駭地獲悉這一點。而且各方麵都告訴他，他母親是個謀殺犯。瑪麗寫給他的充滿溫情的信被截下。對詹姆斯來說，母親已經死了。兒子留給瑪麗的，隻是一幅袖珍小像，嵌在一隻橢圓形的金框裏，以及一個希望：某天他將來到，拯救母親。但是詹姆斯並非瑪麗夢想的那個忠心地愛著母親的男孩。他從未表現過關心和同情她的命運，而對於已經成人的他來說，有權得到蘇格蘭王冠的母親顯得是個競爭對手。瑪麗曾建議共同執政，以換取自由，這一努力卻由於兒子的自私而失敗。
以前那麼驕傲的蘇格蘭女王現在還剩了些什麼?莫裏勳爵，瑪麗的繼兄，1570年在林利思戈成為一起謀殺案的犧牲品。詹姆斯·博思韋爾，瑪麗的丈夫，在卡伯利山一役失敗後，逃往丹麥，在那兒由於幾年前的一樁引誘少女案被判刑。帶著鎖鏈的伯爵最終精神錯亂，1578年悲慘地死去。在瑪麗這一時期的私人信件和文獻資料中，沒有發現她關於此事的隻言片語。根據一切表象，這個從前令她心碎的男人已不再使她感興趣了。1584年秋，她不得不離開設菲爾德堡。她重被帶到溫菲爾德，在上了鎖的門後度日。後來又來到令人厭惡的圖特伯勒——在這座潮濕漏風的城堡裏，瑪麗大部分時間病懨懨地躺在床上。然後，1585年聖誕夜，人們把她帶到破敗的查特利堡。
眾多為了營救瑪麗、反對伊麗莎白的密謀迫使英國宮廷不得不對蘇格蘭女王作出最終判決。英國宮廷考慮之後緊跟著行動，大部分是紙上談兵。議會頒布一項新法令，所謂的“聯盟之約”，其中寫道：。通過在上帝麵前宣誓，我們有義務處死每一個人，不管他來自哪一階層，隻要有人為了他，企圖謀刺最神聖的女王陛下。””明白地說：無論是誰，隻要謀求反對英女王或者被人知道有此計劃，就會被判處死刑。附加條款規定，如果英王被謀殺，那麼瑪麗·斯圖亞特和她的後代就會失去那種登上英國王位的權利，這顯然說明，這項法令是針對誰的。瑪麗的日子屈指可數了。雖然伊麗莎白一如既往地拒絕以謀反罪審判她，但她的敵人們隻需最後一項證據，以鏟除這個累贅的女囚。它是可以被製造的。這個以此為目的密謀的背後操縱者是弗朗西斯·沃爾辛厄姆閣下，一位陰謀大師，他成功地在瑪麗的西班牙和法國顧問中安置了間諜，已發現了三起為了營救瑪麗而策劃的密謀。1586年春，他為她設下了最後一個陷阱。假稱為了優待她，他建議法國駐倫敦大使作瑪麗秘密信件的中間人，卻拒絕自己親自為她做這一切。查特利的一個啤酒供應商被賄賂，來傳遞給瑪麗和從瑪麗手中寫出的信。突然，這個國王囚犯重新有了活躍的通信網。她接到各種信件，它們的發信人信誓旦旦地許諾對她的忠誠和擁護。信中向她建議，向安東尼·巴賓頓閣下求援，他能幫她獲得自由。瑪麗所不知道的是，巴賓頓閣下隻是沃爾辛厄姆的一件別人不知道的工具。他熟練地通過中間人，引導著整件事發展成為一件針對伊麗莎白的謀反行動。1586年7月6日，巴賓頓在信中請求瑪麗告訴他，哪些有影響力的人能夠在西班牙人——他們將前來解救瑪麗——登陸英格蘭後，支持他們。信中還說，伊麗莎白應被幹掉，英格蘭要宣布瑪麗成為女王，天主教會重新被奉為國教。7月17日，瑪麗毫不懷疑是他向秘書口授了回信，於是掉進了陷阱。信件被截獲並轉交給沃爾辛厄姆，後者沒有絲毫延誤，立刻將信交給了伊麗莎白。英女王既震驚又害怕，馬上準備行動。所有被提到名字的謀反者全被處死。瑪麗——迄今為止似乎隻是拘留待審——被正式逮捕，人們首先把她關押在蒂克撤，然後轉到福瑟臨黑。女王似乎已經預感到了她的結局。她內心平靜地開始打點一切。由於死亡已不可避免，那麼它最起碼應該在曆史上記下一筆。死亡作為勝利——瑪麗開始自信她的故事會成為傳奇。“至於我，我已經決定，為了我的信仰走向死亡……在上帝的幫助下，我將帶著天主教信仰去死。”9月，她在寫給法國的表兄的信中這麼說。