地球曆34370年，曆經多次的倒退和大災難，人類文明發展到了一個前所未有的高度。
同時，太陽也到了恒星的壽命終點，開始向紅巨星轉變，受其影響地球的環境變得日益惡劣並毀滅在即，於是人類準備開始遠行，去尋找新的星球居住。
為此人類用地球上剩餘的資源完成了數個方舟，每個的容納量以最小棲息麵積和最小種群數量的兩倍為基準，並選擇符合標準的人登上方舟，帶上人類的文化瑰寶和部分生物以及大部分地球生物的基因種子。
每個方舟都有一個預想的航向，將駛向預期中會存在可供人類生存的行星的星係。
幾百地球年後，方舟開始陸續起飛，從此開始宇宙曆記年，不過因不同的方舟起飛的時間不同，所以每艘方舟的紀年方式也有所不同。
當人類在太空中航行了二百多年後，到達了太陽係邊緣的奧爾特雲。在通過奧爾特雲的過程中，人類發現了ghost的存在。
對於這個不速之客，ghost開始向Sephiroth發動攻擊，人類損失慘重。
為了讓人類不至於滅絕，Sephiroth的創造處開始進行代替人類戰鬥的人造人的研究，並配合研發克製ghost的武器。
在奧爾特雲中的黑暗時代隨之到來……
本作人物：
1、Matarael（雨）：猶太教神秘主義中所傳說的雨之天使，屬於具體現象之類，位列在八級使徒，基本配備，激光槍、等離子劍。現任本體雨，工作年齡15，額頭上嵌有水藍色的晶體，為人和善喜歡開玩笑，對於Angel們的狀況不滿但是無奈。
2、碧落，23歲，雨的專屬整備員、好朋友（？），從進入整備員工作之後就喜歡上了雨。剛進入工作狀態的半菜鳥，對一切還處於不解階段。