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八月二十五，何進入長樂宮見何太後，請求盡殺諸常侍以下宦官。宦官們相對而懼道：“竇氏事竟複起邪？”張讓派人偷聽，立刻就知曉了何進所說的全部內容。於是張讓率段圭、畢嵐等數十宦者，手持刀劍從側門進宮，待何進步行走出太後宮，堵住何進，詐稱太後詔令抓捕了大將軍。張讓大罵何進：“天下憒憒，亦非獨我曹罪也！王美人死時，先帝幾乎廢後，我曹涕泣解救，各出家財千萬為禮，和悅上意，但欲托卿門戶耳！今乃欲滅我曹種族，不亦太甚乎！卿言省內穢濁，公卿以下忠清者為誰？！”尚方監渠穆拔劍斬何進首於嘉德殿前。張讓、段圭等人偽作詔書，任命前太尉樊陵為司隸校尉，少府許相為河南尹。尚書得到詔板，感到懷疑，便道：“請大將軍出來共議。”中黃門將何進的人頭擲與尚書：“何進謀反，已伏誅矣！”何進親信部將吳匡、張璋在外聽到何進被害，整兵將要入宮，但宮門都已被宦官關閉。袁術與吳匡率兵士砍門，中黃門一類的低階宦官在內持兵器守閣。到日暮時，袁術縱火焚燒南宮九龍門與東西宮。董卓望見火起，立刻率麾下三千軍急速進發。
火勢逼急，張讓等人入宮稟告何太後，稱大將軍領兵造反，即挾持何太後、皇帝、陳留王及省內官屬從閣道逃向北宮。尚書盧植一人執戈趕到閣道窗下，仰著頭大聲數責段圭。段圭畏懼，當下釋放了何後。何太後從閣道縱身躍下，因而得脫。袁紹與叔父袁隗矯詔召樊陵、許相至，斬二人首級。何苗、袁紹又領兵屯朱雀闕下，抓捕到趙忠等宦官，皆斬之。吳匡等人素來怨恨何苗不與何進同心，又懷疑何苗是宦官的同謀，乃宣令軍中道：“殺大將軍者即車騎也，士吏能為報仇乎？”何進素有仁恩於眾人，士卒們流涕高呼：“願致死！”吳匡引兵與董卓之弟奉車都尉董旻攻殺何苗，棄其屍於苑中。吳匡此舉，不排除是出於袁紹的指使。二十七日，袁紹關閉北宮門，與袁術等人勒兵搜捕宦者，不分老幼，一律殺死。死者二千餘人。袁紹進兵排宮，軍士爬上門屋，從屋頂攻向省內。張讓、段圭等人窘迫不堪，挾持少帝與陳留王一共數十人步行奔出穀門，逃向小平津。公卿大臣各自逃出平樂觀，沒有跟隨少帝的，隻有尚書盧植在夜裏騎馬趕到河上，河南尹王允派下屬閔貢帶人跟在盧植後麵。閔貢到河邊，厲聲大罵張讓，揮劍斬殺數人，張讓以下諸黃門個個惶怖已極，叉手向少帝再拜叩頭：“臣等死，陛下自愛！”全部投河而死。閔貢扶少帝與陳留王上馬，少帝獨乘一馬，陳留王與閔貢共乘一馬，從雒舍向南前行。公卿百官奉迎於北芒阪下，前太尉崔烈居前導路。
董卓駕臨天未明時，董卓軍抵達洛陽城西，得知少帝在北芒，即轉向趨迎。少帝望見氣勢洶洶的將士，恐懼哭泣起來。董卓徑直來到少帝麵前，崔烈嗬斥董卓命其退避，董卓立罵崔烈：“我晝夜三百裏來！何雲避！我不能斷卿頭邪？！”向前對少帝道：“陛下令常侍小黃門作亂，乃至於此，以取禍敗，為負不小邪？”少帝畏怯不能回答。又對陳留王道：“我董卓也，從我抱來。”就從閔貢懷中抱過劉協，與之交談，詢問狀況，劉協侃侃而言，前後事情說理分明。董卓欣喜，認為陳留王有才智，並且是由董太後所撫養，而董卓本就是董後黨，自認與董太後是同族，因而有了廢立之意。二十八日，公卿百官奉迎少帝還宮。大赦天下，改元光熹為昭寧。何苗既為何進部曲所殺，何進、何苗舊有的部曲群龍無首，便都投附了前將軍董卓。董卓初到洛陽，步騎不過三千，自以為兵少，難為遠近所服。每過四五日，便趁夜深時派兵卒偷偷出城，明日再大張旌旗鳴鼓入城，宣言“涼州軍又到京師”。京師人不能察覺，一城議論都說董卓的軍隊不可勝數。武猛都尉丁原率並州軍屯於城外，其主簿呂布驍勇，甚為丁原所親信。董卓利誘呂布，許以騎都尉的官職。呂布尋機殺死丁原，手提著丁原的人頭來見董卓，董卓大喜過望，愛信之，與呂布誓為父子。即由呂布統領丁原的並州軍。稍前，何進派遣騎都尉泰山郡人鮑信回鄉募兵，此時鮑信恰好領兵趕到京師。目睹洛陽形勢，鮑信直對袁紹說道：“董卓擁強兵，有異誌，今不早圖，將為所製；趁其初到將士疲勞，襲之可擒也。”袁紹畏懼，不敢發。鮑信立即返還鄉裏。