1989年戰爭結束後教育領域的責任就落到了聯合國科索沃臨時行政當局特派團的身上。聯合國科索沃臨時行政當局認為它在教育領域的職責首先在於解決現實存在的問題，而不是發展長期戰略。前者首先在於保障中小學和大學的基本職能以及盡可能把基礎設施（場所、人員、臨時教學措施等）修複至可以開課的程度。然而在科索沃國際管理部門重建科索沃之初教育領域並沒有被優先對待。這導致聯合國科索沃臨時行政當局特派團2000年初接管教育領域時，科索沃阿爾巴尼亞族人已經把教育（這裏首先涉及的是高等教育）的許多領域歸入自己的責任範圍。這樣，國際管理部門就麵臨對教育事業進行現代化的任務，同時還麵臨著抵製科索沃阿爾巴尼亞族人對教育體製進行“本地化”的挑戰。
首要任務在於通過與教學力量簽訂合同穩定教育體製和重建被破壞的校舍。僅在2000年國際社會就在常規預算之外又額外支出了4千萬歐元用於重建校舍。在戰後頭18個月中總共重建了250所學校。2000年2月，米夏埃爾·達克斯訥作為教育和科學部首席國際官員接管教育體係的工作後在上述兩個重點之外又增加了三個工作重點：首先，應當進行新的立法，這些法規優先於科索沃“影子國家”時期頒布的各項法律；第二，教師培訓應當與同樣十分必要的課程改革一同優先進行；第三，應當以“高校結構歐洲化優先於民族特色”為口號製定出長期的基本目標。原則上，國際社會在教育和大學領域內不采納20世紀90年代“影子國家”所建立的結構。
2000年起，教育被視為民政管理中最為重要的領域。教育經費大約占到了聯合國科索沃臨時行政當局特派團全部預算的30%。2000年聯合國科索沃臨時行政當局特派團教育領域的經費超過了5千萬歐元，其中大部分用於基礎設施的重建和修複。但實際對教育領域的投資規模較小，用於教師薪金、特殊教育和職業教育領域的進一步發展，特別是大學及其可持續發展的資金至今仍然缺乏。
科索沃教育體係的一個根本問題是處於基礎教育和第二教育階段的學生太多。基礎教育和第二教育階段學生數目巨大的問題是人口年齡結構和人口增長較快造成的後果。如果把1999、2000年度和2002、2003年度科索沃中小學生和大學生的數目進行對比，這一點會更加明顯。1999年中小學生和大學生的數目尚為350000，到2002年這一數目就攀升至440000以上。