朱棣雖奪取了皇位，但建文帝的生死不明卻使他擔驚受怕地度過了他的後半輩子。繼位22年，竟有21年的不安，猶如懸在頭上的一把利劍，整天提心吊膽。
仁孝文皇後徐氏像建文帝可能被燒死了，但也有傳言他剃度為僧，隱姓埋名，雲遊西南，壽終而死。建文失蹤（或死去）距今600年了，下落成迷。據《明史》記：“永樂元年，惠帝之崩於火，或言遁去，諸多舊臣多從之，帝疑之”，的確，朱棣這個心病一直就悶在心裏。當時傳聞很多，永樂夜不能寐。以後又為尋訪建文蹤跡不惜一切代價，曆時20餘年。
讓他寢食難安的另一個原因是建文帝的舊臣。由於朱棣以“靖難”為名，最終奪取皇位，當然很多舊臣不服，投降的文臣隻有24人，其他或逃跑、或自殺卻有千人。永樂朝廷幾乎無人可用，可見建文帝在文人心目中的地位是相當高的。
朱棣唯有以“殺”震懾，凡是不服的，通通殺之。朱棣入京後，立即懸賞捉拿黃子澄、齊泰、方孝孺、鐵鉉等建文帝臣子數十人，並清宮三日，誅殺宮人、女官以及內官無數，成百上千的無辜者被推上刑場。建文帝的三個弟弟通通廢為庶人，使其不得善終；又把建文帝之子文圭囚入密室，直至明英宗時始獲釋，此時已57歲，竟連牛馬也不能辨。
建文帝的文臣方孝孺，道德文章，領袖群倫，眾望所歸。朱棣燕郊誓師伐侄，謀士僧道衍長跪不起，請求燕王武成之日，不殺孝孺，“殺之則天下讀書種子絕矣”！換言之，失盡天下讀書人的心。可是行伍出身的朱棣並不在乎，殺入南京後，將死不降附的孝孺抓來起草即位詔書，用意十分明顯，要借孝孺的名望來粉刷自己奪權的合法性。
方孝孺堅決不肯，擲筆於地，邊哭邊罵：“死即死耳，詔不可草！”朱棣說，你不怕死，難道不怕誅九族？方說：“十族又奈我何！”朱棣大怒，命人用刀割開他的口，一直割到兩耳，然後，命人逮捕其九族親眷外加學生，湊成十族，共873人，依次碎剮殺戮於方孝孺麵前。方孝孺忍淚不顧，最後被淩遲於聚寶門外，時年46歲。
建文帝削藩的主要謀士黃子澄，先被砍去雙手、雙腿，然後方將其殺死，齊泰亦被“族誅”。建文帝監察禦史高翔，因其喪服入見，朱棣命衛士殺之於殿上，沒產誅族，又掘發高氏宗族墓地，焚骨拋屍，交雜狗骨馬骨四散丟棄。
對禮部尚書陳迪，由於責問不屈，朱棣命衛士綁送他及其6個兒子一起至刑場淩遲。朱棣又先派人割下陳迪兒子陳鳳山的鼻子和舌頭，塞進這位忠臣嘴裏逼他下咽。陳迪雖為文士，至死不屈，怒罵而死。
還有兵部尚書鐵鉉，死守濟南被俘，寧死不肯麵對朱棣。朱棣命人割去他的耳朵鼻子，又命人把他的肉燒熟，仍不屈。最後，朱棣將其淩遲碎剮，將其屍投入油鍋，炸成焦炭。怨恨之下，朱棣又把鐵鉉80多歲的老父老母投放海南做苦役，虐殺其10來歲的兩個兒子，並硬逼鐵鉉妻子楊氏和兩個女兒入教坊司（公家妓院）充當妓女，任由兵士蹂躪。
不服統治甚至采取謀殺手段的，下場一樣。禦史大夫景清在成祖登基後並沒有馬上殉節，而是委身於朝班很長時間。一天，他身穿緋衣，暗藏利刃，準備行刺朱棣。朱棣見其神色異常，命人搜身，得到利刃。景清當庭辱罵朱棣，不屈而死。朱棣命人將他剝皮實草，係於長安門示眾，並令用鐵刷子將景清的肉一層層刷下，還把骨頭打碎。他還不解氣，將其滅族，街坊鄰居也受到了牽連，後來乃至於和景清稍有些關係的人都被殺，猶如瓜之蔓，牽連甚廣，許多無辜的人慘遭橫禍，史稱“瓜蔓抄”。這種打擊麵甚至比“誅十族”還要寬。因為“十族”還有明確的界限，而這種“瓜蔓抄”幾乎沒什麼界限可言。隻要與當事人有點這樣或那樣的關係，都可能被株連至死。
比如景清和山東的劉固通信，於是劉固一家九族被滅。劉固兄弟遇害之時，也是憤怒到了極點，居然奪過屠刀，連殺劊子手10餘人，最後才壯烈而死。據《明朝小史》卷四的記載：“文皇既抄沒一族，男女二百一十七人，所居之地，一路無人煙，雨夜哀號聲遍野。”
手段過於殘忍的朱棣還把多位忠臣孝子的清白妻女送入教坊司做性奴，每天受20多名精壯漢子輪奸，生下男丁當家奴，生下女孩長大後接著做妓女，死後便“著抬出城門喂狗吃了”。
建文帝忠臣唯一善終者，隻有魏國公徐輝祖一人。朱棣召見，徐輝祖不出一語。由於他是功臣徐達之子，家有免死的誓書鐵券，其弟徐增壽又因想投降朱棣被建文帝殺掉，朱棣才免其一死，革其祿米，把他一直軟禁在家。
除了多位建文帝忠臣自己或全家自殺外，朱棣虐殺建文帝忠臣及其家屬共一萬多人。曆朝曆代異姓相伐相殺，從未有這樣慘屠舊臣的舉動。
對建文遺臣的這場大屠殺，前後延續了十餘年，無辜罹難者成千上萬，難以盡數。其殺戮之慘、手段之惡、株連之廣，甚至超過了異族入侵，確為曆朝曆代所罕見，因而遭到後人的嚴厲譴責。
3.重用太監，播下悲劇種子
在中國帝王史上，宦官專權誤國的曆史幾乎涵蓋了整個帝王史的漫長曆程。