“三農”問題是一個整體，核心是農民問題，因為農業是一種產業，是農民從事的職業；農村是農民聚居生產生活的社區。
所以要解決“三農”問題，第一位的是要解決農民問題，隻有把農民問題解決好，農業問題、農村問題才能順利解決。
在計劃經濟體製下，我們不是把解決農民問題放在第一位而是把解決農業問題放在第一位。1953年實施第一個五年計劃大規模工業化開始，不久就感到糧食和棉花等農產品供給不足於是就搞統購統銷，高指標，強征購，遭到了農民的強烈抵抗征購要同很多農戶直接打交道，成本很高。於是就學前蘇聯農業集體化的做法，加快農業合作化的步伐。1958年全國實行公社化，把5億多農民組織在人民公社中，政社合一，自然村改為生產隊，行政村改為生產大隊。城市、工業需要的糧食、棉花、油料等產品，政府直接向公社征購，作為國家任務向社隊三級幹部下達，限期足額完成。購糧的成本，確實是減少了，任務也勉強完成了。但是這種公社化體製把農民生產經營的自主權和農產品分配的自主權剝奪了，極大地挫傷農民的生產積極性，農民隻好消極抵抗，農業生產長期停滯徘徊，造成糧食和農產品長期短缺。中國原來是個農產品純出口國，1961年以後成為糧食和棉花大量進口的國家。
1978年改革開放以後，農村率先改革，實行家庭聯產承包責任製，把耕地等生產資料的經營權還給農民，也有了農產品的分配自主權，極大地調動了農民生產積極性，農業生產連續較大幅度增產。但是計劃經濟時代留下來的把農業放在第一位的模式並沒有改變。當糧食等農產品供給遇到問題時，就采取惠農政策以調動農民生產積極性，沒有從根本上解決農民問題的改革；而當糧食和農產品供給好轉時，就改變惠農政策。所以在1984年、1990年、1996年三次獲得農業特大豐收後，都在第二年減產重又陷入徘徊停滯的局麵。
1996年糧食總產量超過1萬億斤，棉花等主要農產品也都大豐收。對此，政界和學者認為中國的糧食和主要農產品的供給問題得到基本解決，實現了由長期供給不足到總量基本平衡、豐年有餘的轉變，由賣方市場轉為買方市場，中國的農村、農業發展進入了一個新階段。當時，我對於“三農”問題有個基本判斷，認為中國的農業問題基本解決了，但是農村問題、農民問題還沒有解決。
實踐證明，“三農”問題不首先解決好農民問題，農業問題解決了也還是要反複。1996年大豐收，秋後就出現賣糧難、糧價下降，1997年糧食就減產207億斤①。1998年洪澇災害(中國是個缺水的國家，豐水年一般是增產的)，國家還以保護價收購糧食，糧食生產10246億斤，達到曆史最高水平。1999年以後，由於糧食庫存大量增加，國家糧庫爆滿，糧食企業虧損嚴重，國家以保護價收購的政策實際停止了，市場糧食價格一路下跌，1999年11月的糧價比1996年同期下降32%，損失最終落在農民頭上。
從1999～2003年，政府一直強調要增加農民收入，減輕農民負擔。但是農民的收入就是上不去。1996年農民人均純收入增加9%，1997年增幅下降為4.6%，1998年為3.3%，1999年為3.8%，2000年2.1%，2001年為4.2%，2002年2003年為4%。七年都沒有實現過農民年收入增加5%的目標而且這些小幅度的增加主要是靠非農業經營性收入和農民外出打工收入，種糧務農的農民收入實際是下降的。所以農業生產再次陷入倒退停滯階段。對於農業的這種嚴峻形勢，李昌平同誌寫給朱基同誌的信裏說，“農民真苦、農村真窮、農業真危險！”這三句話對全局做了深刻的概括。李昌平在2000年春節時說，“農業真危險”還是一種推測，因為1999年糧食總產量還有億斤，倉庫還有約5000億的存糧，糧食和農產品的供給還沒有問題。但是由於“農民真苦、農村真窮”，種糧食無利可圖，農民就沒有了生產積極性，農民紛紛外出打工或另謀他業。
年以後糧食就連續減產。2000年產糧9244億斤，比1999年減少924億斤，減產9.1%；2001年產糧9053億斤，減少191億斤，減產2.1%；2002年產糧9141億斤，增加88億斤年產糧8614億斤，減產527億斤，下降5.8%。減產的頭幾年因為庫存糧食多，所以供給還沒有問題，靠連年挖庫存解決。
2003年大旱，進入秋季，糧食大減產已經成為定局，南方幾個省區庫存糧食告急，市場上糧食價格開始上漲，於是糧食供給問題再次驚動中央，成為經濟安全問題。