20世紀80年代後期，中國的學者在總結社會主義現代化建設的經驗和教訓的過程中，依據中國特有的國情，把農村問題分解為農業、農村、農民問題，分別進行研究，既分析這三者的關係，也研究這三者各自要解決的問題，提出了“三農”問題的理論，作為認識實踐分析現實問題的理論框架。經過10多年的實踐，現在已成為中國政界、學界的共識。在世界各國的工業化、現代化進程中，關於農業，關於農村，關於農民問題，都隻有分別的論述，而沒有把這三者聯係起來的“三農”問題的論述，所以也就沒有“三農”這個概念。應該說，“三農理論”是中國學術界的一項理論創新，是從有中國特色的社會主義現代化實踐過程，總結出來的，是一項重要的社會科學研究成果。
1998年，我應日本早稻田大學的邀請，到日本訪問，在一次學術會議上，我用“三農”理論對中日的農村問題進行了比較分析。日本的現代化道路同美、歐發達國家基本相似，先是通過高額農業稅等方式從農業和農村中取得積累，使大量的農產品和大量資金進城，搞工業化；與此同時，大量農村勞動力也進城，轉變為第二、第三產業的職工，轉變為城市居民，所以日本的工業化、城市化、現代化是同步的，是三位一體的。當工業化搞起來之後，積累了資金，有了錢，就反哺農業，用農業機械等現代生產資料武裝，農業，使農業現代化。給農業生產以各種補貼，大幅度提高農產品的價格，使農民富裕起來，基本上達到城市職工的收入水平，也就解決了農民問題。待工業化、城市化達到一定水平後，國家財政就向農村投資，進行大規模農村基礎設施建設，修築道路，建設農村的水利、電力、通訊、電視、環境，使農村也現代化起來，逐步消除城鄉間的差別，使城鄉一體化，這樣農村問題也解決了。但是，從客觀上說，日本是人多地少自然資源貧乏的國家；從主觀上說，日本在20世紀60年代以後，實行的是大規模出口工業產品的經濟戰略，為了獲得工業品市場，不惜犧牲本國的農業，大規模進口糧食和農產品，以至於從世紀70年代以後，日本的食品和棉花等農產工業原料，大部或全部要依靠進口。現在日本的食品有40%以上要依賴進口。所以日本的糧食和農產品的價格，是全世界最高的，這使人民的生活質量不能不受到一定的影響。作為一個經濟大國，日本的農業總是一個問題。可以這樣說，日本的農民問題解決了，農村問題解決了，但農業問題還沒有解決好。
中國的工業化、現代化，走了一條具有中國特色的獨特道路。從20世紀50年代末，中國遭受了農業大減產、全國大饑荒經濟大倒退的挫折之後，政府提出了農業是國民經濟的基礎，把農業發展列為經濟建設的首位的方針，50年來，一直堅持了這個方針。特別是在1978年以來，鄧小平同誌提出了“一靠政策，二靠科學”發展農業的方針。農村率先實行家庭聯產承包責任製，調動了全國億萬農民的生產積極性，農業連續以較高的速度發展。1996年，獲得特大豐收，糧食總產超過1萬億斤，棉花8400萬擔，自此，中國的糧食和農產品的供給實現了由長期短缺到總量基本平衡豐年有餘的轉變。中國的耕地，隻有世界總量的7%，供養了占世界21%的人口，1997年以後，中國是農產品的純出口國，每年順差在50億美元左右。
中國的農業問題基本解決了；但是農村問題、農民問題還沒有解決。改革開放以後，工業化、現代化發展得很快，由於原來的戶口製度至今沒有徹底的改革，所以一方麵經濟持續高速發展，一方麵農民數量卻逐年增加。1978年中國農民有79014萬人，占總人口的82.2%；到1999年農民增加到87017萬人，占總人口的69.1%，21年增加8003萬人，平均每年增加381萬人。這在世界工業化、現代化曆史上是絕無僅有的。由於在計劃經濟時期實行的“城鄉分治，一國兩策”至今未改，對城市、對居民實行一種政策，對農村、對農民實行另一種政策。現在的中國，有很多城市，特別是北京、上海、深圳等特大城市，是相當現代化了，有一部分城市居民也相當富裕了。但是，我國的農村，特別是中西部農村，還相當落後，在交通、郵電通訊，醫療衛生、科技教育、文化娛樂、生活環境、生活質量等等方麵，與城市相差很遠，要落後十幾年、幾十年。城鄉居民收入差距也很大，而且還在繼續擴大。1978年城鄉居民收入是2.3∶1，到了1984年縮小到1.7∶1，自1985年以後，又繼續擴大，2000年擴大到2.79∶1(6473元∶2320元)，加上城市居民有住房、醫療、社會保障等補貼性收入，農民享受不到這些補貼，所以城鄉居民的實際差距還要大一些。中國的農業問題基本解決了，農村問題和農民問題還沒有解決。