明初，邳州設醫學典科，主管醫務。清代及民國期間無專設衛生行政機構。民間大集鎮設有中醫藥店堂。民國12年，始有西醫診所。14年，始建縣公立醫院。到36年，境內有中醫藥店堂52處，西醫診所（醫院）8所。
1949年，縣設衛生科主管全縣醫療衛生事業。同年，縣衛生院建立，1954年改建縣人民醫院。至1956年，縣建衛生防疫站、婦幼保健所，建區衛生所8處，為縣衛生科派出衛生行政機構，領導轄區內衛生事業。1958年，縣直衛生單位先後建有衛生學校、西藥批發部等；全縣有地區醫院8所、公社醫院27所，負責轄區內預防、醫療、保健及村衛生機構管理等亊宜。診所發展至142個，中學、工礦企業先後建立衛生室7個。60年代，縣建中醫院、麻風病醫院。70年代初，全縣舉辦農村合作醫療。80年代，縣先後建救護站、皮膚病防治所、藥品檢驗所、衛生進修學校、傳染病醫院；地區和公社醫院相繼改為中心衛生院和鄉鎮衛生院，合作醫療站改為封衛生室。至1992年，縣衛生局轄縣直醫療衛生單位11個，中心衛生院4所，鄉鎮衛生院32所，村衛生室626個，工礦企業學校醫務室、衛生所、醫院47個，個體醫藥機構34個，全縣形成預防、醫療、保健、教學完整體係。
第一節衛生局
明初，邳州設醫學典科，官員主管醫務，後廢。民國14年9月，縣設戒煙所兼管衛生事宜，2年後撤銷。38年3月，民主政權，邳縣政府設衛生科。1954年縣人民委員會衛生科編製5人，正、副科長和科員、會計各1人。7月，衛生科隨政府遷至運河鎮。次年編製增至6人，正、副科長3人，科員2人，會計1人。
宣傳隊進駐衛生科。1969年6月28日，縣革命委員會宣傳組設衛生組。10月15日，縣文衛革委會成立，1971年1月3日撒銷，成立衛生局，設政工、業務、財務3個組，編製11人，局長、副局長各1人，政工組、業務組和財務組各3人。1978年，縣革委會衛生局改編，設局長1人、副局長3人、政工組3人、業務組6人、財務組4人。1984年4月，縣衛生局定編人，局長1人、副局長2人，下設4股1室21人。
1992年，局設人秘、醫療、藥政、財務、社會衛生、檔案室等科室，計33人。下屬單位有人民醫院、中醫院、衛生進修學校、衛生防疫站、婦幼保健所、藥品檢驗所、皮膚病防治所、救護站、職工醫院、傳染病醫院、膽腎結石研製中心、4所中心衛生院、32所鄉鎮衛生院。縣衛生局先後被國家衛生部、中醫藥管理局評為救災防病先進集體；獲徐州市人民政府、中共縣縣委和政府雙文明先進集體、衛生工作先進單位和十佳黨委、省市公民義務獻血先進單位、征兵體檢先進單位稱號。10月，縣衛生局隨撤縣建市，易名邳州市衛生局。
第二節區衛生所
1951年8月，建四戶公私合營衛生所，配所長1人、醫生及護理員各2人、調劑員1人。有房屋8間，資金1050元。其中國家投資750元，私人股金300元。次年6月，官湖、鐵佛寺公立衛生所和重坊公私合營衛生所建為區衛生所。區衛生所為縣衛生科派出衛生行政機構，領導轄區內衛生事業。1953年6月，重坊公私合營衛生所劃歸山東省郯城縣，同時山東省郯城縣五區沂東衛生所劃歸縣管轄。次年7月，東坊上鄉建立城河衛生所。1956年5月27日，四戶公私合營衛生所改為門診部。同年，城河衛生所與官湖區衛生所合並為官湖地區醫院(兼區土生所業務）。是年底，縣建區衛生所8處。1957年11月，撤區並鄉，根據區劃需要，縣衛生科劃定衛生所醫療區範圍：生所醫療區範圍：鐵佛寺衛生所轄鄒莊、連防、鐵佛寺3鄉；岔河衛生所轄四戶、邢樓、岔河、戴莊4鄉；碾莊衛生所轄徐樓、灘上、趙墩、碾莊4鄉；土山衛生所轄八路、胡圩、薛集、占城、土山5鄉(鎮)；八義集衛生所轄石橋、李集、八義集3鄉；沂東衛生所轄港上、合溝2鄉；車輻山衛生所轄燕子埠、宿羊山、洳口、車輻山4鄉；官湖衛生所轄邳城、戴圩、白埠、陳樓、官湖5鄉(鎮)。各衛生所配所長及衛生防疫、婦幼保健人員各1名，計28人，列為衛生行政編製。l958年3月8日，土山區衛生所改為土山地區醫院，同年7年，其餘6處衛生所相繼改為地區醫院。