《分子秘籍》第一部分介紹秘籍的基本功能，其後是一幅圖畫，上麵畫著一個黑暗的無邊無際的空間，中央位置懸浮一張手術台，台上躺著一個肥碩可愛的分子，旁邊有一把手術刀，正在企圖對分子動手術。這幅圖非常鮮明地說出秘籍的主題。
在圖後有說明。
人體的意識分為微觀意識和宏觀意識，微觀意識就是研究微觀世界的意識，如《金剛經》、《道德經》；而宏觀意識就是研究宏觀世界規律的意識，如牛頓定律、愛因斯坦的相對論等。
書裏記載一種修煉微觀意識的方法，微觀意識強大後人就能操縱分子、原子甚至質子、量子，改變它們的結構和功能。
馮誌異對這些枯燥的理論沒有興趣，看了看目錄，發現裏麵有一章說到提升人的智力，他心裏一動，心想：好，我就看一看你怎麼提升人的智力。
他翻到第7頁，看提升智力的內容。
位於大腦最中央的丘腦是人產生意識的地方，有一個黑暗的無邊無際的空間，在那裏人可以操縱分子改變基因，提升智力。
事情回到剛開始的修煉方法上，如果不修煉出強大的微觀意識，就不能改變基因，當然也沒法提升智力。
馮誌異隻好回頭去，老老實實地看修煉的方法，他已經被書裏的內容挑起了興趣，看得津津有味。
然後，他按照書裏的內容開始修煉。
他盤腿而坐，放鬆身心，什麼都不想，任由思緒遊走。書裏說無論想到什麼，都不能稍微加以約束，任由思緒自己遊走，直到腦裏一片空明，什麼念頭都沒有。
剛開始的時候，馮誌異腦裏思緒奔騰，想到了很多，就是達不到一片空明的境界。慢慢地，他開始打瞌睡，變得迷迷糊糊，腦裏的念頭越來越少，直到一點都不存在。他不知不覺中睡了過去。
第二天馮誌異醒來的時候發現自己全身舒暢，頭腦清醒，狀態非常好。
他吃了早餐就去上學，聽課的時候發現自己懂得比以往多得多，以往老師說十句他能懂一半，今天他竟然能懂70%左右。
下課後，馮誌異決定不和同學去打籃球，他興衝衝地回了家，抱著《分子秘籍》開始修煉。
說來也奇怪，馮誌異每天都是在半夢半醒之間才能進入空明的境界，第二天醒來後感覺自己頭腦清醒、身心舒暢。
日複一日，馮誌異上課的時候懂得越來越多，現在，老師說十句他已經能聽懂九句，有的時候，他發現學習竟然這麼簡單，以前為什麼沒有這樣的感覺呢？他都覺得奇怪。
放學回家的時候，馮誌異也曾仔細觀察四周，希望看到那輛“分子醫生”的醫療車，隻可惜沒發現。
這天晚上，馮誌異感覺自己一下子就進入空明的境界，似乎達到了修煉方法裏所說的第一層——微觀行者。據說，微觀行者已經能夠進入腦裏的微觀世界改變自身的基因。
馮誌異興致勃勃地又一次打開第7頁，準備改變基因提升自己的智力。他進入空靈的境界，發現自己的意識在慢慢向下沉，穿過五光十色的漫天璀璨星辰的空間後，逐漸接近一個黑暗的空間，那裏沒有任何光芒。