第一階段那慘絕人寰的戰爭在兩個種族間燃起仇恨的熊熊烈火，戰爭帶給兩個種族極大的苦難，和平希望渺茫。隨著加達裏首星難民地遷入，加達裏的實力與日俱增，而與此同時蓋倫特獨裁政權倒台，舉國上下一片混亂。加達裏發動了對聯邦的一係列突襲，使得蓋倫特聯邦那些遲緩、笨重戰艦顧此失彼、疲於奔命。但是聯邦的力量仍然是加達裏無法匹敵的，盡管後者取得了軍事上的局部戰術成功，但除了打擊蓋倫特的士氣民心，提升己方的士氣以外，在其它方麵並沒有實質性的收獲。
一段時間之後，加達裏的意圖便逐漸明朗，如果聯邦願意讓加達裏首星脫離聯邦並承認新建立的加達裏國家主權，他們就樂於簽署和平協議。然而，基於兩點原因蓋倫特無法答應這些要求：其一，他們不願意看到一個主權國家誕生在聯邦境內，也不願意遷徙加達裏首星上的數目龐大的眾多聯邦人口；其二，蓋倫特人並不是聯邦中的唯一成員，假使他們同意讓加達裏脫離聯邦，那麼對於印塔基和馬納爾來說，聯邦對這兩個成員經濟和政治上的權威將會降低，這很可能導致整個社會陷入動蕩的境地。蓋倫特人不得不將加達裏視為聯邦的背叛者，並竭力使得他們回歸聯邦，甚至不擇手段。
聯邦曾一度隻能坐視加達裏肆無忌憚地重創蓋倫特的艦隊，任由加達裏魚肉自己最偏遠的幾個行省。加達裏日益甚囂塵上，每隔數月他們的輕型攻擊艦便會有新的改進，這讓聯邦束手無策。對於許多蓋倫特人而言，他們認為除非加達裏的要求得到聯邦的允諾，不然他們的魔爪遲早會肆虐到聯邦的每個角落。蓋倫特所做的一切都仿佛是徒勞的，他們嚐試製造的輕型攻擊艦是徹頭徹尾的失敗品，靜態防禦設施諸如地雷和崗哨火炮隻能勉強保護空間設備。看起來每次蓋倫特一方擁有了先進、迅捷而強力的武器，加達裏一方就會研製出更為出色的武器與其對抗。
最終，戰局由於靜態防禦武器的改進而開始扭轉。蓋倫特在戰爭中一直使用地雷，但收效甚微，然而當時機械技術的大發展讓曆久彌新的地雷逐漸蛻變為一種殺傷力極大的致命武器。第一代無人機比地雷稍大，擁有觸發式爆炸裝置和一定的移動能力，很快它們逐漸發展成為一種可匹敵輕型攻擊艦的有力武器。無人機的製造成本更為低廉並且不需要訓練有素的飛行員駕駛，這意味著單人攻擊艦輝煌的時代以近黃昏。無人機扭轉了戰局，而這次加達裏竟然一反常態地處於下風，為應對這種新型武器而忙得焦頭爛額。但加達裏仍然很快想到了辦法，他們對飛船稍做升級，增加飛船的防禦盾和其它武器，並稱之為護衛艦。起初，艦上需要有額外的飛行員，但幾年後加達裏從朱庇特人那裏獲取了逃生艙技術，大部分的戰艦飛行員又重新恢複到一個人。
大戰在雙聯星係伊恩－奧斯塔附近展開。蓋倫特一方憑借新型的無人機，加達裏一方則擁有剛剛改良的護衛艦，雙方都感到勝券在握，於是便傾其所有、孤注一擲投入戰鬥。“新伊甸”曆史上一場曠古迄今的戰役拉開了序幕。就戰爭的慘烈和規模而言，隻有艾瑪和朱庇特之間的瓦‘阿提歐斯戰役能與之相提並論。伊恩－奧斯塔戰役的戰火持續燃燒了整整一天。在連續激戰了15小時後，加達裏堂而皇之但不失尊嚴地撤出戰場。蓋倫特人聲稱他們仍然堅守在戰場上因而是最後的勝利者，而加達裏則宣稱對蓋倫特造成了更大的損失，這比蓋倫特人自認的勝負邏輯要客觀地多，因此他們才應該是勝利者。無論如何，戰鬥對雙方都沒有取得預期的決定性勝利，而且勝負的界線永遠無法劃分。
憑借新型護衛艦加達裏抑製住了聯邦咄咄進逼的進攻勢頭，不久以後，戰爭再次陷入僵局。慢慢地，大多數人的生活重歸平靜，這場戰爭仿佛是遠方的雷暴，與人毫不相幹，隻是偶爾會讓人為之惶惶。雙方無一願意坐下來談判以重新換來和平，生怕這是向對方示弱的標誌，而雙方成長起來的年輕一代卻願意致力於和平，因而這場戰爭逐漸降級為小範圍的邊界衝突和襲擊。當蓋倫特人接觸到艾瑪帝國後——蓋倫特人感到艾瑪帝國對他們的威脅遠大於加達裏——戰事終於落下帷幕。這促使他們緊急議和並草草達成和平議定。聯盟承認加達裏的主權獨立，雙方保留原有的邊界地區和殖民地，隻是加達裏首星仍然由聯邦統治。