10餘年間，支付寶已經潛移默化地改變了很多人的金融消費形態，且以破繭成蝶的姿態，以其獨創的第三方擔保交易模式，迅速在網絡購物人群中掀起風暴：征服中國數億的注冊用戶，立足網上支付市場半壁江山。
2004年12月，支付寶正式獨立上線運營，這標誌著在阿裏巴巴的電子商務圈子中，信息流、資金流和物流開始明晰。
到2005年，中國網絡購物用戶數已經高達1855萬人。據數據統計，其複合增長率已經高達72.6％，淘寶用戶在2005年也突破1390萬，交易額達到80億。這一年，被業界稱為“網上支付的春天”“電子支付年”，艾瑞2005年谘詢報告顯示，第三方支付平台的市場規模已增至161億元。
在幫助淘寶創下可觀的交易額之後，支付寶逐漸向淘寶以外的合作夥伴開放。
從2006年開始，支付寶逐步攜手巨人網絡、E龍、卓越亞馬遜、戴爾等行業巨頭；在航空方麵，支付寶和深圳航空、海南航空、廈門航空等多家航空公司合作，讓用戶可以網上購買機票。
在購物之外，它還進入了公共事業繳費領域。2008年10月，支付寶和光大銀行在上海首次合作，推出了“公共事業繳費平台”，市民足不出戶便可以輕點鼠標繳納水、電、煤氣費用。此後，這一服務逐步向杭州、北京、天津、重慶等全國各個城市延伸。
隨著公共事業繳費業務的發展，全國更多用戶通過支付寶平台繳納物業費、保險費、學費、養路費甚至交通罰款都將逐步成為可能。
2008年，支付寶與徐州網通、雲南電信等合作，實現上網繳納通信費；在廣東韶關，全市參加社保的人員可以使用支付寶繳納醫保；在浙江，很多地市則可以通過支付寶繳納養路費。除此之外，支付寶還增加了許多生活化的場景，如AA餐費、發紅包、支付寶線下支付服務、信用卡還款等。
2009年7月6日，支付寶用戶數突破2億。時任支付寶總裁的邵曉鋒認為，支付寶應該領跑市場，引領人們改變消費和生活方式。
“人人都用支付寶”，成為所有人必不可少的生活助手，成為支付寶的心願。
支付寶創始員工楊麗娟還記得，最初，支付寶甚至沒有專門的運營團隊，而是由淘寶財務部門的三位員工兼職。他們坐在很像小學生課桌椅的辦公桌前，隻有三台笨拙的台式電腦，還有一台破舊的傳真機，用Excel人工核對賬目。
第一筆業務是一台二手富士相機，賣價700多元。但是買家隨後就反悔了。財務部有個小姑娘比較相信風水，覺得不吉利，努力說服了買家不要退款。整個10月份，淘寶上的支付寶交易隻有30多筆，一萬多塊錢。
在說服買賣雙方使用支付寶之後，馬雲第二個需要說服的是銀行。
銀行的熱情遠遠超出了馬雲的預料。
作為淘寶網的首任總裁，孫彤宇首先找到了工行西湖支行。彼時，工商銀行是中國最大的銀行，其銀行卡的發卡量、交易額、存款餘額，都占到了全國金融機構總量的10％以上。當時的工行正在艱難地向商業銀行轉型，等待改製上市。而葛勇荻的工作內容之一就是為網上銀行找客戶，他正在為此犯愁。
中國的網上銀行業務始於1998年。當時，中國互聯網行業開始進入商用階段。第一家開通網銀的是招商銀行。1999年，工商銀行也開始跟進。但由於當時互聯網普及度不高，網銀應用的機會也很少，四五年間，網上銀行的起色不大。2003年中國C2C電子商務交易額隻有區區11.6億元。而到了2013年，僅阿裏旗下的淘寶和天貓的年交易額已經過萬億。
見到孫彤宇的葛勇荻很高興，他認為淘寶就是工行電子銀行業務急需開拓的潛在客戶。利益的互補讓雙方一拍即合。
很快，馬雲又調來了陸兆禧擔任第一任支付寶總裁。
2004年12月，浙江支付寶網絡科技有限公司成立。最初的日交易量不大，但增速很快。當時負責通知交易量的員工叫倪行軍，他說：“以前支付寶日交易額每過10萬元，我就會發郵件通知大家，後來變成了每過100萬元才發郵件通知。”
當時在支付寶負責安全領域的員工邵曉鋒還記得，2005年9月，他跟總裁陸兆禧打了個賭：“我說當月做到800萬元，你輸，做不到800萬元我輸。”結果，陸兆禧輸給了邵曉鋒一條煙。後來，支付寶的日交易額單位開始進階到千萬甚至億元的級別。