除了C語言編程之外，馬化騰在技術上的另外一個強項是圖形化界麵的程序編寫。
當時的計算機采用的是DOS程序，微軟的Windows還沒有誕生，馬化騰能夠在DOS係統下做出類似Windows的圖形化界麵。“當時國內還很少有人做這樣的嚐試，我在書上找到一些基本元素，然後在上麵不斷地搭建，形成了自己的圖形化界麵技術。”
到了大學四年級，學生們要到一家企業去畢業實習。馬化騰去的是深圳黎明電腦網絡有限公司，這是南方中國技術水平最高的計算機公司，它創辦於1990年，是中國第一家以“電腦網絡”命名的企業，在中國網絡發展史上，它擁有四項顯赫的紀錄：最早的電腦網絡通信係統集成公司、最早應用數字數據網絡和幀中繼技術的公司、最早在異步傳輸網絡上實現圖像、語音和數據綜合傳輸應用的公司、中國證券電腦網絡的首創者。它曾經是中國最大的電腦網絡設計和主要建設單位，上海、深圳兩個證券交易所的電腦網絡交易係統便是由黎明網絡設計完成的。20世紀90年代中期，中國的股票市場如火如荼，成了財富聚變的巨大遊戲場，黎明公司也因此賺得盆滿缽滿。
在這裏，22歲的馬化騰做出了他一生中第一個真正意義上的產品。
這是一個圖形化界麵的股票行情分析係統，馬化騰加入了技術分析、函數算法，甚至還自帶了一套漢字輸入法，他把自己在C語言和圖形化界麵上的特長統統發揮了出來，為了分析股票買賣雙方的心理博弈過程，他還去學習了神經元的知識，以期能預測出股票未來的走向。這是一個看上去非常實用的股票分析軟件，使用者可以形象地看到股票行情的波動情況，並進行波段分析。
在當時的股票熱潮中，全國出現了難以計數的炒股軟件，它們都宣稱自己是看得見未來的“水晶球”，馬化騰的產品正是其中之一，不過，由於其采用了非常獨特而圖形化的設計，所以，即便是在程序員雲集的黎明公司，仍然讓人眼睛一亮。公司找到這位實習生，提出要購買他的這套軟件。馬化騰咬咬牙，小心翼翼地開出了五萬元的價格，這相當於當時大學畢業生三年的薪水，不料想，對方沒有還價就一口答應了。
就這樣，馬化騰的大學四年生涯在一個軟件交易中結束了。這四年，他沒有擔任過任何學生幹部的工作，也沒有競選過任何的協會職務，在芸芸的學生中，他隻是一個長相英俊、沉默安靜、偶爾喜歡在計算機機房裏搗搗蛋的理科乖乖生。沒有任何跡象表明，他在管理和公共事務的處理上有出眾的才能。