大漢王朝繼承五帝的遺風，接續三代中斷的大業。因周朝王道廢弛，秦朝毀棄古代文化典籍，焚毀《詩》、《書》，以致明堂、石室的珍貴圖書典籍散失錯亂。而這時漢朝興起，蕭何修訂法律，韓信申明軍法，張蒼製立章程，叔孫通確定禮儀，於是品學兼優的文學之士逐漸進用，《詩》、《書》等被毀棄的古書亦不斷在各地被愛好文學的人士搜尋並獻出。[1]
等到漢武帝即位，漢朝興起已有六十餘年，海內安定，府庫充實，然而四邊未服，製度多缺。皇上剛剛興辦文武大業，欲求人才唯恐不夠，用蒲輪車迎年老的枚乘，見到主父偃而歎息相見太晚。群士羨慕向往，異人奇才同時出現。卜式起於放牧，桑弘羊從商人中提拔，衛青自奴仆中奮起，金日磾出於降虜，這些都是古代建房子賣牛之類的人。漢朝所得的人才，在這個時候最盛，儒學文雅有公孫弘、董仲舒、倪寬，忠厚有石建、石慶，質樸有汲黯、卜式，推舉賢士有韓安國、鄭當時，製定法律條令有趙禹、張湯，文章有司馬遷、司馬相如，滑稽有東方朔、枚皋，應對皇上提問有嚴助、朱買臣，曆數有唐都、洛下閎，協調音律有李延年，運籌財政有桑弘羊，奉命出使有張騫、蘇武，領兵有衛青、霍去病，受遣詔保幼主有霍光、金日磾，其餘不可勝記。
司馬遷的祖先是周朝時期掌管天官及史書的官員，所謂"發憤"，就是指一個人身處逆境而其誌不屈，更加激揚奮發而有所作為。司馬遷發憤著書，有兩方麵的內容。第一，忍辱發奮，從沉痛中奮起，用更加堅韌的毅力來完成傳世之作。第二，揭露和抨擊統治者的荒淫和橫暴，同情社會的下層人民，歌頌敢於反抗、敢於鬥爭的曆史人物，把個人的不平和憤懣，宣泄在對曆史人物的褒貶上，述往事，思來者，升華了《史記》的主題，這是加害於司馬遷的統治者們非始料所及的。
司馬遷受腐刑在天漢三年十二月，出獄大約在天漢四年二、三月。受腐刑後需要在蠶室靜養一百日。《鹽鐵論·周秦篇》："今無行之人，一旦下蠶室，創未廖，宿衛人主，出入宮殿，由得受奉祿，食太官享賜，身以尊榮，妻子獲其饒。"這情況大約就是指司馬遷。這年司馬遷四十九歲，出獄後被用為中書令。
中書令本由宦官充任，此職是皇帝身邊機要秘書長官，侍從左右，出納章奏，位卑而權重，被朝野目為"尊寵任職"。司馬遷因受腐刑得此官，他認為是人生極大的恥辱。從身體上說，"大質已虧缺"，失去了人的尊嚴；從心態上說，與宦官為伍，被視為無行之人。而且在傳統的孝悌倫理觀念中，還要辱及祖宗。《孝經》開宗明義，第一章孔子語曾子曰："身體發膚，受之父母，不敢毀傷，孝之始也。"孟子說："不孝有三，無後為大。"①所以古人把髡刑剃發也視為恥辱之刑，更何況腐刑乃殄滅不育之刑，它比殺頭更要折磨人的心靈。所以，司馬遷視為奇辱，不僅"重為鄉黨戮笑"，而"汙辱先人，亦何麵目複上父母之丘墓乎？"他在《報任安書》中淒愴滿懷地訴說他的痛苦："太上不辱先，其次不辱身，其次不辱理色，其次不辱辭令，其次詘體受辱，其次易服受辱，其次關木索被垂楚受辱，其次剔毛發嬰金鐵受辱，其次毀肌膚斷支體受辱，最下腐刑極矣。"司馬遷一氣排列了十種恥辱，這都是人世間的極大不幸，而"最下腐刑極矣"。一個"最"字，還要加一個"極"字，可以說把恥辱寫到了極點。它使司馬遷陷入了欲生不得欲死不能的痛苦境地，"是以腸一日而九回，居則忽忽若有所亡，出則不知所如往。每念斯恥，汗未嚐不發背沾衣也。"在這種心境下，給予司馬遷以生的力量，唯有那無聲的立言事業還未完成。因此司馬遷說："所以隱忍苟活，函糞土之中而不辭者，恨私心有所不盡，鄙沒世而文采不表於後也。"封建專製社會的世態炎涼、人情冷暖與權勢浮沉密切關聯，人處逆境才能有親身體會。司馬遷身受腐刑，體味三重，人主的喜怒無常，便意味著人臣的禍福莫測。專製主義的荼毒，擦亮了司馬遷的眼睛，使他看清了"明主"這一絕對君權的殘忍本質，深深認識到過去"以求親媚於主上"是"大謬不然"，於是一反常態，表現了對國事、世事的冷漠。太始四年（前93），司馬遷已五十三歲，任中書令已五年，他除了埋頭撰述《史記》外，在政治上沒有什麼作為。這時，司馬遷的好友益州刺史任安，心中沉不住氣了，他覺得要給司馬遷以鼓勵，給他寫了一封信，教以"慎於接物，推賢進士"。任安的信，好似一石擊起千層浪，它把司馬遷積滯在心中的鬱悶引發出來，爆發在回信《報任安書》中。在這封信中，司馬遷把他對世情的感慨，對人生的悲憤，對專製君王的認識，對理想事業的追求，盡情地傾吐出來，如泣如訴①(《漢書》卷二十三《刑法誌[2]》)，慷慨悲涼，理正而辭嚴，具有很強的感染力。兩千多年來，成為膾炙人口的名篇。
《漢書·藝文誌》載，司馬遷有賦八篇，今存僅《全漢文》輯有《悲士不遇賦》一篇。從內容看，這篇賦也是司馬遷受刑以後悲歎生不逢時的作品，可與《報任安書》相互補充。在賦中，司馬遷指斥天道微暗，美惡難分，"理不可據，智不可恃"，他內心充滿了矛盾和痛苦。一方麵消極厭世，"委之自然，終歸一矣"，認為人總是要死的，追求功利有什麼意義，還不如聽之自然，"無造福先，無觸禍始"。一方麵堅持理想，"沒世無聞，古人惟恥，朝聞夕死，熟雲其否"，顯然是又要追步孔子，死而後己。司馬遷矛盾的思想狀態，正是他求生不得，求死不能的生動寫照。既然宮刑是人生最大恥辱，為了人的氣節尊嚴，就應早早自裁結束恥辱；但為了實現著述理想，立名後世，必須堅強地活下去；可是活下去，又遭世俗非議，等於繼續受辱，即"負下未易居，下流多謗議"，這種既覺得應該死而又不能去死的思想紐結，折磨得司馬遷神不守舍，多次想到去自殺。最後司馬遷抉擇了隱忍立名的自新之路。也就是說功名重於名節。當一個人功名已就，或者以死可以立功名時，就要毫不猶豫地去死節；當一個人才能未盡，功名未立，死節不過如九牛一毛，不能產生社會影響時，他就應該隱忍發憤，建立功名。司馬遷正是在這一基準點上找到了死節與立名的統一。所以在《史記》中，他既表彰那些死節者，又表彰那些隱忍苟活者，把曆史人物的死寫得生動有情。
《史記》中寫了許多不甘屈辱，為保持名節而死的義士。齊國布衣王蠋在齊國淪喪瀕於滅亡之時，仍"義不北麵於燕，自盡身亡"①；田橫恥於降漢，自而死，他的五百賓客聞田橫死，"亦皆自殺"①；李廣不堪"複對刀筆之吏，‘而自殺；項羽兵敗愧對江東父老而自殺；侯贏為激勵信陵君而死；田光為激勵荊軻而死；聶榮為給兄弟揚名而死；欒布為盡臣子之義，"哭彭越，趣湯如歸"。司馬遷稱讚這些慕義而死的人，具有"高節"，"豈非至賢"②，"雖往古烈士，何以加哉！"③象屈原那樣"死而不容自疏"的高潔之誌，"雖與日月爭光可也"④。然而，在逆境中奮發，忍辱負重的誌士，更加難能可貴。勾踐臥薪嚐膽，堅韌頑強，發憤雪恥，終滅強吳而稱霸王，司馬遷不僅許之以"賢"，還讚其"蓋有禹之遺烈焉。"⑤伍子胥棄小義，雪大恥，名重後世，司馬遷讚其為"烈丈夫"⑥。季布以勇顯於楚，"身履典軍奉旗者數矣，可謂壯土"，但是，當他被劉邦捉拿，為人奴而不死，受辱而不羞，"終為漢名將"，司馬遷讚其為"賢者誠重其死。"⑧這後一種忍辱負重的誌士，司馬遷認為更是值得敬仰的男子漢，"烈丈夫"。這一觀點，不僅與世俗相違，而且頗謬於聖人的是非。一般世俗觀點，認為忍辱負重是"貪生怕死"，若被刑戮，"中材以上且羞其行"⑦。孔孟遺教是"殺身成仁"，"舍生取義"。①《孟子》卷七《離婁上》。