然而，大周王朝傳到姬宮湦時，軒轅劍再次遺失，從此之後再也沒有出現過。自從姬宮湦遺失了軒轅劍之後，大周王朝的都城鎬京被犬戎攻破，姬宮湦兵敗被殺。神州大地從此進入了長達近五百年的混戰時期。一直到秦始皇統一各國。但是，喬納森斷定，從周幽王姬宮湦之後，軒轅劍再也沒有現世。因為，自武王伐紂之後，不論正史野史還是傳說，中國曆史上可以考證的戰爭中，再也沒有出現過如此大規模的人妖混戰的記載。
喬納森通過鑽研中國的古籍得出一個結論，軒轅劍有著庇護國運的神秘力量。這就是為什麼世界上公認的四大文明古國，其他三國文明都因外族入侵而被破壞殆盡。唯有中國，數千年來一直屹立不倒。雖然，中國曆史上也曾經出現過因為國力衰弱而被外族入侵統治的朝代。但是，這些朝代都有一個共同的特點，那就是無一例外被中華文明同化。迄今為止，還沒有一個異族能夠長久的統治中國，更不用說替代中華文明了。就包括現在侵占了中國大片領土的日本，也已經開始呈現敗象。所以，喬納森斷定，軒轅劍就被藏在神州大地的某一處。雖然沒有現世，卻在守護著中華文明免遭外族的破壞。
中國人信奉陰陽五行之說。根據陰陽五行相生相克的理論，極陰生至陽，至陽伴極陰才能保證陰陽調和邪魔不生。軒轅劍無疑屬至陽之物，而那些被它降服的異世界的妖魔怪獸自然屬極陰。自從軒轅劍失蹤之後，世間再也沒有出現過大規模的人妖混戰的神話傳說。由此，喬納森斷定，軒轅劍應該就鎮守在不周山下通往異世界的通道上。如果找到不周山的話，應該就能找到軒轅劍。而不周山到底在哪呢？《山海經》《淮南子》還有《史記》等古籍中記載各不相同，甚至自相矛盾。所以，喬納森就從和不周山有關的人物傳說入手。
自上古時代一直到商周兩朝。華夏文明基本都集中在黃河流域中原地帶。不周山應該不會超出這個範圍。但具體位置卻難以尋覓。後來，喬納森在明成祖祭天的一段祭文中發現有這麼一句話：“軒轅神殿佑我龍脈，軒轅之劍震懾邪魔。”根據這段祭文，喬納森更加肯定了自己的論斷。軒轅劍就被人放在了不周山下通往異世界的通道口用以抵擋妖魔怪獸，防止它們繼續湧入人間為禍。而且在那個通道處還建有一座軒轅神殿。經過數年研究，喬納森終於在一本古籍中發現，軒轅神殿地點的秘密就藏在一塊玉牌之中。但這塊玉牌的下落卻不為人知。
喬納森的家就在舊金山，而且離唐人街不遠。因為癡迷中國曆史，喬納森經常去光顧馮福海的兒子馮耀祖開的古董店。時間長了，兩人也就成了朋友。有一次，喬納森在馮耀祖的古董店一個不起眼的角落裏無意中發現了那半塊玉牌。開始，喬納森隻是無意的掃了一眼。就這一眼，喬納森發現，玉牌上褐色的雜質形成的一條條的紋路非常熟悉。好像在哪裏見過。於是，拿起放大鏡就仔細研究了起來。這一研究不要緊，喬納森發現，這塊玉牌裏褐色的雜質所組成的紋路，竟然與他研究了無數遍的中原地圖中河南鞏縣以北的一塊地形驚人的相似。喬納森問馮耀祖這塊玉牌從哪得來的。馮耀祖自然不會跟他說實話。隻是說在國內收來了。喬納森當時也沒多問，掏錢就買下了這半塊玉牌。雖然玉牌隻有半塊，但是，跟古籍中的描述非常相似，再加上上麵雜質形成的紋路，和他本人計算推測的地方又非常的吻合。所以，喬納森斷定，軒轅神殿的秘密就藏在這塊玉牌之中。隻可惜，玉牌隻有半塊，關鍵地點並沒有在這半塊玉牌之上。