劉軍大敗，當時就是有10個諸葛軍師也沒法避免的，但孔明惟恐擔當打敗仗的罪名，遠遠逃到一邊，好象大敗跟他沒關係似的。孔明到夏口見到關羽，馬上打發他上路接應劉備，又讓劉崎帶水軍接應。最後自己帶一軍坐山觀虎鬥。所幸曹軍已得到敵情通報，知道孔明是三國裏最著名的縱火犯，全軍都被他先前二把火燒怕了，加上遠道追趕人疲馬乏，見對方來了二隊人馬接應，隻得退回去了。
孔明見劉老板已被打成遊兵散勇，大為泄氣。心想還是早點離開劉家軍為妙。剛好東吳派魯肅來吊孝。孔明忙跑去找他苦苦哀求，讓他看在大哥諸葛瑾的麵上讓他去東吳避難。魯肅為人忠厚，架不住孔明哀求，就答應帶上他。剛開始老劉很不樂意，但孔明連蒙帶騙他說是去搞什麼聯吳抗曹的統一戰線，憨老劉也就信了。
到了東吳，孔明本想就賴在大哥家裏混日子。那知東吳的謀臣誤以為他是來當聯吳抗曹的說客，對他百般刁難。孔明有苦說不出，又不能說隻是來逃難的。後來發現東吳不少人都主和，這一驚非同小可。要是東吳降了老曹，他定會讓東吳將他這放火大王交出來，那自己豈不大難臨頭？
孔明於是忙找了個機會拜見魯肅，讓他安排自己和吳侯見麵，力陳抗曹大計。吳侯是個沒大腦的後生，喜歡搞民主，凡事都拿到議會去讓大臣門開會討論。與政府軍是和是戰的大事當然要開議會討論了，還讓諸葛亮也作為特邀嘉賓列席參加。結果諸葛亮喧賓奪主，憑三寸不爛之舌封住悠悠眾口，又使激將法搞定愛玩假民主的孫無謀，促成了東吳聯劉抗曹的同盟。這就是三國史上著名的“舌戰群儒”。在此之後，孔明又夥同周郎放了中國曆史上最著名的一把大火，成功地上演了“火燒赤壁”的慘劇，把個百萬曹軍燒回中原老家去了。
赤壁大戰後，諸葛亮以功臣身份回到劉備陣營。他看準曹軍退走後留下的真空勢力範圍，掉過頭來對付昔日盟友東吳，先是導演了“三氣周瑜”的人間慘劇，把昔日並肩作戰的戰友周郎活活氣死，又百般戲弄於己有恩的魯肅，教唆老劉上演了“劉備借荊洲”的鬧劇，連蒙帶騙搞大了自己的地盤。
就在諸葛亮要大展宏圖時，他的競爭對手龐統加入劉備的陣營。龐統此人在“火燒赤壁”的慘劇中給曹阿滿出了個餿主意，讓他把戰船捆綁在一起，最後才讓孔明放火得逞。此公才高N鬥，一來就在一個小縣城裏把臨時欽差檢查官張飛弄得心服口服。劉備被孔明欺壓了這麼久，總算盼來壓製孔明的對頭，如何不喜？於是乎，龐統馬上得到劉備重用，並在攻打西川戰役中獲得首發。
諸葛亮考慮到蜀中多名將，也不想馬上入川，樂得讓龐統去打頭陣。但又不能讓人覺察他避戰的意圖，所以就提出荊襄重地必須留有重兵。劉備不知是計，剛好打算丟下孔明去打天下，反正“得一可安天下”，帶龐軍師也能拿下西川，樂得不帶上孔明，免得他軍權獨攬。但老劉也擔心孔明在背後弄鬼，於是將跟自己最久也最信任的關、張、趙都留下“扶佐”孔明，自己隻帶了黃忠、魏延等降將去打西川。
孔明見劉老大將精銳部隊都留下來，知道劉老大此去必敗，故意不說。後來孔明夜觀天象，發現龐統即將兵敗身亡，心想龐統亦會夜觀天象，自己不如修書一封讓劉老大暫不進兵，龐統必以為自己是要和他爭功予以駁斥。龐統本來在夜觀天象後也有顧慮，但聽劉老大說諸葛亮來信勸止進兵，心想孔明素不服我，那有那麼好心？當即認定孔明是來阻自己奪頭功的。二個人一個聰明過頭，一個呆得可以，偏偏又都對諸葛亮有成見，結果雙雙中計。第二天，老劉臨時心血來潮和龐統換了的盧馬，結果龐軍師在落鳳坡隕命，劉備進退維穀，隻好向孔明低頭了。
孔明在收到劉老大的求救信後，知道自己又重新獲得首發，馬上打點人馬出征。趙雲智勇雙全，是要帶在身邊保駕的；張飛頭腦簡單，不會和自己做對，讓他自領一軍出發就是了；關羽素來眼高於頂，不太賣我的帳，華容道放我鴿子要不是劉老大包庇把兄弟，早就哢嚓了這個不知天高地厚的家夥。俺明知他遲早要和東吳鬧翻，也不能帶在身邊。至於日後是否會因此鬧出大事，現在也管不了這麼多了。
後來孔明雖助劉老大拿下西川，好大喜功的關老爺居然北拒曹軍南壓東吳，最後敗“走麥城”，落得個身首異處的下場。關羽死後，張飛也被手下人害死。老劉大怒之下發兵南征。做為足智多謀的軍師，諸葛亮完全有辦法阻止這一愚蠢的軍事行動，但諸葛亮暗恨他們哥仨綁他入夥，正想看他們好戲呢。裝模作樣勸了幾下就讓他上路去找他那二個把兄弟同生共死去了。