建園初期，在綿陽市委、市人民政府的關心支持下，經充分研討，園區采取“市校共建，以市為主”的建設模式，與綿陽市科技城科教創業園區、國家軍轉民科技園區實行“三塊牌子、—套班子”。設立綿陽科技城科教創業園區暨西南科技大學國家大學科技園管理委員會，全權負責大學科技園的建設，學校分管副校長任科技園管委會副主任，主要包括製定園區的總體規劃、“園區”內城市基礎設施建設、孵化體係的建設、製定和實施政策、履行行政管理服務職能等。為了更好地建設國家大學科技園，充分發揮西南科技大學在建設國家大學科技園中的主體作用，利用學校在人才、學科、技術和設備等方麵的資源和優勢，2008年底，經綿陽市委、市人民政府同意，開始實行“市校共建，以校為主”的管理體製，學校黨委書記王俊波任科技園管委會主任。
為推動“園區”建設的步伐，市人民政府授予了大學科技園管委會市級經濟管理權和縣級行政管理權。市校共建體製在大學科技園的建設中發揮了積極有效的作用。一是發揮了政府引導資源配置的作用。綿陽市人民政府為大學科技園建設劃撥土地4.98平方公裏、資金1000萬元，為大學科技園的快速啟動和長遠發展提供有利條件和廣闊的空間。二是發揮了西南科技大學及其合作辦學單位的科研技術資源和場地的優勢。一方麵組織引導學校高科技企業入園發展，另一方麵以學校各類研發機構的創新技術成果成為“園區”創新的源頭，同時，利用學校的研發設備等優勢設立了專業孵化器。三是推行“小機構、大服務”的服務模式。四是市人民政府賦予的市級經濟管理權，使“園區”享有獨立的財政權，“園區”可以實行財政傾斜政策，增強科技企業孵化能力。
“園區”成立以來，努力探索市場化運行機製。一是組建了綿陽科教創新投資有限責任公司，主要負責“園區”基礎設施建設和資本運作。“園區”的開發建設采取“開發公司建設——政府回租——企業運行”的方式。二是堅持開放式辦園。“園區”不僅吸納西南科技大學的高科技企業和人才到“園區”發展，而且努力吸引綿陽市軍工科研院所和企業的資金、人才到“園區”發展，還和西北工業大學、華中科技大學、成都理工大學等高等院校建立了密切的合作關係，為“園區”建設的持續發展提供有力支撐。
二、加強孵化體係建設
中小科技企業孵化功能是“園區”的基本功能之一。“園區”成立以來，“園區”設立了服務中心，學校注資成立西南科技大學國家大學科技園有限公司，麵向進入“園區”的中小科技企業，提供基本商務、中介服務、融資服務等多方位、立體式服務，初步形成了以場地、金融、中介、技術為主要支撐的孵化體係，促進了中小企業健康成長，加快了技術創新步伐，吸引了優秀人才，造就了能適應市場經濟需要的管理家與企業家。
（一）孵化器建設
“園區”有綜合孵化器一個、專業孵化器四個，已有孵化場地11570平方米。現有在孵企業60餘家，涉及電子信息、新材料、生物工程、環保等領域。
專業孵化器設在西南科技大學，場地麵積7570平方米。分別是“園區”新材料技術專業孵化器、“園區”信息技術專業孵化器、“園區”環境工程技術專業孵化器、“園區”生物技術專業孵化器。專業孵化器有在孵項目20餘個，在孵化企業10餘家。
（二）融資服務
“園區”為入園孵化企業可提供以下融資服務：一是幫助在孵企業爭取科技部中小型科技企業創新基金。“園區”成立以來，累計組織60餘家企業申報科技部中小企業創新基金，19家企業共獲得1190萬元創新基金支持。來自科技部的創新基金為中小企業的技術創新活動提供了強大的動力。二是“園區”引進了注冊資金達1.2億元的四川天晨投資控股公司，從事擔保、風險投資等業務，擴大中小型企業的融資範圍。三是“園區”分別投資5000萬元和100萬元參股綿陽市風險投資有限責任公司和綿陽市中小企業擔保公司，引導社會資金參與對中小企業技術創新活動的支持。四是“園區”每年設立100萬元滾動資金作為種子基金對入駐“園區”的項目給予支持。
（三）中介服務
“園區”引進了法律、資產評估、管理谘詢等中介服務機構12家，一方麵為企業提供工商、稅務、法律等方麵的基本服務，另一方麵為孵化企業提供發展谘詢、市場、技術等增值服務。
（四）孵化企業及畢業企業
現“園區”有在孵企業百餘家。畢業企業包括四川海天新材料製造有限公司、綿陽西科種業有限公司、新亞科技有限公司、四川維博電子股份有限公司等。畢業企業已開始產生了經濟效益，對地方經濟的發展起到了促進作用。比如：
四川西科種業股份有限公司由原有注冊資本500萬元發展到現有的5000萬元。主要從事西南科技大學選育的雜交水稻新品種和小麥新品種的市場開發。經西科種業的推動，新品種迅速轉化為生產力。在四川、重慶、湖南、湖北、河南、河北、陝西、甘肅、雲南、貴州等省（市）累計推廣1億多畝。