就在呂不韋就國河南不久，秦國政壇又發生了一件大事，這就是有人上告韓國的鄭國是個間諜，宗室大臣紛紛要求把那些賓客遊士統統趕回他們老家去，免得他們吃著秦國的糧食還對秦國政事指手劃腳。
原來，早在兩年前，鄭國就從韓國來到鹹陽，要為秦國在關中地區興修水利。秦以農戰立國，對水利極為重視，李冰父子在蜀地興修都江堰造福一方家喻戶曉。關中地區雖然一馬平川，沃野千裏，有渭水、涇水穿境而過，但實際上沒有充分利用涇、渭水利造福百姓。當時還任相國的呂不韋獲悉之後，立即同意了鄭國計劃，征調民夫修一條從池陽瓢口（今陝西涇陽縣北）至北洛河長300餘裏的水道，引涇水澆灌關中東部土地四萬餘頃（合現在200萬畝弱）。可是，鄭國來秦的主觀意圖並不是支援秦國經濟建設，而是來施行韓國“疲秦”計劃的。當時韓國勢弱，對秦國的東進無力阻止，韓安王昏庸無能又自作聰明，想出了這麼一個“疲秦”的陰謀，即派水工（相當於今天的工程師）鄭國到秦國興修水利，消耗秦國人力物力，使之無力東進，以達到自身苟延殘喘的目的。這是愚蠢的，呂不韋當時已有覺察，隻是見修渠有利不予追究而已。現在之所以被揭發，真實原因是借此機會清除呂不韋在朝廷中的影響，故而在揭發鄭國是韓國間諜的同時，宗室大臣趁機上書“諸侯人來事秦者，大抵為其主遊間於秦耳，請一切逐客”。
秦國自春秋以來就有重用客卿的傳統。當年秦穆公之所以成為春秋霸主之一，就是因為他手下有一批來自異國的人才，如百裏奚、由餘、匹豹、蹇叔等等都來自於別的國家。百裏奚本是虞國大夫，後成為晉國俘虜，被晉國作為陪嫁奴隸送往秦國，後逃到楚國成為奴隸，穆公聽說百裏奚才華出眾，就用5張羊皮即一個奴隸的價格把他買回秦國，拜為大夫。由餘本是西戎人，出使秦國，穆公見他見解不凡，學識淵博，精明強幹，使用離間的手段使戎王懷疑由餘，讓由餘對戎王失望，最後把由餘留在了秦國。正是有由餘、蹇叔、百裏奚等人的輔佐，穆公才能“益國十二，開地千裏”，成就一代霸業。秦孝公時，下求賢令，“有能出奇計強秦者，吾且尊官與之分上。”於是衛鞅（即商鞅，本是衛國公子，入秦被封於商而名商鞅）入秦，推行變法，使秦成為戰國七雄之首。在此後的曆史中，各國士人效力於秦者不勝枚舉，秦國的名臣將相大半來自異國，有姓名可考者達五六十名，他們為秦國的霸業和統一立下了不朽功勳。嬴政親政後，朝堂上仍有眾多的來自異國的臣僚。這些，秦國宗室大臣是明白的，為什麼現在突然提出“一切逐客”呢？這除了清除呂不韋勢力這個原因之外，還有更深層的原因，這就是宗室大臣要壟斷仕途。以往重用客卿，是出於現實需要，沒有人才優勢就不能在殘酷的爭霸兼並戰爭中獲勝。現在形勢變了，六國衰亡已成無可挽回之勢，秦國統一天下隻是個時間問題，沒有這些賓客遊士，秦國一樣能統一天下，留他們在秦國已無多大意義，徒增分羹對象而已。再者，秦國尚武，重視軍功，許多將軍和大臣以及地方長吏都是靠軍功入仕的，是在槍林箭雨中殺出來的，他們看著這些賓客遊士身無尺寸之功，未蒙矢石之險，也養尊處優，就憑著多讀幾本書，就出入宮廷，對朝政指指點點，有的還身居顯位，心裏實在不舒服。故而逐客的奏議一經提出，立即得到眾多人的附和。
嬴政聽說鄭國是韓國奸細，並且在秦國呆了近兩年，極為震驚和惱怒，當即傳令將鄭國押上朝堂，親自審訊，看他憑什麼能在秦國隱藏這麼久，是不是有什麼人庇護他，特別是要看看他和呂不韋有什麼牽連。不料鄭國來到朝堂，鎮定自若，對韓王“疲秦”之計供認不諱，雖然因羈押監獄而蓬頭垢麵，但言談舉止倒也落落大方。直到嬴政傳令將鄭國推出斬首時，鄭國也沒供出他和呂不韋有什麼關係，隻是請求在死前能說一句心裏話。看著鄭國氣定神閑的樣子，嬴政答應了他的請求，鄭國說：“罪臣隻是水工，不管什麼疲秦不疲秦；大王為什麼不等我把水渠修好之後再殺我呢？到那時渭北的鹽堿瘠薄之地不就可以成為一片沃野了嗎？”嬴政還以為他會請求赦免呢，沒想到鄭國會說出這一番道理，水渠修成對秦國確實有利，現在已進行大半，這個人殺不得，遂轉怒為喜，即傳令赦免鄭國，命他繼續主持水利工程。不久，一條從涇河橫貫渭北的水渠修成了，使秦國獲得了巨大的經濟利益。人們為了紀念鄭國，就將這條水渠命名為鄭國渠。
韓國間諜案以喜劇的形式結束了，對逐客的問題則照準執行，就在釋放鄭國的同時，嬴政下令“大索，逐客”。就是在全國範圍內搜索賓客遊士，無論少長、是否任職，一律趕出秦國。舉國上下，人心惶惶，成群結隊的遊士賓客在士卒的監視之下，淒淒惶惶，逶迤東行，懷著對名利的夢想，抱著治國良方以及對未來的迷茫，依依不舍地離開鹹陽，盡管這些賓客個個鐵嘴鋼牙、巧舌如簧，可誰也不敢上書勸諫。他們深知秦王政的脾性，了解逐客的目的，勸諫徒惹災禍，是不會有好結果的。
呂不韋的三千門客全部在驅逐之列，其中包括已任客卿多年的李斯。
李斯自任呂不韋舍人開始就和少年嬴政有接觸，因嬴政賞識而任客卿、長史，參與機務，謀劃軍國，無論是在內部權力鬥爭中還是在對外軍事外交中，都為嬴政出過不少好主意，早已進入了秦廷權力中心。他雖然是由呂不韋舍人起家，但實際上已成為嬴政心腹密友，他明白秦王逐客的目的是清除呂不韋勢力，但他萬萬想不到的是自己也在驅逐之列。他看著六國滅亡已指日可待，自己要做“倉中碩鼠”的理想即將成為現實時而破滅，想起多少年以來六國士人對秦國富國強兵所作出的輝煌貢獻，實在是不甘心就此離秦；回憶起和秦王相處的朝朝暮暮，真不願相信秦王真的會如此絕情絕義，會把賓客全部趕走。李斯輾轉反側，心潮起伏，時而憤悶，時而悲哀，就在家人收拾細軟、打點行裝的時候，他奮筆疾書，給秦王政寫了一封奏書，在動身離開鹹陽的同時，派人呈給秦王。
李斯的這篇奏文就是被司馬遷全文收入《史記》後又被選入《古文觀止》、千古傳誦的《諫逐客書》。在《諫逐客書》中，李斯開宗明義地寫道；“聽說朝廷中的部分大臣在議定逐客令，我以為這樣做太過分了。”隨後，李斯從秦國曆史入手，指出客卿對秦國發展的貢獻，說：“當年秦穆公求賢，從西方戎族請來了由餘，從東方的宛得到百裏奚，從宋國迎來蹇叔，從晉國挖來了丕豹、公孫枝。這5位賢臣都不是秦國本土人，受到穆公重用，結果使秦國強盛，向西兼並二十餘國，稱霸西戎。至秦孝公時，用商鞅之法，改變秦國風俗製度，使秦國富強、百姓樂業，東方諸侯紛紛結好臣服於秦，戰勝楚、魏之師，開地千裏，至今稱雄。秦惠文王時利用張儀之計，取得東方三川之地，兼並了西南巴蜀地區，北取上郡，南取漢中，使楚國的郢、鄢地區成為秦國領土，又在東方成皋的險要地區，取得肥沃豐美的土地，擊敗六國合縱，使他們不敢公然與秦為敵，直到今天我們還在享受著張儀的功勞。昭王時，重用範雎，貶斥貴族穰侯魏冉及華陽君，使公室強大，杜絕貴族私人勢力的發展，東向蠶食諸侯土地，成就秦國帝王之業。這4個君主都因為重用客卿才成就其功業。由此看來，客卿哪有對不起秦國的地方？假如這4位君主拒絕客卿，遠離外來的賢士，怎能有現在秦國的強大呢？”
在追溯了秦國重用客卿而強大的曆史之後，筆鋒一轉，又用比喻的方式，從現實入手勸說秦王：
“現在，大王有昆山美玉、隨和之寶，掛著明月一樣的珍珠，身佩太阿之劍，騎著千裏駿馬，打著翠鳳旗幟，立著靈龜的皮鼓。這些珍稀的物品都不是秦國出產，可是君王卻很喜歡他們，如果隻能是秦國出產的才能使用，那麼，夜光璧就不能裝飾於秦國朝廷，秦廷內也就不能有犀角象牙製成的器物，鄭魏兩國的美女更不能在宮中侍候大王了，外來的寶馬也不能在大王的馬廄中供您騎馭，江南的金錫、西蜀的丹青也無法運入秦地，還有那宛地的珠寶，阿地的絲帛，窕窈的趙國美女、美妙的鄭衛音樂也都無法為大王享用了。可現在秦宮中流行的都是鄭衛之音。如果按照秦國以外的東西統統不要的原則，這些音樂也要被取消，隻能上演傳統的秦國樂器，就是敲瓦罐，彈竹片。可是大王還是喜歡鄭衛之音，不願聽那敲瓦罐的聲音。為什麼？無非是稱心快意而已。可是，現在卻不問人的才幹如何，人品怎樣，隻要不是秦人，就一律驅逐出境。這豈不是把人看得連珠玉聲色都不如嗎？這種做法哪裏像是想製服諸侯、統一天下的君主呢？”
通過舉事實、講道理，說明僅靠秦國本土的物質和文化都不足以強兵富國的理由，說明吸收外國人才的重要之後，李斯在最後則指出“逐客”的嚴重後果：
“臣聽說地方廣大，糧食必多；國家強大，百姓必多；兵強將壯，士卒必然勇敢。因為泰山能吸納一粒一粒的土壤，才成其高大巍峨之姿；河海能吸收細小的溪流，才成其浩蕩深長之廣。當君王的對百姓一視同仁，才能表明他的仁德，得到百姓的擁護。所以，土地沒有四麵八方的限製，人民沒有國家間的區別，可以自由移動，才能成就三皇五帝的事業。可是現在大王下令逐客，把來投奔的六國賢士普通百姓全部趕走，這不是資助敵國，迫使他們為各諸侯國建功立業嗎？這樣一來，天下有識之士不敢西來，正是“給寇借兵，給盜送糧’。大王要知道：不產於秦而秦國離不開的物品並不少，雖不是秦國人而願為秦國效力的士人也不少。現在下逐客令，勢必將士人趕往敵國，削弱了自身，結怨於諸侯，是難以保證國家安全的。” 李斯把奏書送出之後，即啟程東行，但他走走停停，停停走走，行程很慢很慢。因為他想知道秦王對奏書的反應之後再對去留問題作出最後決斷。這是因為，一方麵，他知道秦王政的剛愎自用，不太容易接受別人的勸諫，唯恐自己措詞不當觸怒龍顏，故而選擇在啟程時派人送上奏書，一旦發生不測，自己有個逃生的機會；另一方麵他對自己酣暢淋漓、說理透徹而又論證巧妙的奏書抱有相當的信心，認為很有可能使秦王回心轉意，故而沒有迅速離去，對重返朝廷，官複原職抱有一線希望。的確，李斯《諫逐客書》的行文技巧是極為高超的，這不僅僅是他的文辭優美，一氣嗬成，更重要的是他避開了任何可能引秦王不快的人和事，又緊緊扣住秦王要統一天下這一理想而展開說理。首先，他立論的基點是若要完成統一大業必須吸納四方之士，這一點最能打動秦王，茅焦勸說秦王迎回太後已證明了這一點。其次，他指出逐客之不可行，但不指明逐客令是秦王政頒布的，而是“吏議”。這樣就給秦王收回逐客令留下了回旋的空間，逐客錯誤是“吏議”的責任，秦王正好收回。其三，敘述客卿對秦的貢獻遠及秦穆公，近抵昭襄王時的範雎，但對呂不韋這一個最大的外來客隻字未提，並且巧妙地點出了“士不產於秦而願忠者眾”這一主題，暗示賓客雖然大都因呂不韋而來，但他們並非都是呂不韋的私人門客，而是為秦效力的，他們是願意忠於大王您的，怎麼能青紅不分、皂白不辨通通把他們趕走呢？比如我李斯曾是呂不韋舍人，後來對大王不一直是忠心耿耿嗎？