阿古柏占領新疆之後， 利用浩罕人和本地民族上層人物中的投降派統治新疆各族人民。
阿古柏以宗教手段統治各族人民群眾， 廢除清朝政府的一切法規和製度，設立宗教法庭，隨意處罰和鞭打人民群眾。搗毀佛教寺廟，興建大批清真寺，強迫異教徒改信伊斯蘭教，反抗者一律格殺勿論。
為了聚斂大量的財富， 阿古柏以各種名目的稅收來敲榨人民群眾，並要各地的執政者不斷向他進貢金錢和財物。如此層層剝削，使人民群眾無法生活，處於水深火熱之中。由於殘酷的壓榨，許多人被餓死和凍死，出現了買賣奴隸的現象。而他自己則過著窮奢極欲的糜爛生活，在許多城市都建有豪華的宮殿，搶來數不清的美女供他淫樂，稍不順心不是鞭打，就是處死，害得各族婦女心驚膽戰，不敢出門，生怕被他的爪牙搶去遭受非人的折磨。阿古柏的殘酷統治，引起各族人民的憤怒。由於他有近10萬名正規軍和大量的警察和特務， 隨時鎮壓敢於反抗的各族人民群眾，所以，人民群眾處於敢怒不敢言的黑暗之中。各族被壓迫的人民群眾都在心裏詛咒他，盼望著關內的清兵早日進疆，消滅反動的阿古柏，使他們早日重見天日。
身為陝、甘總督的左宗棠在阿古柏的鐵蹄踏入新疆攻城略地時， 雖然無暇顧及新疆的危機， 但他為維護祖國領土完整統一，不容浩罕久占新疆，為日後趕走浩罕侵略軍而及早做了一些軍事準備。他把一些陝、甘回民青年軍士組織起來，嚴格訓練，使他們成為武功高超、忠於自己的偵探，混入新疆，偵察有關阿古柏的各種情報，然後，以接力的形式，從新疆往陝、甘以600裏快馬傳遞的速度， 一站又一站地傳入他的手中， 使他隨時掌握軍情，做好日後進剿阿古柏的軍事準備。他又訓練了一批專門繪製地圖的武士，混入新疆各地，喬裝打扮，把阿古柏所占城鎮的地理位置和各城之間的準確距離詳細繪製並記載下來， 也以同樣的傳遞方式逐站傳入他的手中。他還把一些因抵抗阿古柏失敗，逃往陝、甘的維吾爾族軍人和官員收留起來，經過撫慰感化，使這些人了解了他決心收複新疆的決心， 有了信心和希望並決心為他效力。他把這些愛國的維吾爾軍人和官員組織起來學習漢語，並讓他們充當教官，對回、漢、滿族的軍人教授維吾爾語和浩罕語。學會了維吾爾語和浩罕語的回、漢、滿人都很年輕，而且刀法嫻熟，槍法高明，讓他們混入新疆，打入阿古柏的要害部門，作為內應，到時裏應外合。
除此之外，左宗棠以追殺邢飛虎為名，派出數千人組成的追剿軍，趁機潛入鎮西和哈密，加強總兵賀健的軍事力量，以防止阿古柏進犯。
通過這些有效的辦法， 左宗棠基本上掌握了新疆的戰略要地和有關阿古柏的軍事情況， 為他日後消滅阿古柏創造了有利的條件。
正因為這樣， 左宗棠及時掌握了俄國突然出兵侵占伊犁的消息，並以600裏快馬的速度，從蘭州派出傳送情報的人員，到清廷向皇上和兩宮皇太後報告伊犁失守的不幸消息。
俄軍侵占伊犁的消息在當時國內是無人知道的， 清朝政府也是耳目閉塞，毫不知情，惟有身居蘭州行轅的左宗棠知道得最早最快。
然而蘭州距離北京畢竟路遠， 再快的馬也跑不過電報的速度。當左宗棠的快報送達清廷時，清政府已經知道伊犁失守的消息。
這又是怎麼一回事呢？
原來俄軍占領伊犁後，他們用電報報告了沙俄政府。俄國的皇上亞曆山大二世命令外交大臣電告俄國駐中國的大使布策，把電文送到清廷總理各國事務衙門的大臣手中， 然後由大臣呈送小皇上和慈安太後、慈禧太後。
俄國的電文說浩罕國的阿古柏欲要侵吞緊鄰俄國的伊犁，俄國為了保護住在伊犁俄僑的利益， 在阿古柏入侵之前占據了伊犁。
電文中還有一條理由說由於中國的兵力有限， 無能力控製伊犁，也無力抵抗阿古柏的入侵，所以，俄國代替中國收複伊犁，暫時代為管理，等清廷收複新疆後再歸還伊犁。
俄國發出這樣的電文顯然是為他們的侵略行徑做狡辯，目的在於穩住清朝政府，達到合理合法侵占伊犁的目的。
兩宮皇太後對俄國的做法雖然深惡痛絕，但也無可奈何，隻能忍讓與歎氣。
惟一使她們得到安慰的是左宗棠的快報來得很快， 對新疆伊犁失守的情況了如指掌，這在全國來說是極為罕見的事。
對快報中所提應當立即通過外交渠道向俄國提出嚴正警告和抗議的建議，她們也感到很明智很正確，認為左宗棠不失為一代英才。