他控製全疆局麵後， 又請動各地文武大員和地方官吏以及王公貴族電呈南京政府，表明擁護他當省主席。
金樹仁又電告南京政府平息叛亂的經過情形， 大肆吹噓自己如何有功，如何有能力有謀略，如何控製住了全疆的局勢，懇請南京政府盡快委任他為新疆省主席兼總司令。
南京政府原來支持樊耀南出任新疆當局最高領導， 見如今金樹仁得逞，便不予理會，拖延下來。
拖延之時，金樹仁不斷電呈新疆局勢如何穩定，但不能群龍無首，拖延日久將會發生動亂，影響國內局勢。
而他又再三表示絕對服從南京政府的號令， 請求政府盡快對他任命，以安定軍民之心。並派出親信帶上厚禮到南京進行活動。
南京政府覺得拖下去恐生變亂， 樊耀南已死再無合適的人選。認為金樹仁效忠南京政府的決心很大，並已表示遵循南京政府的指示辦事，也就隻好下令委任他為新疆省主席，至於總司令一職先擱置不任，準備另選合適的人畀以總司令而牽製他。
金樹仁當上省主席之後，認為大局已定，名正言順了，便把楊保山請到督署商議軍務，等他一進門，便被事先埋伏好的衛兵活捉了。
嚴刑拷打後，他始終不承認與樊耀南有任何陰謀聯係。
金樹仁把關押在牢房裏的奉樊耀南之命前去報告他消息而被截獲的衛兵押來與他作證，並出示了樊耀南寫給他的手諭。
然而，楊保山矢口否認，寧死不屈，終於被金樹仁秘密暗殺了。接著又迅速清除了楊保山軍中的一些武官及其同夥。
金樹仁把清理後的楊保山的一團人馬交給了為他上台而立下汗馬功勞的張培元。
金樹仁為了借助楊增新的勢力和威望統治新疆， 便把楊增新的著作《補過齋文牘》54卷和楊增新的讀書筆記《補過齋日記》30卷擺放在自己的書案上， 以此表明他是楊增新的得意門生和合法的繼承人。
楊增新在北伐戰爭以前曾表白自己死後將埋骨博格達山峰下的天池之濱，並親自查看了風水寶地，想給自己建立一座安身的園林公館，死後作為陵園。
由於北伐的勝利，全國局勢大變，他感到自己在新疆的獨裁統治搖搖欲墜，便在1927年年初把家眷搬到了北京。
事先他曾派教育廳廳長劉文龍專程到北京、天津和大連等地觀察時局的變化，考慮把家眷安置在何處最好。
劉文龍回來後如實對他講述了關內的政局變化， 認為民主與共和是大勢所趨，人心所向，新疆肯定也得走這條路。於是他決定把家眷移向內地，再也不提埋骨天池的事了。
封建社會的官吏一般講究死後落葉歸根， 而楊增新也曾說過將來死後將他的靈柩運回老家雲南老家，把他埋葬在那裏。
然而，自他殺了雲南同鄉李寅和夏鼎，從新疆趕走了來自雲南的同鄉後，雲南人與他為冤結仇，挖了他雲南老家的祖墳，以泄心中之恨。
他在千裏之外的新疆稱王稱霸， 而對雲南老家卻隻有望鄉興歎的份兒。對挖他祖墳的傷心事他鞭長莫及，也隻好忍氣吞聲了。
金樹仁把楊增新的靈柩停放在他生前為教化百官而創建的上帝廟裏，讓人們虔誠憑吊，並為楊增新舉辦隆重的葬禮，大力頌揚，而對樊耀南則極盡醜化與譴責。
楊增新的靈柩從迪化借道蘇聯的西伯利亞運往北京， 埋葬在北京的房山。由於楊增新當年曾派兵配合蘇聯紅軍消滅了竄入新疆境內的白俄潰軍， 後來又跟蘇聯塔什幹蘇維埃政府建立了通訊與外貿協議，建立了友好關係。所以，他的靈柩一進入蘇聯境內，蘇聯當局便派邊境部隊協助護送，直至中國境內。
楊增新在新疆主政長達十七年之久， 被槍殺時已年屆六十六歲了，但身體很健康，思維很敏捷。在他死前不久，他還曾自豪地說他是“塞外風雲一肩挑”。其實，這正是他獨裁統治的內心表白。
他終於死於非命。
他終於結束了一肩挑的命運。
楊增新生前始終以老子和莊子的哲學思想為政治主張而實行“小國寡民”的封閉政策。他給自己家族的堂號起名為“乾德堂”，而“乾德”是他經過卦算而確定的，他認為那是上蒼賜予的美德懿行，所以他的堂號替天布道，廣澤天下。
他在個人修身方麵以道家自居，講究返樸歸真而不修邊幅，連自己的胡子都懶得刮，不洗臉也是常有的事。