葉凡軒，大學一年紀學生，看神奇寶貝已經很多年了，今天，是神奇寶貝BW的首播日，葉凡軒興致勃勃的打開了電腦，可是，BW的第一集就讓他下巴掉到了地上，小智等級至少70的皮卡丘被一隻等級隻有5的初始神奇寶貝——葉藤蛇一擊擊敗，“CCCCC你TM的在逗我，你丫的連一隻5級的都打不過，唉···要是我是小智，就直接秒殺它了，就算是不能用電係的技能，唉····”這時，BW的播放突然中斷了，電腦藍屏，彈出來一個小窗口：你想改變神奇寶貝世界嗎？你想體驗一下蝴蝶效應嗎？想的話，在窗口左下角點確認哦。“我去，又是計算機係的在忽悠人了，我就點了，你能把老子怎麼樣？”嗒，鼠標輕輕的點在了窗口左下角的確認上，突然，窗口陡然開裂，一個藍色的漩渦出現在葉凡軒麵前，“我去，真的啊！？？！”呼！！葉凡軒瞬間被漩渦吸進，就在這時，地球上，所有關於葉凡軒的信息被抹除的一幹二淨。
神奇寶貝世界，關都地區，真新鎮，一個十歲的少年睜開了雙眼，看著屋子裏的各種神奇寶貝家居，文具，大吃一驚，“我了個大去，我真的穿越了”“小智，起來了！今天是你領取神奇寶貝的日子啊！啊！小智，10點了啊，快起來！”小智的母親——花子，在房間外高聲提醒道，“這，還是在這麼關鍵的時候醒來，唉··算了，既來之則安之，我葉凡軒，不，我小智，在此發誓，我要成為神奇寶貝大師，登上這個世界的巔峰！”小智迅速穿好衣服，以百米衝刺的速度跑到大木博士的研究所，“喲，這不是小智嗎，作為我勁敵的你，在開始就晚了一大步，哈哈哈哈，再見！”一個和小智差不多的少年在一大幫拉拉隊的簇擁下走上跑車，開向遠方。“喲，小智來了啊，嗬嗬，小茂那孩子不會說話，你不要和他賭氣。”小智微微一笑，自己前後兩世加起來都30歲了，自己為什麼要和一個10歲的小屁孩賭氣呢？“大木博士，我是來領取神奇寶貝的。”“額，這個，小火龍，傑尼龜，妙蛙種子都已經被其他人選走了啊”“大木博士，你肯定還有其他的神奇寶貝，快拿出來吧”小智一臉打死我也不信的表情對大木說道，小智吧神奇寶貝前三部都看了不止一遍，自然知道大木還有一隻強大的皮卡丘還沒有拿出來。“啊！既然你都這麼說了，那我也不好推脫，唉，其實我還有一隻電係的皮卡丘，可是它不怎麼待見我，對人類攻擊性很大，你確定要它？”“嗯嗯，大木博士，快把它拿出來吧！”“好吧”大木博士從一個機器裏拿出來了一個快速球，一陣紅光閃過，一隻可愛的皮卡丘出現在小智的麵前，大概由於大木把皮卡丘關的時間太長了，於是，“皮卡··丘~”一道金黃色的的十萬伏特擊中了大木博士，大木博士吐出來一口黑煙，“小，小智，你要帶著這隻皮卡丘好好旅行，咳咳咳，這5個精靈球和這個圖鑒給你，咳咳。”小智收好精靈球和圖鑒後，對大木博士說道“大木博士，給我一個電珠吧？別說你沒有。”“額···好吧。”大木博士從一個箱子裏拿出一個金黃色的的珠子，裏麵恍惚可見一些閃電若隱若現，“皮卡丘，以後你就是我的朋友了，這個是你專用的電珠，可以把你的絕招威力提升一倍哦，怎麼樣，一起走吧！”皮卡丘看了看小智，從他清澈的眼眸中，皮卡丘仿佛看到的以後和他一起挑戰神奇寶貝大師的那一刻。“皮卡！”皮卡丘開心的叫了一聲，把電珠吸收到體內，然後，“皮卡··丘~！”一道比一開始顏色濃鬱了許多的十萬伏特把又大木博士電了個外焦裏嫩（咦？為什麼要說又呢？）“那個，大木博士，我走了，再見，不用送我了，88！”說完，小智把皮卡丘放到肩膀上，一個“高速移動”奪路而逃，把貌似沒有了生命跡象的某木仍在了這裏·······
小智一到家，花子就開始嘮嘮叨叨的為小智準備東西“啊啊，媽媽我趕不上了！我走了，拜！！！！！！！”小智帶上帽子，抓起皮卡丘和背包以一個很低劣的接口遁走，“小智，到了常磐市給我打個電話啊！”花子極富穿透力的生音傳入小智的耳中，“知道了！”小智揮了揮手，一路小跑出了真新鎮。
小智和皮卡丘走在森林中，小智不禁感歎，這個世界環境太好了，比自己以前居住的地方好上100倍，嘩——嘩！小智身邊的草叢一陣晃動，然後，一隻可愛的伊布鑽了出來“布依！”小智看著這隻伊布雙眼精光大放，這隻伊布胸口的毛發和尾巴尖上的毛發不同於普通伊布的是淡黃色的而是白色的，顯然，這是一隻閃光伊布，“皮卡丘，電球！”“皮卡！”皮卡丘把金黃色的的高壓電聚集在尾巴上，然後用力甩向伊布，閃光伊布一驚，顯然，她沒想到皮卡丘會攻擊她，然後，電球就華麗麗的命中了，被電球擊中的伊布搖了搖頭，一個影子球向皮卡丘打來，小智笑了，因為電球是根據攻擊與被攻擊方的速度差距來確定傷害大小的，要知道，小智的皮卡丘速度是很可觀的，也就是說，這隻伊布的速度和皮卡丘差不多，“皮卡丘，用電擊波！”小智知道以皮卡丘的速度無法精確的命中像十萬伏特這樣大威力的技能，所以，小智隻能讓皮卡丘用電擊波這樣必中的技能來對戰。一道金黃色的閃電完全命中了伊布，還讓其進入了麻痹狀態，而伊布的影子球卻被皮卡丘躲過，“皮卡丘，趁現在，十萬伏特！”“皮卡~丘！”一道金黃色的閃電命中伊布。小智立刻扔出了神奇寶貝球，神奇寶貝球在閃爍了半分鍾後停了下來，“耶！收服伊布了！”紅光一閃，剛剛收服的伊布被小智放了出來，“布依~！”伊布爬到了小智另一個肩膀上舔著小智的臉，“皮卡！”皮卡丘不高興了，畢竟，小智的肩膀是皮卡丘專屬的位置，皮卡丘一道十萬伏特飆向伊布，“布依！”伊布叫了一聲，鑽進了神奇寶貝球，然後，十萬伏特完全命中了小智·····