宗門爭鬥是另外一種形式上的戰爭，其形態體現為正、邪之爭和正統與非正統之爭。發展到後期的三皇星域，道修、魔修、邪修加起來的數量達到一個非常驚人的數字。金丹大道這種上古修習功法，因為從未有修行者引發過混元天劫，打開過混元天界而受到前所未有的執疑。要知道，三皇星域後期，修行者並不排斥科技，甚至有的修行者非常推崇科技那種通過破壞，再重組一切的求知模式。由此釀發了後來的“正統與非正統”大戰。
正邪的爭端並不常發生，規模也小得多，各宗門所居的星球星帶並無多大損傷。但在道家出現第一例修至化石衰變期的金丹修行者後，一切就變了樣。當這名修行者化為虛空一顆裸星石後，修行界大亂。這讓一直以來居主導地位的金丹大道修行大受打擊，更堅定了那些尋求新功訣或者創新訣者的信心。現代科技層次分明，他們也有樣學樣，將修行功訣一級一級劃開。
經過無數修行者的努力和實踐，新的功訣誕生。從修真、修仙到修真靈。每一個階段分了數個層次，又稱境界。當這些現代修行功訣仍處在修真和修仙的門坎時，它們並未能引來大的爭端。這些功訣的修行者的能力還動不了金丹大道修行的統治地位，更由於其在修元嬰時便引發天劫而備受金丹修行者恥笑。但漸漸地，金丹修行者笑不出來了，修成仙嬰的現代修士們所遭的劫的時間一次比一次長，不像金丹修行，隻要達到一定的程度後，便會每千年受劫一次。惟一令金丹修行者好受一點的是，現代仙訣的修行者雖然受劫時間越來越長，但那仙劫的威力也是跟著節節增長。
大問題出在第一位真靈修行者出現後的第五百萬年間。
三皇星域現代仙人的劃分非常簡單，初成仙嬰者，稱為人仙，而後是金仙、玄仙、王仙、帝仙、真仙。這六個級別的現代仙人是以仙劫來劃分的。修真者大乘度劫，元嬰轉化為仙嬰，踏入修仙時代。金仙之劫一般會在九百年後，玄仙之劫一千八百年後、王仙之劫三千六百年後、帝仙之劫七千二百年後、真仙之劫四萬九千年後。真仙之後出現第一位真靈。
道佛魔邪四宗的高端金丹修行者嚴格監視著這第一位真靈，哪知過了五百萬年，先後有不少金丹大道後期的修行者晉入化石衰變期並化為虛空星石，但這位真靈修士卻不見一點劫象。宇宙時代的修行界，消息的傳播並不亞於星際國家的超媒體。“真靈無劫”四字不知是誰說出，瞬間傳遍整個修行界。金丹大道的修行地位由此顛動。一場正統與非正統的爭端也開始顯跡。
其實，當時的道家領袖玄宗對另類修士並不看重，也無所謂。真靈境界也許無劫，但之前的真仙大劫卻不是那麼好度。金丹大道的千年仙劫常常萬中存一，但真仙大劫百萬之中也不見得能留下一個。數百萬年的時間隻出現了一位真靈修士，便是明證。而這數百萬年間，修為切近這位真靈修士的金丹修行者，單玄宗戰閣就有一萬。
玄宗看得開，不代表其他宗門看得開。佛宗、魔宗、邪宗就不那麼好說話了。討伐之戰迅速展開，大量的各宗金丹修行者湧向修真星球、修仙星球，正統與非正統之間的戰鬥打響。結果可想而知，那位惟一的真靈修士由於不受幹擾修行了五百萬年，修為踏入真靈中後期，也不是那麼好對付的。更由於修真功訣便於推廣，數百萬年的時間裏，這些取代了生物科技強健人體的修真功訣早在凡人世界流行，很多身居高位的統治者往往都是修真界修仙界的大鱷。戰爭的鋪開麵越來越大，最後將整個星域卷了進去。
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“三皇星域就這樣毀了？”九彩（紫月）說到這裏，天心問道。
“沒有，一場席卷整個星域的戰爭打了二百年，就跟你們地球上的一戰二戰一樣，所有人，凡人、上位者、修真者、修仙者、金丹修行者全都瘋了。當時的玄宗雖然竭力避開這場星域戰爭，但哪能不受到一點波及。現代功訣的修行者憑勢力本來打不過金丹修行者，但凡人世界的卷入，加上當時有著百億門人的玄宗袖手，所以相互之間打了個平手。二百年的戰爭，雙方損失慘重，三皇星域被弄掉了三分之一，數十個星係全毀，所有星係皆傷。最後，玄宗看不下去了，硬行切入，將這場戰爭給截停了。有道是，破壞難，修複異。重建家園對修行者和凡人來說是好事，但對整個星域環境絕對是場災難。”
“怎麼講？”
“二百年戰爭，凡人世界各種戰爭儲備耗盡，修行界各門派法器大半損失，三皇星域除玄宗有幾顆完整星球外，幾乎顆顆帶傷。恢複家園，不就是拆東牆補西牆的行為嗎？三皇星域那時的科技比現在的大宇星域還要發達，各種提煉技術更是達到了一個新的高度。於是，在一顆顆星球重現原貌，各個國家軍備恢複的同進，一顆顆邊緣星球或者資源星球也被抽幹化為宇宙粉塵；在修行界各門派法器庫的法器重新回到標準線上時，一顆顆他們附近的資源星球荒在虛空中。”
“這個時間維持了多久？”
“僅僅一萬年。玄宗星閣向修行界有點實力的門派發布三皇星沉警報之後，整個星域存在不過一百年。”