吳應期、胡國柱、王緒等經長沙一口氣逃到辰州，安營紮寨，依險據守。到這時，除了辰州、武岡、新寧，湖南絕大部分地區都被清軍占領。
吳三桂的死直接導致吳軍的敗亡，清軍攻下湖南。同時，他們也發動了對四川的攻擊。
四川號稱天險，山峻穀深，道路阻斷，進兵不易，出兵亦難。因此，聖祖將四川叛軍暫且不理，先突破陝西與江西、福建兩翼，然後傾全力突擊湖南，待湖南全境將要恢複，就命將領率師入川。趁此清兵大勝、吳軍敗亡的有利形勢，一舉收複興安、漢中，再深入川中，除個別地方遇到抵抗，所到即降。王屏藩等被迫自殺、吳之茂等被捉，四川一省全人清軍掌握之中。清朝重新占有四川，給八旗兵進雲南又提供了一大方便條件。於是，清兵從西南包抄雲貴。
十三、屍骨不存，吳氏滅族
奪取雲貴是清朝平叛的最後一戰，清軍分三路，赴向貴州。吳軍將領死的死，降的降。昆明城也於半年之後陷落。
進城後，章泰、蔡毓榮、哈占、趙良棟等主要統帥舉行會議，討論如何處理吳世璠以下的骨幹分子。議決：投收吳世璠家產，把他頭割下，傳送京師示眾；將“首謀（反叛）獻計”的方光琛和他的兒子方學潛、侄兒方學範立即於軍前淩遲處死。接著，又製定了處理“逆藩”人員條例：凡助賊肆惡、事迫投降的高啟麈、張國柱、巴養元、鄭旺、李繼業等人皆處斬，妻女財產沒收人官。將王永清、江義等人淩遲處死，他們的親屬一律處斬。
吳三桂已死去三年多，朝廷仍不放過他。清軍一進城，就搜查他的棺柩，準備戳屍示眾。但查找多處，不得其真假，問吳三桂手下的至近人，也說不清楚。據有的書載，清軍迫昆明時，吳世璠和他的嶽父郭牡圖為防萬一，極其秘密地把吳三桂的屍骨改葬它處，此事隻有吳世王璠、郭牡圖等極少數的幾個人知道，可是他們都死了，他人無法知道吳三桂的真屍骨埋在何處。清軍已挖掘過吳三桂的墳墓，但都是偽墓。清軍到處搜尋，甚至一天中竟挖得十三具屍骨。連清統帥們也無法辨真偽，下令用火都燒掉。據傳，吳三桂的真骸骨埋在遠離昆明的中緬邊界銅壁關外。有的書記載，清軍搜查吳三桂屍骨，毫無蹤跡可尋。這時，吳三桂的一個侄兒出麵說：吳三桂的屍骨已焚化，骨灰匣藏在安福園石橋水底戽水。清軍照此挖掘，果然找到一骨灰匣。然後將吳世瑤的頭與吳三桂屍骨一並送到京師。康熙二十一年（1682年）正月十九日，議政王大臣會議做出決定：“逆賊吳三桂骸骨分發各省，吳世璠首級交與刑部懸掛示眾。”另將已押送京師的夏國相淩遲處死，巴養元等五人斬首示眾。
綜合各書記載，朝廷所得吳三桂屍骨不一定是真的。因為吳世瑤臨敗前，必將他的祖父的屍骨妥為保存，免致敗後遭戳，偽造幾個疑墓是完全可能的。如果吳三桂屍體已焚化，更難分出真假。反正隨便拿出誰人屍骨，就說成是吳三桂的，又有誰去辨偽存真！朝廷的目的，不過是作為懲治吳三桂屍骨，以做戒後人罷了，而對於一個死人，無任何實際意義！
最後，還須交代吳三桂最寵幸的愛妾陳圓圓的下落。當初，就是這個女人促使吳三桂“衝冠一怒件，棄明投清，從而改變了自己的命運。清軍人昆明後，在吳三桂的籍簿上確無陳圓圓的名字，亦不見其人。她到哪裏去了？下落何處？這已成為至今未解的一個曆史之謎。據《平滇始末》、《平吳錄》等書所載，城破時，圓圓同郭皇後，還有一個叫印太太的，一同自縊麵死；又一說“陳沅（圓）不食死”；還有的說，她當了尼姑隱居起來而得善終；還有的說投滇池麵死。眾說不一。清代野史說，陳圓圓的墓在昆明商山寺，甚至說她死於康熙二十八年（1689年）。墓已不複存在，也難辨真假。直到二十世紀八十年代初，據報載，在貴州岑鞏縣采尾鄉馬家寨發現了陳圓圓墓，有碑一塊，上麵鐫刻：“吳門聶氏之墓”六字。“吳門”非指為吳（三桂）家人，而暗示圓圓籍貫蘇州，亦即“吳門”之意。至於“聶氏”，也是用他人之姓氏用。這大概是為了避諱政治嫌疑才隱姓埋名的。碑文明載當年圓圓由昆明來到貴州岑鞏平西庵為尼（庵今仍存，在今岑鞏縣大有鄉桐木寨）。何時到此？大抵是吳三桂反後，兵駐湖南，或許她為避禍，而悄悄遠離昆明，來此僻地隱居，故能得以善終。又據報，這個寨子有三百多戶人家，除一家之外，都姓吳。他們自稱是吳三桂的後代，祖上有訓，要為陳圓圓墓保密，所以墓才保存到今天。圓圓旁是吳三桂的心腹大將馬一寶的衣冠塚。這一切，都表明此墓的真實性。這一事實如能成立，那麼，可以認為，圓圓早在昆明城破前已離開這一危地，吳三桂的後人或於破城前後也躲過清軍盤察和追索，而與圓圓來到貴州岑鞏這一窮鄉僻壤。在這裏了此終生了。這隻是推測，還缺乏足夠的史實依據。因此，有關圓圓晚年及死後埋葬地之謎，有待於進一步揭開。
與吳三桂同時代的清代著名詩人吳偉業唱出了《圓圓曲》，隻道出了吳三桂與圓圓的初期戀情和曆經曲折麵重新結合的一段豔史，卻是以吳氏全家的白骨為代價換取的。三十多年後，吳三桂與圓圓各走一途，又以吳氏滅族的血的代價而最終結束了這一顯赫世象的曆史！吳氏家族的興衰，乃是人間一出悲喜劇。清朝為保持它的統治地位，不遺餘力地進行了這場戰爭，取得了最後的勝利。戰爭無疑消耗了它的實力，損失了巨大的物力、財力和人力。然而它的勝利，足以彌補所受到的損失，並且變得空前強大，使它成為不可爭辯的中國統治者！聖祖和他的大臣們已充分估計到贏得這場戰爭勝利的深遠意義，這從康熙的《滇平》一詩中，得到了充分的反映。這首詩是聖祖在得到清軍克取昆明，吳三桂的餘黨投降的消息時，不由得感慨萬端，揮毫而成：洱海昆池道路難，捷書夜豐到長安。未矜幹羽三苗格，乍喜征輸六詔寬。天末遠收金馬隘，軍中新解鐵表寒。回思幾載焦芳意。此日方同萬國歡。
通往雲南的道路何等艱難！可是，勝利的捷報仍然在半夜傳送到北京。贏得這場戰爭的勝利，並非是專用武力征討，而是恩威並重，使雲南的各民族受到感化。幸喜戰事結束，開始減少對雲南軍隊征調和物資的征收。在南天邊收複了昆明，兵士們可以解下穿在身上感到寒冷的鎧甲征衣了。回想起過去幾年來的焦慮和艱辛，至今日才同天下百姓舉國同歡。
這首詩，道出了聖祖接到捷報瞬間的奔湧的感情，充滿了激情和無限的喜悅。他首先想到的是雲南各族百姓從此可以獲得安寧，廣大兵士們解甲，不再遭受征伐的犧牲和痛苦。全國人民同他都忍受了數年的艱辛，終於迎來了與天下同歡的新局麵！
徹底平息吳三桂發動的大規模的武裝反抗鬥爭，從根本上消除“三藩”的隱患和威脅，國家重歸一統，由大亂走向大治，大清江山從此得到鞏固。聖祖和廷臣們都把這一件事，視為清建國史上特大盛事。京內外百官紛紛上表慶賀，行賀禮。聖祖則於康熙二十年（1681年）十二月二十日，“頒詔天下”，其文略日：
朕纘承丕緒，統禦襄區，仰惟天地謄佑之麻，祖宗付托之重。聖祖母太皇太後慈訓之殷，蚤夜孜孜，勤求化理，期於兵革寢息，海字犁安。不意逆喊吳三桂，負國深恩，倡為變亂，陰結奸黨，同惡相援，抗違詔令，竊據疆土，滇、黔、閑、浙、楚、蜀、隴、兩粵、豫章之間，所在釋騷，肆騁病毒。吳三桂僭禰偽號，逆焰彌滋，負罪尤甚。
朕恭行天討，分命六師，剿撫並師，德威五濟，或繁頸於闕下，或駢戳於師中，擒撲誅除，以次收服。乃是三桂即膺神殛（措三桂病故），逆孫吳世璠，猶複鴟張。據大詔之一隅，延殘喘以拒命。朕惟賊惠一日不除，則生民一日不靖，策勵將士，屢趣師期。於是虎旅協心，進逼城下，賊焱計窮勢蹙，通款軍門，妁日獻城，凶桑授首，師克之日，市肆不擾，邊境晏如，捷書既至……神人胥悅，退連膺歡。
念自變亂以來。軍民茶苦，如在水火，擅堅執銳。卒歲靡寧，行齊居送，千裏相望，被兵之地，既罹於鋒刃，供憶之眾，複固於征精。朕憫恤民艱，不思輒加額賦，聞施權宜之令，用濟征繕之需，意在除殘，事非獲已。而身處宮寢之內，外廑聞閩之依，中夜屢興，旰食不眠，正焉思治，八載於茲。誇群逆削平，疆囤贏定，悉翦除曆年之蟊喊，永消異日之隱憂。甩是蕩滌煩苛，雛新庶正，大沛寬和之澤……誕告天下，成使聞知。