理學除了在府縣學、社學、義學傳播外，還通過書院來傳播。台灣書院創始於施琅統一台灣之後。康熙二十二年（1683年），施琅在台灣府治旁大天後宮內創辦起第一所以書院為名、義學為實的書院——西定坊書院，其後又由郡守、台令、道憲等在府治及其近郊建起鎮北坊、彌陀室、竹溪等8所同樣性質的書院。康熙四十三年，台灣知府衛台揆在府治把東安坊義學改建為崇文書院，於是台灣第一所真正的書院誕生了。康熙四十九年，鳳山知縣宋永清建起台灣第二所真正的書院——屏山書院。康熙五十九年，巡道梁文瑄創辦台灣規模最大的海東書院。到雍正時，又建起南社、正音等6所書院。乾隆朝時，清政府又屢次下令各地都要建立書院，“蓋書院之製所以導進人才，廣學校所不及”。因此，乾隆時期台灣書院數量大增，有白沙、南湖、鳳閣、五峰、文石、明誌、奎壁、龍門、新明誌書院。到光緒十九年（1893年）止，台灣各地書院達53所。治台官員不僅極力創辦書院，而且親自擔任書院山長，主持書院教學工作，如蔣鏞等。更多的是聘請福建等地的理學名師赴台任書院山長，執教課讀，如陳淑均、曾光鬥、施瓊芳、何雲龍、林壽祺等。他們在台灣各書院裏教授學生，倡導尊孔崇朱，仿《白鹿洞書院學規》製定書院學規，把程朱理學作為規範性文件規定下來，要求學生以學規為訓，廣泛閱讀研習程朱理學著作，明人倫之理，行忠義之事，不圖功名利祿，成為國家有用之才。治台官員為了滿足書院教學、研究和藏書的需要，從福建購進大量的經書、理學著作。如鹿港文開書院在1824年就從福建購進各類經書和理學著作2萬餘部，50餘萬冊；1826年，福建巡撫孫爾準從福州鼇峰書院的藏書中調撥45種166部理學要籍贈給台灣仰山書院，其中有遊酢的《二程語錄》等。海東書院、學海書院、登瀛書院藏書也是汗牛充棟。書院教育，都尊崇程朱理學，要求學子“以宋名儒為範”，因而《二程語錄》、《朱子大全》、《四書集注》等成為學子必修的課程，學子要以朱熹為精神偶像，發揚遊酢、楊時“程門立雪”精神，尊重承接儒家道統、學統，延續尊師重教的德統，保持和發揚道南學派的傳統學風，培養了大批富有成就的台灣學者，如魏宏、邱逢甲、江春源、許南英、鄭鵬雲、蔡廷蘭等。於是，朱子學、遊酢理學在台灣得到更加全麵、更加迅速而廣泛地傳播，被社會各界人士紛紛接受，成為全台共尊的社會思想。