據說，醫門創始人是五百多年前，一位年輕的劍客，名字叫沐風，傳說沐風從小聰明絕頂，並且武學天分奇高，任何武學一學就會，並且過目不忘，在他二十五歲那年，據說他一人單劍路過昆侖山，聽聞昆侖山上有一群無惡不作的山賊，已經殘害了無數百姓，他一怒之下，單劍上山，尋找那一群惡魔般的山賊。
他經過三天時間，終於找到了那群山賊的巢穴，在經過無數次的搏殺後，沐風最然將那山賊賊首重傷，但是他自己也已經筋疲力盡，離死也不遠了，最後，眼看沐風就要死在那賊首的手下，突然天際一道璀璨的劍光出現，奇快無比，一位身著紫袍的蒙麵人從天而降手持一把五光十色的神劍，幫助沐風殺死了賊首，最後更是把手中的神劍送於沐風，並且還留下了幾本秘籍，然後消失無蹤，從此，沐風也消失了蹤影。
直到那件事情發生後的十年後沐風突然重出江湖，當時，他手持一把五光十色的神劍，一人來到了天門山上，開宗立派，成立醫門，從此，醫門一派出現，三十後，據說醫門弟子親眼看到沐風突破宗師境界，此後幾百年醫門不斷壯大，跟沐風突破宗師境界有很大的關係，也為後世的出現，奠定了基礎。
那時，他留下的唯一一件東西，就是那把五光十色的神劍，而那把神劍，據說就是當年的三大神劍之一，“聖靈神劍”在神兵榜也是有名號的存在，和絕世好劍，絕世魔劍，合稱三大神劍。
此外還有傳聞，當年從天而降的紫袍蒙麵人後來就居住在醫門之內，並且就是聞名天下的醫神——葉天士，醫門的由來也是因為沐風得到葉天士的傳授而來的。
幾百年過去了，醫門因為有沐風曾經威名的震懾，倒也發展順利，可就是沒有什麼傑出的人才，直到一百多年前，一個叫淩雲的少年，無意中被當時醫門掌教，從土匪手中救起，並且帶回了醫門，從此，那個名叫淩雲的少年，是他，改變了醫門。
他的出現，就像是一道耀眼的流星一般，瞬間就打破了武林的格局，十年小成，三十年的時間，他的實力就達到絕頂高手境界，四十歲之前他就進入了宗師境界，成為當時武林的一大傳奇，從那時候起，醫門在他領導之下，一舉成為了正道六大派之首，從此威震武林，名震江湖。
此後，醫門發展奇快，壓過了少林武當，而淩雲也因為實力高深，並且醫術冠絕天下，被人尊稱為醫劍雙絕的神醫劍客。十年後，突破宗師境界，不知所蹤。有傳聞，他和獨孤求敗在華山之巔大戰了七七四十九天，勝負未知，哪一戰之後，兩人雙雙消失在江湖之上，無人知曉生死。
這麼多年來，其餘各大派都在拚命的追趕，但是沒有一方辦到，即使是武學聖地少林，也一直位居第二，無法趕上醫門的威名。
這百年來，醫門出了不少傑出人物，現在醫門掌教，是當年淩雲的弟子，當年淩雲收徒七人，七人中，最傑出的一人叫做蕭長風，外號醫俠，是現任醫門掌教，其餘六人分別掌管醫門幾大堂口，專門為醫門培養人才，這一次醫門最傑出的弟子，風無痕，就出自醫門第一堂——天醫堂。