社區思想政治工作中存在的問題主要有以下幾方麵：
（1）思想政治工作在認識層麵上不適應新形勢的變化。隨著政府由管理型向服務型的轉變，思想政治工作也需要相應的轉變，思想政治工作的服務性功能日益突出。在實際工作中，為教育而教育的現象還普遍存在，居民在心理上和思想上不願接受，使思想政治工作隻停留在表麵，無法深入人心。
（2）思想政治工作與存在的現實問題結合不足，工作力度有限。一些現實問題如：社會就業崗位不足、社會保障機製不健全、地區行業差距拉大分配不公等問題造成一部分居民心態不平衡，情緒容易受到影響。在涉及局部居民的一些切身利益時，也往往引發矛盾、衝突。麵對這些居民的思想問題，單一的思想政治工作隻能停留在穩定居民情緒的狀態下，無法從根本上解決問題。
（3）思想政治工作對工作對象的複雜性研究不夠，工作方法簡單。思想政治工作還存在一刀切的現象，針對性不強。例如，在社區居民中就分為：下崗失業工人、離退休職工、待業青年、外來流動人口、特困家庭、殘疾人等多個群體，每個群體都有自身的特點和需求，在實際工作中往往忽略這些區別。而社區開展思想政治工作，平時參加學習、接受教育的，大都是街道居委會幹部、樓組長、黨員骨幹和積極分子，而其它社會成員則是間接的接受，絕大多數處於自發狀態。
（4）思想政治工作在一些新領域和社會群體中還存在盲點。一是信息技術的發展和網絡的普及，對人們的思想產生很大的衝擊，增加了人們在是非鑒別和行為選擇上的複雜性，成為思想政治工作很難覆蓋和控製的領域。二是流動人口特別是進城務工的農民工的思想政治工作無法進行。他們流動性強、隨意性大，作為城市裏的一個弱勢邊緣群體，進城後許多人有極大的失落感、孤獨感和挫敗感，加之勞動強度大，經濟收入較低、正當權益得不到有效保障，情緒很容易被激化，成為一個社會不安定的潛在因素。
（5）社區思想政治工作者社會事務繁雜，經濟待遇低，精力無法集中。一些任務和會議精神的落實，僅資料的彙總就需要一項一項的從最基礎的居民家庭中調查登記做起，還有大量的工作需要組織發動轄區居民參與才能完成，其工作繁雜程度可想而知。在經濟待遇方麵，社區思想工作者的待遇不高，還有待提高。