《紅樓夢》的研究方法問題和如何擺脫紅學自身麵臨的困境使之有一個較大突破，是新時期紅學史研究討論的熱點，發表的文章數量較多，內容多集中在以下三個方麵： 什麼是紅學；《紅樓夢》研究是高揚人文主義精神還是堅持科學主義的原則；《紅樓夢》中有無“兩個世界”。
“什麼是紅學”之爭，實質上是考證派與評論派在理論上爭奪名分、地位的一場文字較量。考證派與評論派，一個屬基礎研究，一個屬義理研究，具有互補共存的關係。然而兩派的研究方法、路徑不同，各自的弱點也是明擺著的。一個以材料為支點，從作品到曆史，受材料製約，或易流於繁瑣碎細，或導致材料不夠設想來湊的主觀猜測。一個以理論為支點，理論不同，闡釋有別，見仁見智，易流於空疏，一旦相互攻訐，對立之勢難免。
這場論爭肇始於1981年，何滿子在《光明日報》發表了題為《現實主義的小說和非現實主義的評論》一文，批評考證派用曹家來說明賈家，紅學變成了曹學，漸與論敵索隱派打成一夥，大有走向雜學的趨勢。
麵對議論曹學的是是非非，1982年，周汝昌在《河北師範大學學報》發表《什麼是紅學》（根據錄音整理），指出紅學有她自身的特殊性，用一般研究小說的方式、眼光、態度來研究《紅樓夢》不是紅學，而是一般小說學。他主張紅學研究的基本對象是曹學、版本學、探佚學和脂學。這顯然是把《紅樓夢》的思想藝術研究劃到“紅學”之外了。其後，應必誠撰寫《也談什麼是紅學》應必誠《也談什麼是紅學》，《文藝報》1984年第3期。，認為： 《紅樓夢》本身的研究不僅不應排除在紅學之外，相反，它應該是紅學的最主要的內容。曹學、版本學、探佚學、脂學的研究如果脫離了《紅樓夢》本身的研究，那就會使自己失去研究的目的和存在的價值。周汝昌在《“紅學”與“紅樓夢研究”的良好關係》一文中指出： 應有“紅學”與“紅樓夢研究”兩個既有關聯又有區別的名稱和概念，不應把紅學拉往一般化。而趙冬年則認為“人為地劃分‘紅學’與‘《紅樓夢》研究’的各自領域是不必要的”。周汝昌沒有撰文對此文進行反駁，這場論爭便沒有再進行下去。但是，自此以後，對考證派的批評文章卻從未間斷過。
20世紀80年代初，考證派喧鬧一時，未得多少實效，引起學術界一片唏噓之聲。當代文學界呼籲：“紅學研究更應當與文學的現實靠近些，再靠近些！”古典文學界批評道：“你們紅學界把我們考據的名聲敗壞了！”甚至有人直言不諱地說：“考證沒有什麼意思，不要再弄下去了。”“應加強紅學研究的理論性，以提高研究的‘新境界’”。針對此類意見，周汝昌在《紅學的高境界何處尋》一文中毫不客氣地說： 紅學目前的情況表明，在很多方麵，迫切需要的還是基本功和補課。大量的問題從根本上還未弄個清楚，不要侈談空中樓閣的高境界。這種相互攻擊對方的錯處，無益於學術的發展，隻會增長不良的學術風氣。事實上，考據派與評論派在相互接軌。周汝昌不隻是考據大家，同時也搞紅樓夢的人物思想研究（如對寶玉的評價），藝術評論（如研究《紅樓夢》的結構），探討《紅樓夢》與中國文化的關係。評論派的理論是建立在考據派成果基礎上的。許多研究《紅樓夢》思想藝術的文章離不開脂批文字和曹雪芹家世生平的資料。考據派在沒有新史料時，不妨研究一下作品的實在價值。評論派為防止空疏，也應多接觸一些考據成果，乃至作一點考證工作，這種互補是很有益的。
紅學研究遵循的是科學主義的原則，目的在於再現《紅樓夢》及其作者的曆史客觀原貌。這是新紅學以來一直遵循的原則。對這一原則誰也未曾懷疑過。一些討論紅學研究方法的文章，多是以科學主義原則去衡量紅學研究的現實，批評那些“瞎子摸象”式的、“見木而不見林”的主觀片麵傾向，或者隻引用有利於自己論點的材料而不顧及其他的主觀隨意性毛病以及不把研究對象放在當時的曆史地位上考察，而是用今天的眼光去任意拔高，或不從材料出發隻從設想出發，材料不夠假想來湊的考證方法等等。認為上述做法都背離了實事求是，違背了科學精神。
周建渝在《“紅學”的困境與出路》一文中提出了相對應的觀點，主張用人文精神替代科學主義的原則。他認為每個時代的批評都會根據自己時代的意識、時代的生活需要，去發現《紅樓夢》中新思想和新的意義，這就是批評者的任務。在文學批評上不應該有，實際也不可能有一種一成不變或毫無差別的科學原則。文學批評最重要的性質應該在於它的人文精神而不是科學主義原則。文學批評的最終著眼點，主要是在於考察和評價作品中的精神信仰、人生意識、倫理道德以及作品存在的其他形成，而不僅僅停留在考證小說與曆史事實是否相符或論證方法是否科學。如果說在世界文化背景上，19世紀是科學主義盛行的時代，那麼20世紀以來，對科學主義的迷信已經打破。周建渝立足於當代意識、當代需要和文本的當代意義，意在對於古代文學研究中愈來愈後置於當代社會，隻追求科學性而忽視人文意義，隻探求曆史的原貌而不問當今社會的需要的偏頗現象來一個矯枉過正，其善意是可以理解的。同時文學研究特別是小說研究離不開人文精神的觀照與發掘也是顯而易見的。