北大在民九春季，允準女生入學旁聽，在吾國教育史上，實應屬一件大事。因為在民國初年，男女的界限甚嚴。不但沒有男女同校的學校，一般娛樂場所亦男女分座，不能相混。記得有一對新婚夫婦欲同往城南遊藝園聽戲，但限於規定，不能並座。其夫異想天開，乃妝扮成女人，與妻同坐婦女席。不幸被發覺，警方以其傷風敗俗，竟將其夫遊街示眾！不但未受輿論指摘，衛道的人對警方之處罰，且加稱讚。故北大容納女生旁聽，現在看起來，何足驚奇，但在當時確係駭俗。以後曹錕、張作霖打倒安福係時，他們曾在宴會席上麵告衛戍司令王懷慶說：聽說有個蔡校長讓男女同校，敗壞風俗，可拘押究辦。教育總長範源濂解勸說：“蔡是書生辦學，並無其他作用，請不必追究。”以此就可知當時允女生在男校旁聽，實是一件責任嚴重的大事。茲略述起初容納女生入學經過，及其在校情形如下：
民八夏，有一個甘肅籍女生鄧春蘭向北平報紙投稿多次，主張各學校應準許女生入學，引起報界注意，多有同情之評論。彼時北大招新生的考期已過。民九春有一江蘇籍女生王藍，請求入校旁聽，旋獲允準。遂有好些女生，援例請求。共收多少女旁聽生，我不清楚。因在哲學係一年級受學，我們的班上，當時有三個女生，其座位縱排在一般學生座位的右前方。她們態度很莊重，少言笑，更少見其與男生談過話。她們之一，名趙懋華者，在抗戰前，曾任立法委員。同年秋北大正式招收女生，與男生不複分座聽課。北平其他各大專學校亦準女生受學。
民八秋蔡校長被挽留返校後，鑒於學生為校長去留，迭次發生學潮，乃宣布其教授治校的構想，並邀蔣夢麟先生來校協助。北大原分文、理、法三科，每科設一學長負責。不久改組，廢學長製。北大原分三院辦理校務，文科在沙灘，理科在馬神廟，法科在譯學館。改組後原來文科辦事的地方名第一院，理科的名第二院，法科的名第三院，好像與原稱文科、理科、法科，沒有實質上的區別，其實則大不相同。改組後各科學長廢除，各學係的事宜，均直歸教務長指導管理，院隻成為學校一部分地方的名稱，而非管理校務和機構。文科學長陳獨秀遂於此時離校。學校各學係均設一主任，由各係主任選其中一人為教務長，直接管理教學事宜。各事務單位之上，設一總務長，負責指導一切事務之進行。各教授合組評議會，學校重要事項，提由該會決議。校長室設一秘書，負責與各單位聯係。北大第一任總務長由蔡校長聘蔣夢麟先生充任，教務長則馬寅初先生當選。前者我離校時仍為蔣先生，後者則馬任職未久即辭去，由何育傑、胡適之、顧孟餘諸先生相繼擔任，顧先生最久，我畢業以後，他尚繼續任職。民十二我畢業後，不悉在何時北大及其他各大學均於教務長之外，又設各院院長，分理各院事宜，且係聘任，與蔡先生當時教授治校之用意，大不相同。
蔡先生於民九冬奉派赴歐美考察教育，於考察期間，其校長職務，由蔣夢麟先生代理。他於十二月底抵法，其後赴比、德、奧、意、瑞士、瑞典、荷蘭、英、美各國考察，於八月中旬代表出席夏威夷太平洋教育會議後返國。在其出國期間，因北洋政府久欠教育經費，各校教職員領不到薪水。向政府請願，反被警衛毆打，因而宣布罷教；各校學生亦起而聲援。遷延數月，北政府知悉事態嚴重，乃為補發欠薪，並向之表示歉意，各校始複課。蔡先生回國後，大不為然，曾召集北大教職員痛切的說：學校教育青年，教職員應為學生模範，豈可因索薪罷教，貽誤後生？他堅決要求把罷教期間未為學生上課，而領得的薪水，交出歸公。並 如認為政府太壞，不能合作，盡可自動辭職，另謀他就。如大家都求去，亦可使政府驚覺反省。豈可既不離職，又不盡教學責任，貽誤青年？教職員接受蔡先生的提示，決議將罷課期間內所領之薪水歸公，但請分期扣除。以後北政府又常欠發學校經費，致扣除之決議，無法實行。但以此可見蔡先生作人處事之嚴正，從此再未發生教職員罷教情事。