考古學家又仔細研究第一塊和以後出土的印章，但經過一個世紀的努力印章上的字還是無法讀解。那麼，它是否是一種權力的象征，如果是，這兩個城市為什麼又沒有神殿和宮殿呢？
究竟是什麼人創造了這個文明
因為有一小部分印章上刻有神像，於是有人推測，這可能是宗教遺物。但也有人反駁說，這完全是家族或個人的保存品，不能說明整個國家具有宗教性質，況且出土的近30000枚印章有神像的隻是很小部分。
謎團越來越多。有人認為隻要能夠釋讀印章上的文字，就可以解釋這個文明的來龍去脈，大多數考古學家則認為必須從多方麵研究，以觸類旁通。
開始人們曾誤以為印度河文明是受其他文明的影響發展起來的，但是進一步考古發現，無論是文字還是印章都是其他地方看 不到的，而且出土的人類骨骼經鑒定也表明這裏的人融合了許多人種的要素，不是現在已知的某個特定民族。
那些當時建設如此高度文明的城市的人，如果不是印度人的先人，那又是什麼人呢？
印度河文明是怎樣被廢棄的
從馬亨佐·達摩遺址出土的人骨，都是在十分奇異的狀態下死亡的，換言之，死亡的人並非埋葬在墓中。考古學家發現這些人是猝死的，在通常的古文明遺址中，除非發生過地震和火山爆發，否則不會有猝死的人。
馬亨佐·達摩沒有發生過這兩件事，人骨都是在居室內被發現的，有不少居室內遺體成堆地倒著，慘不忍睹。最引人注目的是，遺體用的雙手蓋住臉呈現出保護自己的樣子。如果不是火山爆發和地震，那是一種什麼樣的恐怖令這些人瞬間死去呢？這還
是一個謎。
考古學家們提出了流行病、襲擊和集體自殺等假說，但均被推翻了。無論是流行病還是集體自殺，都不能解釋一瞬間死去。為了解開這個謎團，印度考古學家卡哈對出土的人骨進行了詳細的化學分析。
卡哈博士的報告說：“我在9具白骨中均發現有高溫加熱的痕跡，不用說這當然不是火葬，也沒有火災的跡象。是什麼異常的高溫使馬亨佐 ·達摩的居民猝死呢？人們想起了一些科學家推斷的遠古時代曾在世界不少地方發生的核戰爭。馬亨佐 ·達摩遺址與古代假想中的核戰爭有無關係呢？
事實上，印亞大陸是史詩神話中經常傳誦的古代核戰爭的戰場。公元前3000年的大敘事詩《馬哈巴拉德》中記敘的戰爭景象如廣島原子彈爆炸後的慘景，提到的武器連現代化武器也無法比
擬。更重要的是如此毛骨悚然的慘痛記憶流傳至今，非1945年廣島事件所能相提並論。
另一首敘事詩《拉馬亞那》描述了幾十萬大軍瞬間完全被毀滅的景象。詩中有一點值得注意，大決戰的場地是被稱為蘭卡的城市，而蘭卡正是當地人對馬亨佐·達摩的稱呼。
據當地人描述，1947年，印巴分治後屬巴基斯坦而被禁止發掘的馬亨佐 ·達摩，有不少類似廣島核爆炸後遺留下來的玻璃建築——托立尼提物質，即世界上第一顆原子彈在美國托立尼提沙漠中試爆，沙因高溫凝固成的玻璃狀物質。答案似乎出來了。但推斷畢竟是推斷，要人們信服馬亨佐 ·達摩的遺棄與核戰爭有關還為時過早。有人認為，印度河文明與其他文明是同時崛起並存的。是不是可以說，印度河文明發展之初，受到過外來文明的影響，但在漫長的曆史長河中孕育出獨特的高度文明。
還有人提出，印度河文明是多種文化融合的結果，眾說紛 紜。印度河文明不僅是印度文化的源頭，也是人類文明史的重要一環，人們最終定能揭開印度河文明之謎。