孔姓最初的發源地之一在今天的河南商丘一帶。孔子的祖先原是殷商後裔。周武王封商紂王的庶兄、商朝忠正的名臣微子啟於宋。微子啟死後，其弟微仲即位，微仲即為孔子的先祖。自孔子的六世祖孔父嘉之後，後代子孫開始以孔為姓，曾祖父孔防叔為了逃避宋國內亂，從宋國逃到了魯國。
孔子的父親叔梁紇是魯國出名的勇士，叔梁紇先娶施氏曜英，生九女而無一子，其妾生一子孟皮，但有足疾。在當時的情況下，女子和殘疾的兒子都不宜繼嗣。叔梁紇晚年與年輕女子顏征在生下孔子。由於孔子的母親曾去尼丘山祈禱，然後懷下孔子，又因孔子剛出生時頭頂的中間凹下，像尼丘山；故起名為丘，字仲尼。
孔父嘉的後代因為避禍逃奔到魯國，並且在魯國定居下來，這是孔氏的第一次東遷。這次東遷意義很大，以至後世魯地竟成了孔氏繁衍的居住地。進入秦朝，孔姓在魯地已成為一大望族，並不斷向四周鄰近省份遷徙繁衍。兩漢之際，孔姓族人除有部分居魯地祀奉孔子香火外，還有部分入仕，成為當朝高官，地位顯赫一時。三國兩晉南北朝時，北方連年戰亂，孔姓族人又一次大規模南徙，進入浙江、安徽等地。盛唐時期，社會安定，經濟發展，士族壯大，孔姓繁盛，郡望與名人大量湧現，家族播遷也愈加廣泛，逐漸分居於江蘇、浙江、江西等江南各地。元、明兩代，孔姓族人又廣播於江夏、臨川、江寧、池州等地，且陸續向四周徙居繁衍。至明末清初之際，又入遷福建、廣東、貴州、雲南一帶。清朝以後，孔姓子孫已遍布全國各地，還遠播海外，使孔姓成為我國諸多家族中一個著名的大宗族。當今孔姓族人分布很廣，以山東、江蘇、吉林為多，國外孔姓則以韓國居首。目前孔姓人口列全國第72位。
中國從何時開始有姓氏
最古老的是“姬”姓。姬姓的族人，可以說是黃帝的嫡係後裔，這個姓氏具有將近5000年的悠久曆史。可是，全世界的華人都自稱是“黃帝的子孫”或“炎黃子孫”，他們和姓姬的族人有什麼分別呢？“真相”是這樣的，在中華民族繁衍與發展的過程中，黃帝是中華民族的共同始祖。但是黃帝的子孫很多，在漫長的封建社會裏，他們分封在各地，多數以地名為姓氏。
在中國的宗法製度下很注重長子嫡孫，也就是嫡係子孫，黃帝的嫡係後裔長期以來保持著“姬”姓，其他的非嫡係子孫就不姓“姬”了。
根據《說文》的記載，起初黃帝居住在姬水，因而姓“姬”。在遠古時代，黃帝是軒轅氏部落的首領，他與炎帝都出自少典氏，這兩個部落經過一場阪泉之戰，炎帝被打敗，合並為炎黃部落。於是中華民族自稱“炎黃子孫”。接著，黃帝領導的炎黃部落又打敗了九黎族的首領蚩尤，黃帝率領的炎黃部落都姓姬，他們是今天的炎黃子孫的遠祖，也是姬氏族人的遠祖。
後來，黃帝的家族越來越大了，他的後裔陸續分封在各地，成為其他的姓氏，構成中華民族的主流。然而黃帝嫡係子孫（長子、長孫……）世世代代仍舊以姬姓相沿襲，直到3000多年前的周文王父子，仍然繼承著祖傳的姬姓，建立了中國最長的王朝，奠定了家庭及宗族之間倫常關係以及封建製度的基礎。
中華民族姓氏的變動，以先秦時期較多，到了漢代各個姓氏已漸趨固定。不過，根據《名賢氏族言行類稿》的記載，在唐朝開元年間，有一位世代居住在長安，官至水部郎中的姬居遜，由於避諱唐明皇的名字，而改姓周（唐明皇即唐玄宗，姓李，名隆基。“姬”與“基”同音）。這一來，分散了姬氏家族的力量。
不過，在較早的南北朝時期，本來以周為姓的人，也有改姓姬的，根據《姓氏考略》記載：“梁（梁朝）周弘正，諂事王偉，避侯景諱改姓姬氏，周石珍亦改姓姬氏。”
和許多著名的姓氏一樣，姬氏家族也很可能有其他民族的血統加入。南北朝時，在北魏為桓、穆二帝效勞，征伐有功，官至信義將軍，封為樓頓侯，後來歸順晉朝的姬澹，據說便是當時的鮮卑人。