一說為從上往下懸索下棺。早在唐代《朝野僉載》中，就有“自山上懸索下柩”的說法。千百年前，古大寧河地帶、武夷山都還是原始森林，那懸崖絕壁上古藤叢生，為懸索下柩提供了攀岩附壁的條件。隻要從上縋下幾個“葬禮先行官”，在洞口預先架設幾根橫木，人們在峰頂就地取材，伐楠製棺，然後吊墜而下，先擱在洞口橫木上，再由“先行官”推進洞裏。此說雖較為可信，但也引起人們的質疑：某些峰頂無法攀登，也不一定有可供製作的楠木。
一說為從下往上吊裝。已取出的一個船棺，棺蓋頭部有一道明顯的繩勒痕跡，寬約３厘米，似乎是吊裝的佐證。據《武夷山誌》載：“成化間有鄉人削竹簽，插仙船岩壁，攀引而上。”“村民能猿猱者嚐登之，棺不施釘，可開視。”但此種推想，理由略嫌不足，因為武夷山諸峰的特點是上豐下斂，峰腰洞穴多是朝內斜嵌，吊棺垂直上升不能解決進洞問題。
還有的說是洪水齊天時的遺物；有的說利用堆土法，即利用地形，堆起土台，棺木進位後，再將土撤去；甚至有的說是架設木架和雲梯。不過，對這幾種說法，相信的人甚少。
雲居寺佛舍利
佛舍利神奇奧妙、疑案又發生在紫禁城慈寧宮裏，令勝人神往、又成為勝人難以破解之謎。
佛舍利的科學含義是什麼呢？據文獻記載：舍利為梵語ＳＺＹＩＹＺ的音譯，又譯“設列羅”，意為“身骨”，指死者火葬後殘餘骨燼。通常指釋迦牟尼火葬後，遺留下來的一種固體物。如佛舍利子、佛牙舍利、佛指舍利。佛教經典中舍利有兩類：一為法身舍利，即釋迦牟尼所說的佛教經典。二為生身舍利，既釋迦牟尼火葬後，遺留下來的固體物。這一類舍利又可分為三種，按照（法苑珠林）的說法：一是骨舍利，白色；二是發舍利：黑色；三是肉舍利，紅色。但皆因圓明皎潔，堅固不碎，迥非世間珠寶可比。此外，菩薩、羅漢等也有舍利。惟其堅固程度不同。
敬仰和安奉舍利，是從釋迦牟尼的舍利開始的。釋迦牟尼火葬後，摩揭陀國王阿闔世王等七個國王，分別派遣使者到火葬地拘屍那城，向當地的末羅要求分給佛舍利。最初末羅人不肯分給，經盧那調解，才將佛舍利平分給八王。各國分到舍利後，回國建塔安奉並定期舉行紀念會。徒盧那將原來裝舍利的空瓶帶回去，建立了一個瓶塔。最後遲到的孔雀王分不到舍利，隻好將釋迦牟尼火葬後留下的炭和骨灰帶回去，也建塔安奉。因而釋迦牟尼的舍利被分為十處：①摩揭陀王，阿闔世王；②毗會離國，戾車毗族；③迦毗羅國釋迦族；④阿勒伽波，跋離族；⑤羅摩邑，拘利耶族；⑥毗塔底波邑，波羅門；⑦波婆邑，未羅族；⑧拘屍那羅市，末羅族；⑨蓽芭莉邑，孔雀族；⑩香姓波羅門，徒盧那。以上分舍利造塔安奉大事，原出巴利語之《涅經》，漢譯佛經中也有記載。所謂：“八王起八塔，金瓶及灰炭；如是閻浮提，始起於十塔。”
到公元前3世紀，阿育王弘揚佛教，並發掘“八王”修建的佛骨舍利塔，取出舍利，重建新塔安奉。從而增加了對佛骨舍利的崇敬。阿育王將所得舍利，分別盛入８４０００個寶函，進一步擴大了佛舍利的安奉範圍。阿育王弘揚佛教，造８４０００個塔供養舍利，在中國的有１７所。今據《法苑珠林》列名如下：①西晉會稽鄖縣塔。②東晉金陵長幹塔。③石趙青州東城塔。④姚秦河東蒲板塔。⑤周岐州岐山南塔。（即法門寺塔）⑥周瓜州城東人塔。⑦周沙州城人大乘寺塔。⑧周洛州故都西塔。⑨周涼洲姑臧故塔。⑩周甘州長刪丹縣故塔。周晉州霍山南塔。齊代州城內大乘寺塔。隋益州福感寺塔。隋懷州妙樂寺塔。隋並州淨明寺產塔。隋並州榆社縣塔。隋魏州臨黃縣塔。
１９８１年１１月２７日上午，北京房山縣文化科及雲居寺文物保管所人員在雷音洞內清理地麵，見佛座後邊地下五公分處有一方石，不覺有些詫異掀開方石，下有一穴，穴中有一石函。此時現場還有中國社會科學院世界宗教研究所專家。人們想到了史書上關於石經山藏有佛舍利的記載，於是小心往外拔取。經過緊張勞碌，上午１２時１５分，五重封函全部取出。佛舍利藏於內函中，共兩顆，黍粒般大小，米黃色，為肉舍利。現場拍照後，封函及佛舍利被北京市文物局送往北京保藏，隨後，佛教文物專家逐一打開封函，進行了反複研究。時過５年零５個月，１９８７年４月２８日，北京市政府舉行中外記者新聞發布會宣布了這一重大發現。次日，各大報刊紛紛報道新聞發布會的情況及佛舍利發現的經過。
外函漢白玉大石函。長寬各４９厘米。通高５０８厘米，此函為明增製。函蓋刻有１７２字銘文。