元明以後的教坊，就社會管理功能而言，較唐宋蕃坊更為削弱。這表明封建國家對回族社會組織的限製。因而，教坊一直處於組織分散和範圍狹小的狀態。當西北回族社會不斷壯大，經濟、文化趨於統一，區域性日益明顯時，教坊的分散性和狹小性不適應新的社會趨勢，必然會發生變化。這個變化大體是從經堂教育開始的。經堂教育打破教坊的封閉性，推動了一定區域內教坊之間的聯係；由於聯係的加強，才能在宗教上形成教派；由於教派的劃分，才產生了“門戶”及其鬥爭，最後促成了西北回族社會出現了眾多的“門宦”。人們常說“門宦是擴大了的教坊”，反映了門宦代表的組織發展是從教坊開始的，反映了西北回族社會組織的繼承關係，更反映了門宦組織在功能和範圍上遠遠超過了教坊。
筆者認為，門宦製度是西北回族社會凝聚和發展的結果，是該民族社會發展到一定高度的表現。回族社會組織發展在此實現了質的突破和飛躍，標誌著西北回族、撒拉族、東鄉族、保安族社會以門宦組織為依托，進入社會內部整合加速、區域統一快速提高的階段。這必然要劇烈地變動元明以來回族與封建國家的組織關係。比如，在清朝政權體係中，回族居民以地域劃分而被置於省、府、州、縣、鄉管轄之下，而門宦的組織擴大有明顯的跨越這些行政界限的趨勢，形成突破官府組織結構的新關係。蘇四十三反清時，得到蘭州、唐王川等地新教回民的大力支持，令清政府十分吃驚；田五事件中，清政府更清楚地看到新教傳播的廣泛，鹽茶、固原、靜寧、通渭、伏羌等各州縣均有反清活動，還有像馬泉灣、馬營街這樣的小城鎮也以“馬三阿渾、張阿渾、馬壯等”為首，聚眾“約有數千名”，與清軍作戰。這反映了教派和門宦所帶動的社會關係在空間上的廣泛性。
曆史上許多民族的早期組織發展，都是以血緣關係為紐帶，以部落兼並方式向地緣化關係發展。當這種地緣化關係得到確立，氏族部落組織就轉變成了政權組織。回族社會由於早就存在二重組織，其社會組織發展的方式和道路具有突出的特殊性。清政府政權組織按照區域劃分而統治百姓，回族被固定在這個地緣組織之間，造成民族成員被分割和分散於各縣鄉。這既是回族社會統一性提高的阻礙，又使得回族社會組織發展在地緣關係上失去了空間。隻有宗教關係才有可能突破官府的地緣組織分割，使不同地區的民族成員聯係起來。教坊在它很小的範圍內也具備地緣性，以清真寺為中心的一定範圍內的回族居民早已形成了穩定的宗教和社會關係。這樣，教坊之間的關係加強，其所屬的回族居民也就自然地聯係了起來。所以，教派推動教坊之間的一體化是門宦組織發展的基本方式。
這個組織發展和擴大的方式，決定了教爭的不可避免性。在循化撒拉族教爭中我們可以很清楚地看到，爭奪清真寺是教爭的關鍵，這當中也包括新建清真寺，表明了教坊在這個組織化過程中的重要地位。特別是那些已經歸屬某一門宦的教坊，若要改變門派，鬥爭便更為激烈，並能引起兩個門派之間廣泛的衝突。清政府看到了這點，在處理蘇四十三事件中，規定了明確的條款來限製這一組織發展。除了禁止哲赫忍耶新教，其禁條中還規定：“一禁攙奪；一禁勾引窩留”，這顯然針對教坊之間的宗教往來；“一禁添建禮拜寺；一禁誣告”，針對教派發展往往表現為新建教坊，“誣告”則指教爭。這些條款和政策旨在切斷回族教坊之間的聯係，使門宦組織在空間上無法發展。同時，對於門宦組織結構本身，清政府亦高度重視。上諭中說：“據伍岱等奏……回匪頭人有馬阿不都、馬之先、沙之玉、馬世雄四人，都是三掌教頭目，更有小頭人四名等語。新教匪徒竟有三掌教名目，可見伊等掌教內已有等第層次，是其蓄謀已久，必非朝夕所能猝合。李侍堯身為總督……於新教回匪等公然自立掌教名目等次之事毫無察覺，任其煽惑勾結，以致釀成事端。”站在統治階級立場上，乾隆把回族新教組織類比為白蓮教等反清宗教，因而氣急敗壞地企圖一舉將之消滅。富有統治經驗的乾隆曾反複指示地方官員調查事變原因，甚至還考慮到是否因地方苛政所激起。經過蘇四十三事件，清政府認定新教組織是反清的直接原因，因而便有上述的政策出台。他們的認識盲點在於，以門宦為代表的回族社會組織，不同於曆代農民起義中的宗教組織。農民起義的組織是以反官府為目的的，宗教組織是發動起義的手段。而西北回族宗教組織是該民族社會發展的自然結果，目的不是反抗清政府，而是完成本民族社會結構——組織化和一體化。這是任何民族發展中都可能經曆的一步，而不是由於階級利益衝突而蓄意發動的政治鬥爭。即使不考慮曆史、社會背景等因素，我們也可以看到，在回教宗教教派興起、組織發展中，首先產生的是教爭，而不是反官府。教爭雙方甚至到衙門告狀，希望通過清政府來解決教爭矛盾。這說明，教爭雙方毫無反官府動機，他們也不了解教爭與政府組織之間的深刻矛盾。因此，這是自然的和自發的，是社會發展問題，而不是政治（階級）鬥爭問題。
然而，事物在其發展過程中依條件而演變。蘇四十三、田五事變後，清政府著手打擊回族宗教組織，深刻反映了西北回族社會二重組織之間的衝突。清政府禁絕新教，限製教坊之間的聯係，取締掌教、總掌教，推行鄉約製，企圖瓦解回族教坊組織作用，以及增加甘寧青地區駐軍，變更行政建製等，成為西北回族社會組織發展的首要阻力。而且它對回族宗教組織的打擊在實踐上同時演變為對整個回族的壓製。最突出的問題是，清政府禁止新教，表麵上田五事件後，新教已不複存在。因而有關限製打擊回族宗教的各項措施均落實到未曾反清的老教身上。新任陝甘總督勒保奏報他采取的措施：
臣到甘以來，節次曉諭舊教回民將仍習新教之人按名查緝，並明立條款，回民禮拜日期止準於本村寺內念經，不許另赴別寺，亦不得多索懺錢；如有婚喪事件，止準廷請本寺鄉約頭人，另寺之人不得攙奪；仍令照依編造保甲之法，將某某回戶應歸某寺念經之處造冊備案；其平時教習經文，亦止準延請本寺回民教讀，不許勾引隔村別寺人及添建禮拜寺、私築城堡等事；至專設回民義學教以詩書，尤為化導良法，通飭實力奉行。以上立定章程，責成該管道府隨時稽查，按月稟報。
這些政策均令“各村莊老教頭人實力訪察，一有見聞，即當稟首”，並要“連（聯）名甘結”，保證絕無新教活動。筆者認為，這是一個非常重要的環節，它造成了繼新教反清之後，老教與官府矛盾激化，最終發展為西北回族無論新教老教一致反清的形勢。由此，西北回族社會中反官府情緒逐漸醞釀。比如哲赫忍耶派在遭禁的情況下迅速發展，到第四、第五代教主時，勢力超過了其他門宦。這無疑表明該門宦的反官府形象獲得了廣泛的認可。清朝鹹同年間，西北回族各門宦的組織體係已趨完備，組織力量空前強大，具備了發動反清鬥爭的條件。
清政府之所以能夠在西北回族社會如此有力地實施其政策，根本原因即在它的政權體係早已控製著這一社會。但另一方麵，回族畢竟不同於漢族，其民族社會內部存在的組織結構仍然發揮著重要作用。官府的種種措施需要“傳集該處頭人鄉約等”去落實，而回族“頭人鄉約”多數是宗教教坊和教門的領導。這個角度表現了少數民族社會組織的頑強，清政府不可能完全擺脫回族社會的固有組織結構。這個二重組織關係，此時演為清政府企圖通過回族社會力量來限製其組織的發展，結果必然是二者矛盾逐漸深化。這就是從蘇四十三事件到同治年間西北回族社會二重組織的運動趨勢。
三、二重組織鬥爭及其演變形態
同治初年，西北回族全麵反清。數年之間，甘寧青大部分地區被回民軍所控製，清政府地方統治基本瓦解。然而，取得巨大勝利的回民軍轉而尋求與官府合作的方式，“撫局”時期，回族社會組織上的二重關係更為突出。這是回民起義區別於其他民族運動的重要標誌。
如前所述，田五事件後的八十年間，西北回族社會並未因清政府的打擊限製而停止組織發展的步伐。從材料看，多數門宦獲得了長足的發展。遭禁絕的哲赫忍耶門宦組織中心轉移到寧夏靈州，第三代教主“馬達無在寧夏靈州暗設道堂，夜間禮拜念經，秘密經營教務”。道光年間，官府控製鬆弛，第五代教主“馬以德因以逐漸公開進行教務活動，曾派阿訇去新疆聯絡教徒，並在金積公開修建道堂、清真寺，甘肅的新教阿訇也常到金積‘跑教門’，遠近教徒紛紛前來拜謁教主，奉獻‘海底耶’”。第五代教主馬化龍時期，該派達於鼎盛。這特別表現在該門宦教區領導所顯示的作用上。如穆生花為馬化龍派在隴東的“熱伊斯”，他領導了平涼、清水、秦安一路的反清鬥爭，反映了教主以下宗教人物的權威和該門宦組織擴大後產生的區域組織結構。河徨一帶則以花寺門宦最為強大。它不僅在河州地區有廣泛的教眾，而且在西寧地區形成了一個相對獨立的組織體係。其他門宦，如北莊門宦以東鄉族為主，牟夫提門宦以臨洮為區域。其組織界限區分日益明確，教主權力一係相傳已經製度化，組織化和製度化水平均有顯著提高。