而馬占鱉、馬永瑞、馬悟真等是老教，在河州問題上寓含了這種政策上的區別對待。第二，左宗棠尤其痛恨取得清朝官員身份而又反清的人物。在雙方戰爭即將展開之際，馬化龍、馬桂源均以官員身份與左宗棠相周旋，左宗棠對此深為惱火，一旦找到這些人“叛逆”的證據，便嚴厲指責原來主持撫局的官員，稱馬桂源為“叛員”。用清朝官員的標準去衡量回民軍領導，這些人自然難以被寬恕。河州回民軍也曾議撫，但與官府的聯係很疏遠，馬占鼇等未受官職，問題比較單純，由反清而降清反而受到左宗棠的信任。第三，受降方式不同也影響了雙方的關係。馬化龍、馬桂源、馬文祿等於艱苦作戰失敗之後降清，自然是被迫投降，並非出於心甘情願。河州回民軍早在清軍進攻之前已經通過各種方式向左宗棠表示願意受降。金積堡剛陷落，河州回民軍即通過李德倉與左宗棠聯係。左氏批複：“河州陝甘諸回如果畏懼兵威，趁大兵未進之先悉繳馬匹槍械，平毀寨堡，頭目人等自縛來營真心就撫，本爵大臣自當恪遵朝命，免予誅夷。但恐該回眾等一麵乞撫，一麵仍懷兩端，又如從前情事，則劫數難逃。”後李德倉赴河州，馬占鼇等寫信給左氏，說明反清原因，指出金積堡回民軍撫後被殺，“又雲如蒙大憲勿效金積堡之樣，實心收撫，無不踴躍向化”。馬占鼇的信，語言坦率，表達了他的真實想法。左宗棠雖然惱怒地反駁了馬占鼇的說法，但左宗棠認為河州回民軍求降出於誠心，隻是擔心降後被殺。這無疑為後來的投降做了鋪墊。太子寺戰役擊敗清軍後，河州回民軍選擇了勝後求降的方式，掌握了較好的時機而使受降十分順利。馬占鼇很重視這一時機，他對部下說：“我們不要再糊塗了，這時不投降，到啥時投降？”他像左宗棠要求的那樣，自我捆綁赴左宗棠軍營，在一月之內盡繳馬械。這些戲劇性的做法贏得了左宗棠的好感。他批示河州知州潘效蘇：“河州民人既傾誠求撫，即當開誠撫治，無論漢回番民均是朝廷赤子，一本天地父母之心待之，俾各得其所，各遂其生，自然感孚浹洽，無有自外生成阻我聲教者。從前種種罪惡均不複問，豈有民間爭訟仇怨細故複行追究之理？”因而，河州回民軍除少數繼續反抗者外，其餘均得以保全，河州回民亦未被遷徙，其居民和社會結構未遭破壞。
河州回民軍內部本來並不統一，在降清問題上態度也不一致。大概馬占鼇力主降清，馬永瑞支持其意見，馬悟真附和此議，馬千齡“力勸馬公占鼇詣軍門納款錄功”。這些人組成降清派，成為主導性勢力。南鄉閔殿臣父子與馬占鼇等素有矛盾，“馬占鼇、馬永瑞曾將其父子捆辱之”，所以他們反對降清。不過降清已成大勢所趨，閔殿臣等亦隻好隨其大流，一並投降。
馬占鼇等降清後，其政治態度發生了極大轉變。與許多降清者僅為免遭殺戮的消極態度不同，馬占鼇等積極配合清軍，“自限分途按戶搜繳”武器，“各遣子弟並偕各回目馬永瑞等十二人赴安定軍前獻馬五十匹，具稟悔罪投誠”。署河州知州潘效蘇、河州鎮總兵沈玉遂赴任，“馬占鼇、馬尕大、馬永瑞及各回目阿渾等鹹跪道旁膜拜感泣，並納糧百萬斤備軍食”。馬占鼇等協助官府編審戶口，遷徙外地回民軍，代表當地回民與官府具結擔保，“西南北即令馬占鼇出總結，東鄉即令馬尕大出總結，分任責成”。馬占鼇等對官府恢複統治秩序作用突出，受到左宗棠讚賞。左氏專門上奏朝廷請給馬占鼇等翎頂，稱“河州回目馬占鼇、馬永瑞自就撫後，疊經委辦各務，均極妥慎，嗣搜捕河州土匪及各處竄匿回目多名。臣察其悔罪輸誠切實可靠，令挑選回勇兩營，飭馬占鼇督帶，馬永瑞副之，仍歸河州鎮總兵沈玉遂統帶，剿賊立功”。降清後不久，河州大東鄉又有反抗鬥爭，“連日又經回目馬占鼇率民團輯獲三十餘名，馬祥亦拿解訊明正法……其未獲匪徒，已飭地方官督馬占鼇督團密拿，地方仍一律安堵如故”。1874年底，河州南鄉閔殿臣率部眾起事。其原因有反官府的一麵，但也有不滿馬占鼇等權勢的動機。閔殿臣與馬占鼇素有積怨，馬占鼇率壯丁七百餘名據守積石關，“閔殿臣之子閔福一投馬占鼇處，充哨長，因不守營規被革。閔殿臣因此益恨馬占鼇並疑馬永瑞有意陷之……報怨之誌益堅”。閔殿臣起事，攻清軍營地，撲向河州城西南，火焚馬永瑞、馬占鼇家屋。清軍四處追擊，收效甚微。而馬占鼇、馬永瑞率左右兩旗出擊，斬獲頗多，未及一月，事變即被平息。閔殿臣之事反映了河州回族上層政治上的分歧。馬占鼇等有官府的支持，因而取得了優勢地位，在回民中亦擁有其眾，同時也加強了他們與官府的關係。左宗棠有一段論馬悟真的話說明了這一情況：“馬悟真即馬尕大師，河州大東鄉賊首也。與馬占鼇聲跡並著，狡悍善戰不及占鼇，而回族稱其寬易，河州起事最先而平定最後……就撫後心漸安貼而多疑之性仍未能改。上年閔逆之變，馬悟真激於私念，親身搏鬥受傷，比經加意撫恤，於是感激漸有真心，可保其不複反矣。”回族中的反抗活動進一步刺激著馬占鼇等更加緊密地與官府結合，也刺激著官府進一步依靠回族降將控製地方。這是回族軍事集團發展的一條重要途徑。
河州回民軍降清對西寧的形勢變化產生了直接影響。馬占鼇自請攻西寧回民，並向左宗棠建議遷徙西寧回民，堵塞其要道，拿獲陝回馬彥龍，配合清軍進駐循化，引導循化回民投降，“禁撒拉不許助逆”。左宗棠本來認為“馬占鼇欲立功西寧，其意不在剿而在撫。令其剿陝回或尚答應，令其剿馬本源兄弟則恐不肯出力”。而實際上馬占鼇、馬永瑞對瓦解西寧回民軍作用顯著，並追擊馬桂源直至迫使馬桂源投降。蘇家良、馬永瑞又將馬桂源家眷押解蘭州，完成了對西寧回民軍的鎮壓。
河州回族降將與其他降清隊伍的一個重要的不同是，他們僅僅在西寧配合清軍的行動，而後便長期駐守河州老家，沒有像其他降清隊伍那樣隨清軍西入新疆，參加收複新疆的戰爭。因此，馬占鼇所率的三旗馬隊雖然屬於清軍體係，歸河州鎮總兵指揮，但它從組成之日起就具有很強的地方性和集團性。這是一個非常重要的特點。清末的軍隊普遍帶有地方性和集團性。湘軍起自湖南，由地方性而導致曾國藩、左宗棠為首之集團性。李鴻章之淮軍亦如此。後來袁世凱編練的新式陸軍，地方性色彩略為淡薄，而集團性卻大為加強，從而形成左右中國政局的北洋軍勢力。由回民軍投降轉化而來的回族武裝，也都程度不同地具有地方性和集團性。河州集團與他們的區別在於，不僅它的地方性和集團性非常突出，而且它與河州及循化一帶回族社會具有密切且固定的聯係。後一因素又不斷地強化著前麵的性質。
這一現象顯然與回民軍降清過程有關。就陝西回民軍而言，他們長期作戰之後，力量日益分散，分別降清，有的降後即被安插鄉間，甚至未能保有一支馬隊。崔偉、畢大才等降後，部屬大部分被遷徙安插，隻留少數精壯編為旌善馬隊。這些旌善馬隊由回民組成，與其他清軍有明顯的區別，統帥亦皆從其內部產生。1896年崔嶽死後，所帶回隊由其侄崔金魁接管。這些表明了他們的集團性。但旌善馬隊編入清軍作戰序列，東西奔走，基本上脫離了原來的社會，而且陝西回民被遷徙之後，原來的組織結構被打亂。因此，旌善馬隊與回族社會之間的聯係不複存在，其地方性與集團性便因失去社會基礎而被削弱。馬占鼇、馬永瑞、馬悟真等於太子寺作戰大勝後投降，為的就是減少河州回民軍的損失，馬占鼇說這樣“清廷一定少辦善後”。應該說，馬占鼇得到的待遇遠遠超出了他投降時的期望。河州回民軍首領不僅保全了性命，而且保全了原有的政治、經濟勢力。客居河州的陝西回民軍一律被分散遷徙，惟當地回民未遭此難。左宗棠明確指出：“此次撫議，隻土回不遷，餘均應聽官安插。”所以，鬥爭失敗後的河州回族基本上保持了自己原有的力量和社會結構，他們沒有因反清運動失敗而發生重大變故，比較安全地從反清過渡到降清後狀態。這樣，我們就可以知道，反清運動失敗後，金積堡、西寧、肅州等地回族社會原有結構遭到嚴重破壞，其原有的組織體係被打亂，重新恢複和建立這一組織需要一定的時間，因此，這些地方短時間內難以組織起大規模的鬥爭。唯河州地區不同，這裏因保持了反清時期完整的社會組織體係，成為西北回族政治力量最雄厚的地方。左宗棠當然很重視這一點：“竊惟狄道、河州夙為回眾萃聚之所，土著漢民不過十之二三。回民恃其族大丁多，習為盜賊。漢民之弱者供其役使，謂為從教之戶；其稍強者不甘從教而勢力不敵，往往失業為匪，遊掠他方，所謂黑頭勇丁者是也。又一種撒拉回民，居河洮西寧之間，別為風氣，亦以剽掠為業，百餘年來不受官司約束，與河湟回互相勾結。”這是左宗棠向清廷報告的河州情況，除去其中對回族、撒拉族、漢族的歧視謾罵之詞，他對河州回民軍情況的描述反映了這裏政治力量的對比關係。這可從三個方麵來認識：其一，河狄地區回民軍具有絕對政治優勢；其二，河州回民軍對西寧回族，特別是撒拉族有極大影響，或者說，西寧撒拉族可視為河州回民軍力量之一；其三，這裏的漢民社會並無自己的組織與結構，反清時期，他們或從屬於回民軍，或流為“盜匪”。在這樣一個社會狀況中，要恢複清政府的統治秩序和社會的安定，不可能離開回族社會固有的政治勢力和組織渠道。清軍入駐河州地區，凡糧草交易、擒拿反清人物、探聽回民軍消息、維持治安，無不依賴馬占鼇等人。左宗棠給陳混的信中充分反映了這一情況：
沈漢卿稟請每營月發柴火銀二百兩，已允之矣。惟據稱擬交馬占鼇經理，似所見者小。伊意不過欲借此整飭營規，免兵民交涉易滋事端。然自古軍興，樵采在所不禁，官軍出錢辦取已屬格外體恤，若交馬占鼇承辦，是隱以頭目之權見授。無論馬占鼇將所領銀兩實發與否未可豫知，且責之以事，即予之以權，將來一切公事仍須仰其鼻息，是設官與不設官等耳，有官與無官等耳，流弊可勝言哉！大約移軍河州之始，人地生疏，糧草柴薪自不能不責成馬占鼇承辦，有給價，有不給價者。至一兩月之後，州官到任已久，紳民書差可備傳喚，柴火即可交地方官采買供軍，不必件件問馬占鼇，方是道理；亦不獨采買柴薪一事為然。凡事專其責成，是假以權勢，紀綱法度規模都從此出，一或不慎，以後便成積重之勢，不可不知。此信乞傳示沈鎮、潘牧，俾知其意。