1867年，回民軍占據貴德廳，殺同知承順等，清廷認為“西寧回民就撫本不足深恃，玉通主撫而毫無防範，以致匪黨益無忌憚。此次貴德既為賊踞，勢難再事羈縻……玉通亦當督率兵團嚴密防守，毋再輕信奸回詭詞，致為所誤”。這種動蕩的局麵使清廷對撫局失去信心。其次，不同地區的回民軍戰和不齊，不能構成完整的撫局。西北回民軍反清一直處於此伏彼起之勢，四大中心行動不一，兼以陝西回民軍始終未能與官府議和，致使整個局勢不穩。1865年秋後，寧夏回民軍全麵議撫，而河州回民軍發動攻勢，占據靖遠縣城，圍攻蘭州省城，“甘涼一帶賊壘林立”，陝西回民軍東趨入陝，“馬生彥、孫義漳等糾集靖遠、靜寧等處巨股眾約三四萬人陸續竄至隴州……該逆馬隊分股由麟遊繞至鳳翔，勢頗蔓延”。西北形勢並沒有因議撫而趨於平靜，反而陝西亦成戰爭之勢。同樣，西寧“南川漢團與回民甫經和息，而河州回逆馬占鼇又複糾眾撲入碾伯，擾及西寧”。玉通雖然力持撫局，但他與馬桂源的合作也未能實現西寧地區的和平。寧夏地區的撫局形勢較好，馬化龍為維持這裏的安定作出了很大貢獻。但因陝西回民軍與清軍處於戰爭狀態，影響到這一地區的局勢。寧夏達成撫局後，陝西回民軍分散於固原、平涼一帶，馬化龍曾代其議撫。穆圖善認為“陝回不難收撫而難安插，甘回未離故土反正較易，陝回則田園廬墓無存，在甘擇地安插究屬時懷觖望”。由於不能妥善安插，陝西回民軍不斷發動返陝戰役，清廷遂決計鎮壓陝西回民軍。這樣，撫局中的當地回民軍與陝西回民軍的聯係，成了他們與清政府對立的事實。左宗棠稱：“陝甘之回種類雖分，而氣類則一。陝之回盡萃於董誌塬，與甘回遙通聲息，此剿彼竄，飆忽靡常。”“即業經就撫之靈州金積堡回目馬朝清即馬化漋，清水縣張家川回目李德昌，或以馬械糧食顯與市易，嗾其擾陝，或以官軍聲勢浩大，勸其暫就安撫，相時而動，皆以回教一家，隱相親附，外雖貌為恭順，無異王民，內則暗肆披猖，仍滋他族。”南八營回民軍久處撫局，回漢和好，但他們與陝西回民軍的聯係頗受官府注意。左宗棠向清廷報告：“李德昌所致禹（得彥，引者注）、崔（三，引者注）諸逆書，昨已於賊巢中搜得。其為陝回、甘回及自為之計亦可謂工矣，而卒不免於敗露。”“就撫回目李德昌夥黨所稱南八營者，陽投誠而陰助逆。”以至後來清軍以追擊陝西回民軍為借口攻擊處於撫局的寧夏、西寧等處。官府把這種政治分散性總結為：“回眾乞撫者，今日獻城納款，明日略堡攻寨。旋複旋畔，漫不得其要領。”清政府很長一段時間是在“剿”、“撫”問題上搖擺不定，感到撫局仍不能實現安定，不時表現出放棄撫策的念頭。再次，民族紛爭也是影響撫局穩定的一個重要因素。多民族地區政權隻有各民族團結一致才能獲得鞏固。撫局當中，一度存在的民族大規模衝突基本平息，材料中漢民擁護回民軍政權的記載亦不少。陝甘總督楊嶽斌曾說：“臣上年入甘以來因該處（指西寧，引者注）回民連次稟請派員查辦，漢民恐被滋擾，亦紛紛稟求息事……”1866年穆圖善說：“寧郡於去歲收複。刻下難民歸案，均已一律安插。渠工已峻，耕種可期，地方大有起色。”也有漢民聯合向官府證明回漢關係和好的。這是民族矛盾緩和的明顯跡象。但撫局中的民族聯合並不穩固，特別是回民軍很少容納其他民族成員，與別的民族流民集團、部族武裝還處於對立狀態。西寧地區主要是藏族武裝與回民軍不時衝突，河狄一帶亦有藏族土司武裝存在，隴東則有董福祥等漢族流民武裝。這些武裝力量沒有被撫局所吸收，也不屬於清政府。他們獨立活動，屢與回民軍衝突，嚴重影響著當時的政治形勢。能否吸收其他民族的政治力量是政治發展是否成熟的重要標誌。從這一角度看，回民軍政權的完善尚有待於時日。左宗棠入甘後立即認識到這一問題，采取先收編和解散流民集團的措施，增強了清軍的勢力。
封建時代，民族間的政治關係變化，往往要以衝突和戰爭的形式表現，但新的政治格局隻有在安定和平的社會環境中才能鞏固和持續發展。這就是為什麼戰爭終究要走向和平、分裂必然歸於統一的原因。撫局是由戰爭走向和平的形式，但它由於上述問題而未能實現真正、全麵的和平。不穩定的因素不僅沒有被消除，反而在增強。具體而言，清政府與回民軍政權的矛盾因素是主導性的，隨著東南農民起義的失敗，清政府便努力增強其在西北之政治軍事力量，力量對比關係的逆轉，必然從根本上動搖了撫局。
二、西北回族反清運動的失敗
1866年10月，撚軍分為東西兩支。東撚軍由遵王賴文光、魯王任化邦率領，活動於中原地區；西撚軍由梁王張宗禹率領，挺進西北，往聯回眾。1867年，西撚軍由河南入陝，橫掃關中，逼近西安。屯聚董誌塬的陝西回民軍乘機大舉發動返陝戰役。清廷十分害怕“撚回勾合”，急忙任命陝甘總督左宗棠為欽差大臣，督師入陝，鎮壓撚軍和回民軍。
撚軍入陝加劇了西北形勢的嚴峻，打亂了清政府招撫回民軍的政治方案，尤其是陝西回民軍趨陝之舉有與撚軍聯合之可能，使趨於沉寂的回族反清鬥爭又變得激烈起來。由於清軍主力聚於關中，撚軍進入陝北，陝西回民軍亦紛紛由甘入陝北，兼以甘肅流民隊伍早已活動於這裏，陝北一時成為各種反清武裝交彙之地。據左宗棠的報告，陝北之回民軍和流民武裝共計近二十萬之眾。
左宗棠受命負責西北軍事，其製定的基本方針為：方今所患者，撚匪回逆耳。以地形論，中原為重，關隴為輕；以平賊論，剿撚宜急，剿回宜緩；以用兵次第論，欲靖西陲，必先清腹地，然後客軍無後顧之憂，餉道免中梗之患……是故進兵陝西，必先清關外之賊，進兵甘肅必先清陝西之賊，駐兵蘭州，必先清各路之賊……
這個意見中包含了統治者對農民起義和回民軍的認識。顯然，把農民起義視為首要的敵人，回民軍則被置於次要位置；西北回民軍中又以首先鎮壓陝西回民軍為原則。回民軍反清已近十載，但始終未有推翻清王朝之意圖，行蹤亦未出西北，不存在與農民起義聯合的積極態度，因而清政府采取分別對待、各個擊破的策略，得以集中兵力擊滅撚軍。西撚軍在陝西活動一年，並未能實現與回民軍聯合的目的，遂渡河入晉，馳入直隸、山東，後被清軍圍攻而失敗。
西撚軍離陝後，清軍著手鎮壓陝西境內的流民武裝和回民軍。流民武裝以漢族為主，其隊伍之形成及消滅與西北政治形勢變化關係甚為密切。回族反清之初，一方麵官府曾廣泛組織團練，另一方麵由於民族衝突，許多漢民結團自保。因此，甘肅、寧夏、青海各地產生了許多團練武裝。這些團練帶有很強的民間武裝色彩，與官府的關係親疏不一，但都與回民軍相對立。回民軍與官府議撫，遣散團練是達成撫議的重要條件。這樣，大部分團練被官府解散，但其中一些團練不堪忍受清政府的壓榨，走上獨立發展的道路，演化成既反官府又反回民軍的武裝。漢族流民“居不能安，逃無可入”，從而結為武裝，四處飄忽。流民武裝的形成與甘肅撫局有直接關係。回民軍與官府議和後，團練便失去了官府的支持，而又不能為回民軍所吸收，往往鋌而走險，迫而為“匪”。如慶陽地區“自回仇殺漢民，官複苛派民糧，民不能堪，於是安化聚眾數萬，搶劫公行。高萬鎰、董福祥為之首”。流民武裝見於記載的還有姚魁、蘇存宏、沙三、李雙良、扈彰、高銘新等，多由慶陽、平涼地區轉入陝北。另外一種如甘肅之黑頭勇，沒有公開反官府，但也不聽官府調遣。左宗棠說他們“似團非團，似勇非勇，似匪非匪，習氣日深”。實際上也是流民武裝。所以，流民武裝是回族反清的副產品，是民族矛盾的產物。
流民武裝反抗官府統治，牽製著清軍的力量，在客觀上與回民軍有呼應之效。如何對待他們便成為清政府鎮壓回族反清不可避免的問題。很明顯，撫局當中官府對流民武裝采取打擊鎮壓的政策；反之，撫局政策一旦變化，官府對流民武裝的政策亦隨之改變。左宗棠認為：“秦所患在回逆、土匪、潰勇、饑民。四者之中，潰勇、回逆稍為凶狡，土匪次之，饑民則誌在掠食，人數雖多，不能與回鬥，尤不能與官軍抗也。”左氏決定分別打擊對象之主次，不僅考慮其人數力量，更主要是以其誌之所在為依據。左宗棠入西北，曾向清廷表示用五年時間才能平定西北，自有一套長期的打算。其核心思想是回族鬥爭嚴重瓦解了清政府在西北的統治，過去的撫局助長了回民軍勢力，隻有改變撫局政策，鎮壓回民軍及瓦解其組織係統，才能恢複清政府統治。因此，他的第一個問題就是如何改變撫局。撫局是由清廷批準的，故左宗棠並不急於從理論上、口頭上反對這個政策，而是從行動上實施他的主張。由於這一總體政策的變化，對流民武裝的處置亦隨之改變。左氏在奏章中反複強調“環慶平涼人民自相團結，以與回鬥。敗喪之餘，流為盜賊，情實可原”，指出“董高等逆，以掠食為事”，“被迫為匪”，而不是立誌反清。這就將他們既區別於南方農民起義，又區別於回民軍。流民武裝有反官府的一麵，因而絕不允許其繼續存在，故左宗棠對其的政策首先是鎮壓。但流民武裝作為遊離於回民軍和官府之間的又一種力量，有可能被官府所利用。左宗棠以為“其罪應服上刑，其情猶可末減，應即據實奏懇皇仁，允為曲貸，以全其生”。由此確定對流民武裝鎮壓與招撫相結合的政策。
這一政策產生了明顯的作用，湘軍劉鬆山部入陝後，流民武裝紛紛投降。其勢力較小的分別被鎮壓或遣散，部眾較多者則被安插收編。1868年7月，陝北清澗境內流民三千餘人被清軍“一律正法”，扈彰部眾被道員劉厚基收編。流民隊伍當中，董福祥部影響最大。其部眾十餘萬，轉戰陝甘數年，與回民軍、清軍周旋。董福祥曾為收降與官府有多次接觸。“董福祥前此曾經投誠，因全副都統不能籌辦安插，是以中變。”扈彰降時，“董福祥則就金和甫都護求撫，因無安插乃止”。部眾愈多，愈難安插，既要有政治上的一致，又要有足夠的財力解決安插之費。湘軍領將劉鬆山為左宗棠依靠的主要將領，他完成了收編董部的任務。1869年1月，劉鬆山軍至董部大本營鎮靖堡，董之父董世猷、弟董福祿開門投降，答應派人喚回董福祥，部眾造冊呈核。數日後，董福祥正式降清。劉鬆山選其部眾精壯，編為“董字三營”，“李雙良、張萬會等大小頭目，發足糧食，作為鄉導”，又“挑選降眾三千作運夫”。董福祥部約有五千人隨湘軍作戰，被正式納入湘軍體係。這支隊伍成為後來聲名顯赫的甘軍的胚胎。
流民武裝與官府經曆了由合到分，又由分到合的過程，深刻反映了清政府政策和西北政治力量對比關係的變化。官府與回民軍對抗時積極利用團練、流民；當回民軍占據優勢時，官府轉為妥協，流民隊伍被排斥於官府之外；湘軍入西北，官府由妥協政策再度轉為戰爭，流民隊伍被招撫收編自是必然。於此可見民族矛盾與政治形勢之關係。
流民問題解決之後，左宗棠開始布置兵力進攻回民軍。其方針無非“剿撫兼施”，他說：
就秦隴大局而言，其終必歸於撫。而回土之中良莠雜糅，非苦心分明慎終，於始則一時雖幸無事，而後患方長，究非一了百了之計。
在呈清廷的奏章中，他對這個意見做了進一步的說明：
此次陝西漢、回仇殺，事起細微，因平時積釁過深，成此浩劫。此時若專言剿，無論誅不勝誅，後患仍無了日。且回民自唐以來雜處中國，蕃衍孳息千數百年，久已別成氣類，豈有一旦誅夷不留遺種之理。如專言撫，而概予曲赦，則良匪全無區分，徒惠奸宄，而從前橫被戕殘之數百萬漢民冤痛未伸，何以服輿情而彌異日之患？竊惟辦理之法仍宜恪遵前奉上諭，不論漢回隻辨良匪，以期解紛釋怨共樂升平。
左宗棠與清廷一樣，極力把回族反清說成是回漢民族衝突，這樣“撫策”才能成立。同時，他說回民“久已別成氣類”，包含著承認回族的特殊性意思，與其後來招撫馬占鼇等政策存在著內在聯係。不過左宗棠所說的“撫”與以往的撫局根本不同。他認為以前的撫局是“回撫官”，他的撫是“官撫回”，因而“撫”與“剿”的關係必須處理得當。他說：“辦回務非剿無以為撫，亦非撫不能剿。雖謂剿撫兼施，其中次第曲折極多，人手稍錯，便不易了，不比發逆撚逆一了即了也。”其具體實施大體依“先剿後撫”為原則，剿為手段，撫為結局，即武力鎮壓回民軍後，把廣大回族置於清政府統治之下。
關於用兵之次第，左宗棠抓住回民軍分散性的弱點，采取各個擊破之策。有人說：
“自回逆倡逆以來，蹂躪兩省，蔓延七載，跡甚猖獗，而實則較發撚各逆均易辦，以其……各霸一方，不相統屬故也。甘省回逆大勢，西南以河州為重，東北以金積堡為重。兩處皆陝回之逋逃藪，陽為就撫，陰則挾陝回以為之屏蔽……非先剿陝回而河州、金積之回不能撫，非剿河州、金積而平固甘涼等處之回不能撫……而進兵宜先從董誌塬始，遠撫而近剿，順撫而逆剿。”
因陝西回民軍大多數並未達成撫議，成為清軍首先打擊的對象，而甘肅回民軍與陝西回民軍的聯係，也成為清軍發動進攻的根據。
左宗棠說：
“陝之回盡萃於董誌塬，與甘回遙通聲息，此剿彼竄，飆忽靡常。而甘肅之官軍上下相蒙，徒苟目前之安不顧其後。”“甘肅回逆有三處必應痛剿，一西寧之馬尕三，一河州狄道之回，一金積堡之回。就三處而論，金積堡馬化漋名雖投順，卻極狡詐，恃其富豪，恃其地險，為甘回所推服，陽受穆署督之撫，陰與陝甘各回相通……董誌塬回逆與通貿易，故踞四年之久，廿萬之眾資用不絕……以大局計之，欲平陝甘回逆，非先攻金積堡不可，而攻金積堡非寧夏、固原均有勁軍夾擊不可。”
時陝西回民軍分散各地與清軍作戰。1869年3月，陝西回民軍返回董誌塬。麵對清軍圍攻，他們采取合並隊伍，突圍北進。“並十八營為四大營，以其半護家口輜重先行，留崔偉、馬正和等率悍黨萬餘，伏董誌塬斷後。”陝西回民軍主力北徙平涼、固原和金積堡一線。左宗棠便指揮清軍向寧夏進兵。
1869年8月，左宗棠上奏“陝境一律肅清”，著手部署進攻甘肅。清軍十數萬眾分三路進攻。湘軍劉鬆山部由陝北綏德西進，經定邊、花馬池往金積堡，是為北路之師；李耀南、吳士邁部由隴州、寶雞趨秦州，眈視河、狄回民軍，不使其入陝，是為南路之師；左宗棠自居中路，赴涇州、平涼，指揮黃鼎、雷正綰諸部由平、固北攻金積堡；此外還有從內蒙南下的金順、張曜等部攻寧夏之北部。這一部署的目的是“使諸回各部自顧，莫相應援”，分割回民軍，重點進攻金積堡。
9月，劉鬆山部到達靈州境內。馬化龍兩次遞稟左宗棠，報告陝西回民軍願意受撫，左宗棠並不相信，隻是批複必須真心求撫，並“發去告示兩道交該職一閱”，告之求撫事宜交由劉鬆山就近負責。陝西回民軍北上，給清軍進攻寧夏提供了口實。馬化龍代替他們向清軍議撫，希望維持寧夏的撫局與穩定。此時寧夏之撫局表麵上尚未破裂，左宗棠的批劄稱“副將馬朝清”雲雲。“靈州已撫回目周斌詣（劉鬆山，引者注）營麵稟‘陝回敗遁靈境後，分踞甘回各莊。甘回畏其凶悍，不敢與校’等語。劉鬆山即飛劄金積堡馬朝清，令其傳知各寨堡：‘官軍隻剿陝回，已撫之甘回安居無恐。’並令周斌選派十餘人，隨隊行走，傳示所過各回堡，俾鹹知官軍此來無他也。”馬化龍也再次致書左宗棠：“請將大營退劄，以安民心並求派員辦理撫局。”顯然，隻有將本地回民軍與陝西回民軍相區別，才有可能保持金積堡的撫局。但這會導致清軍對回民軍各個擊破，而且清軍壓境，本地回民軍不可能“安居無恐”。他們與陝西回民軍聯合起來，希望阻止劉鬆山部逼近金積堡。但這時寧夏回民軍仍然沒有放棄以政治方式維持撫局的努力，因此他們與清軍還沒有在全局上形成戰爭狀態。