在普萊恩教授的幫助下，牛頓寫了一份貧困生申請，不久學校就批準他為“減費生”。
他的工作是在課餘時間和假期為學校做一些雜活，比如，除草、修理桌椅板凳、清理教室等。這些對於牛頓來說都是小事一樁，雖然忙點、累點，但一想到可以為母親減輕一點負擔，也很開心。
但是，牛頓必須付出一定代價，包括被很多人看重的體麵和尊嚴。有時，他為了能吃到免費供給的午餐，不得不百般侍候那些來自貴族、紳士之家的紈絝子弟，有時，他們會故意找茬，拿牛頓尋開心。
也就是在這段勤工儉學的日子裏，牛頓結識了約翰·威金斯。他和牛頓一樣，也是來自小地方，家裏也很窮，靠勤工儉學維持生活。共同的生活經曆和人生遭遇使他們倆成為形影不離的好朋友。
在三一學院的最初３年，牛頓都是以減費生的身份度過的。
牛頓所在的三一學院，體現了深厚的宗教色彩，學院以培養“富有影響的精神貴族”而享有盛名。
然而，克倫威爾執政和查理二世複辟使劍橋大學在動蕩中一片混亂，曾降到了它作為教育機構的在曆史上的最低水平。
牛頓的導師就是舅舅的好朋友本傑明·普萊恩教授。
這個時候的劍橋大學，還奉行著中世紀以來的經院式教育方式，學習的課程主要是經書典籍、詩韻和神學，而以神學聞名的三一學院更是視神學為重中之重。普萊恩教授從一開始就試圖把牛頓引上傳統的正道，而牛頓卻不甘心。
這個時候，劍橋大學正處在封建王朝複辟下英國神教的心髒地位，也是１７世紀早期英國知識分子騷動的中心，牛頓也深受神教思想和倫理的束縛。盡管很孤獨，但是，他在埋頭苦讀中找到了樂趣，並且敢於用新思想、新方法開辟新的科學之路。
普萊恩教授也漸漸感覺到牛頓才華過人，傳統的課程不能滿足他的求知欲望。於是，他對牛頓的新思路並不加以限製，而且鼓勵牛頓有自己獨到的見解和想法，牛頓從此可以放心大膽地博覽群書了。
１６６３年，三一學院發生了一件事，這對牛頓的科學生涯是一個大的轉折。一個專門講授自然科學的講座盧卡斯講座在三一學院創辦了，這在劍橋大學是有史以來第一次。
創辦人亨利·盧卡斯就讀於劍橋大學，曾經代表劍橋大學當選為國會議員，１６６３年他因病去世。在遺囑中，他要求劍橋大學三一學院設立一個專門講授自然科學的數學教授職位，薪水僅低於學校校長的薪水。
盧卡斯講座的教學內容規定為地理學、物理學、天文學和數學。
第一位主持該講座的就是伊薩克·巴羅教授。巴羅是位才華橫溢的數學家，也是微積分的先軀，他在物理、天文、光學方麵也有很高的造詣。
可以這樣說，巴羅是改變牛頓科學道路的良師益友。
１６６４年，基於牛頓各科成績的優秀，巴羅決定授予牛頓公費生的資格。這樣，牛頓就有更多的時間看書學習了。
巴羅主講盧卡斯講座以後，牛頓更加佩服他的才識，每講必聽。巴羅的講課風格自由、活躍，富於啟發性，這引起了牛頓的極大興趣，他從來沒有覺得科學這麼有意思，擁有這麼多無窮的奧妙，牛頓被深深地吸引了。同時，牛頓對數學的非同尋常的悟性也給巴羅留下了深刻的印象。
牛頓在巴羅教授的啟發下，開始廣泛地閱讀大量的自然科學和哲學著作。從伽利略的《恒星使節》到開普勒的《光學》，再到笛卡爾的《幾何學》，牛頓在知識的海洋裏盡情地遨遊，如饑似渴地學習和鑽研近代科學革命以來的所有科學發明與成果。
盧卡斯講座和笛卡爾的《幾何學》、沃利斯的《無窮算術》引導著牛頓向自然科學之門大步邁去。自此，牛頓真正開始了他的科學生涯。
巴羅教授是個天才，然而，就人類曆史、科學史來講，他真正的偉大之處在於發現了偉大的天才——牛頓，並使這個天才有了發揮的機會。
漸漸地，牛頓和比他大１２歲的巴羅教授建立了密切的關係，他們既是師生，又是好朋友。牛頓對自然科學和數學的尖端成就和非凡的領悟能力，讓巴羅教授很是佩服，為了讓牛頓取得更大的成就，巴羅無私地將自己的所有心得和學識都傳授給了牛頓。
牛頓在劍橋迅速地成長起來。他曾在一本題為《一些哲學問題》的筆記中清清楚楚地寫道：“柏拉圖是我的朋友，亞裏士多德是我的朋友，但我最好的朋友是真理。”
牛頓在大學時代就已經立誌成為一名尋求真理的鬥士。