謎之一：動物白化現象。
我國許多城市的動物園裏都養有白熊。從外表看，它們實在沒有什麼區別，若注意到產地欄的記載，就會發現其中的大不同。原來多數白熊都屬引進的北極熊，唯獨武漢動物園裏的白熊標記著“神農架”三個字，是地道的“國產貨”。關於神農架白熊是否真是白熊的問題，科學界在20世紀50年代就有爭議，至今餘波未了。
20世紀50年代初期，人們在神農架山林裏捕到的第一隻白熊被送到武漢動物園，引起了科學界的震驚。依照常理，白熊隻能生活在北極圈內、北冰洋地區，神農架屬中緯度地區，是亞熱帶向溫帶氣候的過渡地帶，怎麼可能出現白熊呢？
未過多久，人們在神農架又相繼捕到4隻白熊，而且雄雌老幼兼備。
20世紀70年代，在兩次大規模的“鄂西北奇異動物科學考察”過程中，科學工作者竟陸續捕到了神奇的白蛇、白獐、白麂、白龜、白金絲猴、白蘇門羚、白鸛、白皮鷺、白冠長尾雉……當地百姓還曾目睹過白“野人”、白蟾蜍等，幾乎所有的動物物種都有白的。
在古代傳說中，白色動物一直被視為修行千載、始悟仙道的精靈或神物。《史記》中記述的曾幫助軒轅黃帝立下赫赫戰功的“羆”即為白熊，《白蛇傳》中的白娘子也是白蛇修成人身的。
神農架的白色動物同非白色的同種動物相比，在生活習性方麵尚未發現有多大差異。
通體白色的動物在當今世界上已為數寥寥了，非洲白獅、白人猿，印度白鹿等無不被人視為珍寶。在我國珍稀動物名錄裏，諸如白鸛、白冠長尾雉等占據了相當大的比重，神農架被稱為“白色動物之鄉”的確當之無愧，而神農架所有白色動物均享受國家一類保護動物的待遇也是理所當然的。不過人們至今還是不清楚，為什麼唯獨在神農架才會出現這麼大規模的動物白化現象。
謎之二：山溪之間的潮汐。
潮汐是由月球對地球的引力而產生的海水漲落現象。誰能相信，這海邊特有的自然現象竟也能出現在神農架的山溪間呢？流經紅花鄉茅湖村境內林區的潮水河就可以看到這種現象。
觀察潮水河奇觀最理想的地方當數橫臥於上遊的一座小橋。橋不知建於何時，雖曆經修補，卻依然保留著原有的模樣，橋墩用石頭壘砌，橋身由樹幹架成，高丈餘。平時看來，這座橋似乎架得多餘。因為隻有汩汩流水從橋下淌過，行人完全可以憑“石步子”安全過往。唯有到漲潮的時候才可以認識到橋的必要，那時候水位陡升，波濤翻騰，一下子便漫上橋頭，需半個多鍾頭才會慢慢消退。溪水從觀音岩上的一個岩洞中湧出，滾坡直下，最初為一掛瀑布，降至穀底才形成一條小溪。細觀瀑流，時粗時細，一晝夜三變，因而引起溪水三起三落。漲潮時波瀾翻滾，洶湧澎湃，落潮時水位銳減，露出岸邊卵石。這與海邊潮汐又不盡相同。
民間將潮水河潮汐的起因解釋為犀牛翻身。據說潮水河的源頭是一深淵，有一頭巨大的神犀終年睡在水裏修煉。神犀有個習慣，每晝夜要翻3次身，每當它翻身時就會激起淵水外溢，因而造成了河水漲潮。此說是否可視為對間歇泉的神話解釋呢？地質工作者曾探察過潮水河的源頭，發現觀音岩上的岩洞內通地下河，地下河的源頭遠在海拔2060米的“一碗水”，“一碗水”又是一處間歇泉，因此認為潮汐為間歇泉所致。但“一碗水”究竟有多大蓄水量？間歇泉是怎麼形成的？間歇泉有能量使下遊的溪水如潮水般定時暴起暴跌嗎？潮水河還有許多令人費解的現象。譬如，它來潮時的水色因時節而不同。若逢幹旱時節，水色混濁，像暴發的山洪；若逢淫雨時節，則碧波蕩漾，如奔騰的清流。為什麼如此涇渭分明呢？再譬如，它左右各有一條水溪，水色也因時節而異，不過恰與潮水河色相反，這是為什麼呢？這些問題誰能解答呢？
迷之三：真假虛實的動物故事。
神農架動物世界奇聞特別多。1986年12月4日的《江漢早報》上赫然登著一則報道，題曰《神農架巨型水怪之謎》。報道稱新華鄉農民發現3隻巨型水怪，“棲息在深水潭中，皮膚呈灰白色，頭部像大蟾蜍，兩隻圓眼比飯碗還大，嘴巴張開有四尺多長，兩前肢生有五趾……浮出水麵時嘴裏噴出幾丈高的水柱，接著冒青煙”。
與水怪傳聞大致相似的還有關於棺材獸、獨角獸和驢頭狼等的傳聞。《神農架報》稱棺材獸是自然保護區科考隊員黎國華最早在神農頂東南坡發現的，是一種“長方形怪獸，頭大，頸短，尾巴細長能自由擺動，時而還能搭到背脊骨上，全身麻灰色毛……向山下疾奔，碰得樹枝劈裏啪啦地脆斷，四蹄帶起的石頭轟隆隆地滾動”。《神農架之野》裏說獨角獸“頭跟馬腦殼一樣，體像大型蘇門羚，四肢比蘇門羚還長，後腿略長，尾巴又長又細，末梢有須……前額正中生著一隻黑色的彎角，像牛角，長有40厘米，從前額彎向腦後，呈半圓形弧弓。後頸部長有鬃毛，類似於馬鬃”。