慈禧剛開始是同意光緒變法的，國家政體是得改變，她不是沒看到這一點，她喜歡由光緒出麵，辦好了她來摘果子，辦壞了她來收拾殘局兼收權。但她沒有想到光緒的行動如此激進，立刻敏感地覺察到這不是什麼政治改革，而是政治奪權，她立刻做出反應，開始要收回權力，動手收拾新黨。
急切之間，新黨譚嗣同夜訪袁世凱，讓他發動兵變，囚禁慈禧。袁世凱是個老奸，一衡量新黨勝算太小，立馬轉而向榮祿告密。慈禧從頤和園趕回紫禁城，發動“戊戌政變”，光緒以徹底失敗而告終。
慈禧下旨，以光緒重病為由，由自己再次“訓政”。她以“養病”為由，將光緒囚禁在瀛台之中，砍斷橋梁，不與外界通消息，珍妃則以“賣官”為罪名，被打入冷宮，囚於北三所。並選中端親王載漪十五歲的兒子溥儁為大阿哥，準備拿他來替換光緒。
都說慈禧是“守舊派”、“投降派”，但事實上，慈禧不但不守舊，思想還非常新，世界上出現的新玩意新變化，她全都有興趣，還派張之洞辦招商局，派李鴻章辦洋務，派王公子弟到歐洲留學，辦海軍，興女學，都是出自她的主意。她也不主降，正相反，她還是非常主戰的，鹹豐逃難到熱河，她不同意，還請求力戰到底，她撥提左宗棠等人進行對法作戰等。
她一直很謹慎，不敢輕易開戰，就算有戰事，她也是息事寧人，草草收場。她辦海軍搞洋務，也希望積蓄和洋人一戰的力量。
然而她也容易被多年來唯我獨尊的感覺衝昏頭，被一帆風順的權力之路衝昏頭，她一直都以為隻要她想幹，沒有什麼事幹不成，一切都可以在她的計劃之中。她聽說光緒變法得到了洋人的支持，她聽說洋人收留了康有為、梁啟超等人，更因為洋人反對廢光緒——慈禧已經打算在次年即光緒二十六年（1900年）讓光緒禪位，改由溥儁登基為帝，連年號也要改為“保慶”。
列強不同意換皇帝，慈禧打從鹹豐開始數十年以來積蓄的怒氣一發不可收拾，端王為了讓自己的兒子早做皇帝，建議利用義和團來對付洋人。慈禧下令封義和團為“義民”，攻打各國使館。
八國聯軍正愁沒借口，各國戰船立刻開進來，由天津入口，直逼近北京城。慈禧打翻馬蜂窩，不可收拾，隻得倉皇改裝，帶著光緒出逃。
臨走前，她處死了珍妃。據說是因為她發現了珍妃寫給光緒的密信，讓光緒不要出逃；也有一種說法是慈禧臨走前要帶上珍妃，而珍妃則說皇上不能走，請讓皇上留下來收拾殘局。慈禧一聞就知道其中的味兒，唐朝“安史之亂”，李隆基倉皇出逃，太子李亨說讓兒子留下收拾殘局吧。結果殘局收拾完了，也沒李隆基什麼事兒了，李亨當了皇帝，李隆基被囚至死。怒不可遏的慈禧立刻下令，將珍妃扔到井中處死，這才放心出逃。
從珍妃種種所為來看，應該說珍妃頗有政治才能和手段，如果不是遇見了慈禧，將來很有可能成為當國的後妃，隻可惜，她遇上的是已經手握大權的慈禧，這就注定她隻能以悲劇收場。
庚子事變，慈禧出逃，她做夢也沒有想到，這輩子她也有坐牛車，吃窩頭，喝涼水的時候，盡管隻是短短十幾天，也夠她受的了。
她是苦澀的，當年鹹豐出逃熱河，她不以為然，直到今天她自己出逃得比鹹豐還狼狽，她這才意識到，這個世界上有一些東西，不是一個女人的心計手段算計，能夠解決得了的，人家亮出了武力，她就得落荒而逃。這一次的出逃，將她的自信心徹底打碎，讓她患上了“畏洋病”，讓她徹底明白，這個世界不由她說了算，她極度強悍的人生，從此急速走向下坡路，徹底墮向深淵。
出逃並沒有使她意識到民生之艱難，隻讓她恨不得早早逃離這一切，恢複原來的奢華享受。她吩咐留守的慶王等人，不惜一切代價，隻要仍然能夠保她平安，任何屈辱的條件都能夠答應。《辛醜條約》的簽訂，將中國送列強宰割，此條約共與十一國簽訂——向眾國賠償軍費四億五千萬兩白銀，以海關和鹽稅作抵；將北京東交民巷劃定為使館區，不準中國人入住，各國則可隨意派兵駐守；拆除北京至沿海途所有炮台，允許外國在山海關至北京之間十二地駐軍；永遠禁止中國人參加或成立任何反對列強的組織，違者處死；凡發生反列強之事的地方，文武各科考試停止五年；各地官員如不能保證當地外國人的安全，革職永不複用；派親王大臣赴德日兩國“謝罪”；懲處同情附和過義和團運動的官員（共計各級官員百餘人）；將總理衙門改為外務部，班列六部之首，專司與列強事宜。