王國維通過接觸西方學說和對中國傳統思想的考察而發現了個人的自主性，表觀在學術領域便是對於學術獨立的強調，這一點在王國維早期的文章中極為顯明。王國維所處的時代正是一個危機深重的年代，廣大知識分子為挽救政治的、民族的危機而投身於政治活動之中，他們感到的不是知識作為知識的價值，而是知識作為政治的工具或作為修身之途的價值。這種對知識的實用態度，誠如張灝所指出的，是中國儒家思想的傳統。（注：［美］張灝著，崔誌海等譯《梁啟超與中國近代思想的過渡》，江蘇人民出版社，1993年，第8頁。）正是在學術與政治的關節點上，王國維展開自己對晚清學術界的批評。1905年王國維寫道，康有為“之於學術非有固有之興味，不過以之為政治上之手段”，而譚嗣同的《仁學》，提出“以太說，是半唯物論，半神秘論”，（注：王國維對譚嗣同的評論，頗受李澤厚稱讚，“王對時人哲事的評論頗準確，表現了他的高度哲學素養，如他隻提嚴、康、譚三人，認為康是泛神論，譚半是唯物論，半是神秘論等，一語中的，超過今日好些論文”，見《中國近代思想史論》，人民出版社，1979年，第438頁。）“人讀此書的興味也不在此等幼稚的形而上學，而在其政治上的意見。”王又認為當時的許多雜誌，“其執筆者，非喜事之學生，則亡命之逋臣也。此等雜誌，本不知學問為何物，而但有政治上的目的。雖時有學術上的議論，但剽竊滅裂而已。”（注：王國維：《論近年之學術界》，《靜安文集》，《王國維遺書》第五冊，上海古籍書店，1983年。）在王國維看來，“欲求學術之發達必視學術為目的，而不視為手段而後可”，學術的發達，正源於其獨立。
王國維把自己的批評從兩方麵來展開，一是強調學術的自足性，認為學術不能和政治、官掛起鉤來，這是對傳統中“學而優則仕”的反叛，努力拉開學術與政治的距離。針對晚清的教育救國思潮，王國維進行了反思。（注：關於王國維教育思想，參看周明之：《王國維的教育思想》，《中央研究院近代史研究所集刊》第19期。）他批評了晚清社會中以官獎學的現象，認為現代社會是一個職業分工的社會，一切社會上的職業都需要特殊的技能和特別之教育，而官和其他職業一樣，都是職業中的一種，用官來獎勵服務期滿的師範生和留學生，實際上正如一個工廠用治“會計業”來獎勵一般職工一樣，這實際上等於說“今日學問、道德、實業等皆無價值”，唯官有價值。在這之中王國維看到中國士人的愛好在於利和官。（注：王國維：《教育小言十則），《教育小言十三則》，《靜安文集續編》，《王國維遺書》第五冊。）在王國維看來，必須使道德、實業、學術具有獨立的價值，然後才能扭轉社會的這種趨勢。
同時，王國維力言學術與政治的不相關性。1900年義和團運動後，在西方各國的壓力之下，清政府為挽救統治危機而進行了改革，在這個過程中，教育是一個中心議題。1904年，張百熙、張之洞、榮慶等奉旨著手重訂全國教育計劃，即《奏定學堂章程》。王國維對章程進行了嚴厲的批評，尤其是其沒有設立哲學一科。在王看來，他們之所以沒有設哲學科的原因在於認為哲學中的某些學說，有害於政治、社會的安定，“海內自由，革命之說”，多源於西洋哲學。對此，王國維認為哲學乃是“博稽眾說而唯真理是從”，而自由、革命等是屬於政治學與法律學的，與哲學無關。（注：王國維：《奏定經學科大學文學科大學章程書後》，《靜安文集續編》；《哲學辨惑》，見佛雛校輯《王國維哲學美學論文輯佚》，華東師範大學出版社，1993年。）
如果說王國維與張之洞的一個分歧是在於強調學術的獨立性，那麼，另一個重要的分歧便是對於教育目的之分歧。在張之洞等人看來，教育的目的在於為國家培養有用的人才，如《章程》中所講的通經致用。王國維則認為，教育最重要的目的在於培養一個道德、意誌、智力、身體全麵發展的個人。（注：王國維：《論教育之宗旨》，見佛雛校輯《王國維哲學美學論文輯佚》。）其實這兩種對於教育的不同看法一直貫穿於中國整個近代教育史。這裏又涉及到一個學與藝的問題，王國維歎息“今之學者其治藝者多，而治學者少，即號稱治學者，其能知學與藝的區別，而不視學為藝者又幾人”，而大多數人“其學苟乎得利祿，苟略可以致用，遂器然自足，或以涔蹄視之”。（注：王國維：《教育小言十則》，《靜安文集續編》。）總之，在王國維看來，隻有視學為學，學術為一自足的領域方可以真正言學。