故事發生在一個充滿靈氣的世界，這個世界裏的部分人可以運用這些靈氣，創造出火，水，風，雷，金，木，時等等的攻擊防禦輔助型術法，他們被稱為“靈氣師”。而本故事的主角就是一個對法術的天賦很高，但是很懶一個繼承土財主萬貫家產的兒子，當然，窺視他的財產的人也是一大堆的。
另外還有一個一手包辦家務的女仆妹妹。
同時，時間追溯到魔法世界的3000年以後——星辰少女，機械幻想，魔盜的現實世界，這是靈氣幾乎不存在的科技時間，某個國家神秘組織挖掘出一座於3000年前就存在的地下遺跡，透露著這個世界3000年前曾是個魔法技術高度發達的時代，這個組織從遺跡中找到一副被封印的遺骸，正秘密使用最先進的技術進行重塑這個生命的行動。
他們用這副遺骸（也就是3000年前的男主啦）的DNA克隆出了另一個與主角樣子十分相似而且是唯一一個存活的克隆人，當然目前還是沉睡在培養液裏的。然後因為某種機緣，或者說某種力量的幹擾，時間軸發生扭曲了。當然，一開始隻是輕度扭曲，其結果就是3000年前的主角所看到的雨的逆行，也就是雨水從地麵隕落至天空。
而天空中，可以看到另一個世界。
某一刻的機緣巧合，當3000年後的男主聽到某種聲音蘇醒後，於此同時，看到了天空中的世界的3000年前的主角化作雨水一樣隕落至那個世界，和他交換了。3000年後被輸入了大量軍事知識的主角出現在魔法世界裏，而3000年前的則去到了靈力幾乎已經消失的科技世界。
前者作為克隆人自然是沒什麼能力的，也沒什麼記憶，如同嬰兒一樣，不過語言體係是相同的，所以溝通這一點應該沒問題。所以那裏的人當他失去了記憶，但是呢，自然也是過得不怎麼輕鬆的，主角會依靠科學灌輸給自己的知識去麵對魔法。
而後者就悲慘一點了，作為重要的唯一的蘇醒了的實驗體，而且在靈氣已經幾乎不存在的現代社會，還是國家的秘密基地裏。在一個LOLI女仆十分相似的實習女孩的幫助下展開一連串莫名其妙的逃亡活動，最後逃出了基地，卻不小心中了子彈掉落在海中，而那個女孩也被當成間諜被捉了起來。男主隨著水流漂流到了一座沿海城市，開始了他的另一個人生。
當然故事絕對不會這麼無聊的，期間還會出現多次逆行雨，兩個主角會在各自的世界中對調的，甚至也有別的相親近的人被調換過去，當然兩個主角是不會相見和溝通的，所以隻能以各自的想法和知識去對付各種場麵了，但是他們還是知道另一個世界有另一個自己存在的。
這之後的大概劇情就是3000年前的男主遭遇了一係列的事情後，和幫助他的同伴在被軍隊包圍的一個遺跡裏發現了古碑，上麵羅列的正是魔法世界裏所有人都夢寐以求的秘法，當然因為靈力的缺失有用的並不多，其中有一條就是血魔法了，就是以自身的生命和行動限製作為代價產生靈氣的。