我不過是一個在海邊玩耍的孩子，不時為拾到比通常更光滑的石子或者更美麗的貝殼而沾沾自喜，卻全然沒有發現展現在我麵前的浩瀚的真理海洋。
——牛頓
（一）
基督徒相信，世間萬物皆源於上帝的創造與安排。在歐洲大陸和英國，人們對這一觀念深信不疑，牛頓也是其中之一。
在成長過程中，牛頓深受清教儀式、觀念和倫理的影響，心中的天主教信仰逐漸淡化。但這並不影響他對上帝的虔誠，因為清教徒隻反對教會，並不反上帝。青年時代，牛頓幾乎將全部精力都投入到科學研究和科學探索之中，對宗教並沒有太多的熱情。但告別科學之後，他也逐漸走向了神學。
牛頓處在一個複雜的時代裏。一方麵，自然科學得到了飛速的發展，對自然界的認識也越來越深刻；另一方麵，神學依然統治著思想領域。作為一名基督徒，牛頓也相信世界是由上帝創造的，隻不過需要人類進行探索罷了。
在《自然哲學的數學原理》一書中，牛頓隻在一處不大顯眼的地方提到了上帝，而且在描繪上帝時也不像後來那麼神秘。他說：
“我們在不同時間、不同地點所看到的所有各種自然事物，隻能發源於必然存在的上帝的思想和意誌之中。我們可以用一個比方來說，上帝能見、能聽、能言、能笑、能愛、能恨、能有所欲、能授予、能接受……於是，上帝將各行星安置在離太陽的不同距離上。”
由此可以看出，直到17世紀80年代末，上帝在牛頓的眼中也不過和普通人差不多，其身上的人性遠遠多於神性。正因為如此，他的《自然哲學的數學原理》遭到了宗教界保守勢力的猛烈抨擊。他們認為，牛頓企圖反對上帝創世說。
麵對強大的反對浪潮，牛頓不得不痛苦地思考科學與宗教的關係，以及上帝的存在等問題。善於接受別人的質疑是牛頓良好的治學態度之一，但這一優點有時也會成為缺點，因為自幼缺乏自信的牛頓並不善於分辨哪些質疑是值得接受的，哪些質疑是無需考慮的。就這樣，牛頓在一片質疑聲中逐步走向了神學的故紙堆之中。再加上在研究過程中遇到的困惑日益增多，牛頓越發虔誠。他認為，唯有承認上帝的存在，才能解釋世界的完美與縝密。
1692年，時任三一學院院長的理查德·本特雷神父根據著名科學家波義耳的遺囑，舉辦了一個反對無神論的講座。該講座一共開設了8次，總題目是“對無神論的反駁”。為了證明上帝的偉大作用，本特雷打算以牛頓的《自然哲學的數學原理》作為最後兩講的依據。
在整理講稿時，本特雷才發現，他根本無法透徹地理解萬有引力定律。於是，他便給牛頓寫了一封信，尋求幫助。牛頓非常熱情，立即給本特雷神父寫了一封回信。
在這封回信的開頭，牛頓就開宗明義地說：
“我在撰寫關於宇宙體係的著作時所關注的就是讓那些有思想的人信仰上帝。當我發現我的著作對這個目的有用處時，我高興極了。實際上，再也沒有什麼事情能比這更讓我高興了。”
隨後，牛頓告訴年輕的牧師說：
“空間發生的事情，即行星運行不是由於自然原因，而是由於理智的上帝。如果沒有神臂之助，我不知道自然界中還會有什麼力量竟能引起這種橫向的運動。”
在這裏，牛頓已經將他的思想表述得很清楚了。他相信，行星圍繞太陽運動的初始動力來自於上帝的推動。也就是說，上帝在創造宇宙萬物之時，對行星進行了第一次推動，這些行星而後便在萬有引力的作用下，沿著既定的軌道不停地運轉下去了。
1703年之後，牛頓在皇家造幣廠的工作日益減少。在業餘時間裏，他除了修訂已經出版的《自然哲學的數學原理》和整理即將出版的《光學》之外，幾乎將所有的時間都用來研究神學了。他是如此虔誠，以至於任何一位神學家都不能與之相提並論。
（二）
作為一名思維縝密的學者，牛頓經過十餘年的刻苦鑽研，終於在神學上達到了相當的高度。他以一種誠摯和執著的精神，熱切地表達自己的觀點和看法。在《聖經》和神學方麵，牛頓晚年撰寫了130~140萬字的論著，但發表的並不多。
牛頓的好朋友、著名的哲學家約翰·洛克就曾對牛頓在神學方麵的造詣給予了高度的評價。在他看來，牛頓不光是一個偉大的科學家，還是一個偉大的神學家。他說：
“牛頓確實是一位大學者，不僅在數學上作出了驚人的貢獻，在神學上也作出貢獻。他精通《聖經》，在這方麵沒有人可與之匹敵。”
1704年，當《光學》出版之時，牛頓又描繪了上帝神奇的另一麵。他說：
“從自然現象中難道看不出有一位上帝嗎？他無實體卻生活著，有智慧，而且無所不在。他在無限的空間中，正像他在感覺中一樣，看到萬物的底蘊，洞察萬物……”
1713年，《自然哲學的數學原理》第二版出版了。牛頓在書中大談特談上帝，甚至為此增加了一篇《總論》。在《自然哲學的數學原理》第二版中，不但上帝一詞出現了幾十次之多，而且字裏行間裏也透著肉麻的吹捧。他說：
“我們隻是通過上帝對萬物最聰明和最巧妙的安排，以及最終的原因，才對上帝有所認識。我們因為他至善至美而欽佩，因為他統治萬物。我們是他的仆人，我必須敬畏他、崇拜他！”
有學者指出，牛頓在晚年一頭鑽進神學之中的另外一個原因是他太寂寞了。撇開科學和仕途上的成就，牛頓的一生都沒有獲得世俗的幸福。未出生，他的父親便去世了；童年時，母親的改嫁給他的心靈造成了無法彌合的傷痛；青年時期，他唯一愛戀的少女斯托瑞又嫁給了別人；後來，他的朋友和對手們又一個接一個地去世。
1719年，牛頓生前最後一個爭吵對象也離開人世，他就是格林尼治皇家天文台第一任皇家天文學家約翰·弗蘭斯蒂德。弗蘭斯蒂德是一位自學成才的天文學家，他和他曾經的助手哈雷之間的敵對情緒十分嚴重。
1681年，他曾向牛頓請教彗星的問題。當時，牛頓錯誤地認為這一年會出現兩次的彗星是兩顆，而不是弗蘭斯蒂德認為的一顆。這一分歧為兩人以後的不和埋下了種子。
1699年之後，牛頓在科研上投入的精力越來越少，但依然在關注月球運動的問題。當時，弗蘭斯蒂德也在研究這一問題。因此，兩人之間經常通信，交流看法。
然而，患上憂鬱症的牛頓脾氣變得越來越古怪、越來越偏執了。他不但不耐心地等待弗蘭斯蒂德的最新觀察結果，甚至完全不把這位皇家天文學家放在眼裏。在給弗蘭斯蒂德的一封信中，牛頓極為傲慢地寫道：
“我要的不是你的計算，隻是你的觀測！”
弗蘭斯蒂德委屈極了，他給牛頓寫了一封大鳴不平的回信：
“我承認，金屬絲比製成它的金子要值錢。但是，我把這種金子收集起來，加以提煉和清洗，因此我並不希望您由於輕易地得到我的輔助勞動而瞧不起我！”
弗蘭斯蒂德的抱怨並沒有引起牛頓的重視。當時，牛頓幾乎已成為英國科學界的神明，沒有任何人敢於反對他。1712年，牛頓和他的忠實支持者哈雷公布了弗蘭斯蒂德在皇家天文台的觀測成果。應當指出的是，牛頓在這件事情所做的決定太武斷了，他根本沒有征得弗蘭斯蒂德的同意，就將這些寶貴的第一手材料印了出來。
弗蘭斯蒂德非常憤怒。他大量收購牛頓私印的這些書籍，將其在倫敦郊外付之一炬。為了緩和這種緊張的關係，牛頓向皇家學會推薦弗蘭斯蒂德的恒星表——《英國天體史》。可時間不久，就在弗蘭斯蒂德著手準備出版該書之時，他和牛頓又鬧翻了。從此，兩人之間的爭吵和猜忌便一直持續下去，直到弗蘭斯蒂德逝世為止。