1924年9月12日，他親自率領北伐軍，討伐盤踞北京的曹錕和吳佩孚。他說明“此戰之目的，不僅在推翻軍閥，尤在推倒軍閥所賴以生存之帝國主義。然後反革命之根株乃得永絕，中國乃能脫離次殖民地之地位，以造成自由獨立之國家。”
孫中山由對帝國主義存在某些幻想到堅決反對帝國主義，經曆了一個漫長的過程，而當他認清了帝國主義的麵目之後，便旗幟鮮明地站到了反帝第一線。
國民黨改組以後，帝國主義感到這對他們的侵略利益是一種潛在威脅，更加緊了對中國革命的破壞。他們一方麵支持新軍閥陳炯明向廣州反撲，另一方麵又策劃廣州的商團從內部顛覆廣州革命政府。
廣州商團，是英帝國主義、國民黨右派和鄉村地主拚湊的一支反動武裝，共有10個團，約6000人。商團的頭子陳廉伯是英國彙豐銀行廣州分行的買辦。
1924年8月10日，革命政府查獲了懸掛著挪威旗的丹麥商船“哈佛號”為商團偷運的大批武器。蓄意叛亂的商團，遂以這個為借口出動了2000多名團丁包圍了大元帥府。他們一方麵同軍閥和國民黨右派勾結，加緊策劃武裝暴動；一方麵又煽動和逼迫商民罷市。
28日，英帝國主義派出九艘軍艦集結在白鵝潭，將炮口對準中國軍艦，進行恫嚇。當天晚上，領事團竟然向廣東省長廖仲愷提出“警告”和“抗議”，英國駐廣州領事向大元帥府發出最後通牒，說什麼奉了香港艦隊司令的命令，如遇到中國方麵向城市開火，英國海軍就要用全力對付。
孫中山成立了以他自己任會長的鎮壓商團叛亂的革命委員會，緊急調兵遣將，為鎮壓商團作了周密的部署。10月，革命政府組織的武裝力量，將商團叛亂武裝團團圍困，經過幾小時戰鬥，就把商團叛亂全部鎮壓下去了。叛亂頭目逃進了英國租界。
在孫中山鎮壓廣州商團叛亂的時候，北京政局發生了變化，為了國家的和平統一，孫中山再次抱病前往了北京。
孫中山一路北上，一路宣傳他的政治主張，受到人民群眾的極大歡迎和熱烈擁護，這無疑也是對軍閥們的一個沉重打擊。
離開廣州前，他對外國記者談話說：“帝國主義不僅是我們走向獨立自由道路上的主要障礙，而且是中國反革命當中最強有力的因素。”
途中抵達上海的時候，英國的《字林西報》竟然發表短論說：“上海不需要孫中山，應阻止他登岸”。
對帝國主義的野蠻行徑，孫中山立即作了堅決反擊。他說：“上海是中國的領土，中國人是這裏的主人，住在上海的外國人都是客人。主人在自己的領土上無論幹什麼，客人完全不能幹涉。”
就在孫中山北上的途中，北京的政局發生了變化。
段祺瑞將馮玉祥排擠出京，以中華民國臨時執政的身份控製了北京政權。
段祺瑞上台後，為了與孫中山的國民會議主張相對抗，為了取得外國政府的承認，於1924年12月6日發表了致外國使團書，公然宣布承認曆年來和各個帝國主義訂的一切不平等條約。
12月24日正式公布，要召開善後會議，來解決國家大事。將廣大工農群眾和人民團體排除在會議之外，參加會議的絕大多數是封建官僚、軍閥和投機政客。他想利用善後會議來取代國民會議，和中山先生對抗。
對於段祺瑞的倒行逆施，孫中山堅決抵製，他多次發表談話批駁段祺瑞善後會議的主張，並決定國民黨堅決不參加善後會議。
1924年除夕那天，北京城上空陰雲密布，還飄著小雪。
車站前人山人海，秩序井然，口號聲、歡呼聲、軍樂聲響徹雲霄。孫中山沒有想到前來歡迎他的各界群眾竟有10萬人之多。
住進北京飯店之後，孫中山發表了一個書麵談話，接著他又發表了《進京宣言》。
孫中山來到北京，段祺瑞還派出代表葉公綽、許世英去“迎接”孫中山。孫中山質問這兩個代表：“聽說段祺瑞要承認不平等條約，可有此事？”
兩個代表證實了這個傳說。孫中山勃然大怒，厲聲說道：“我在外麵要廢除那些不平等條約，你們在北京，偏偏要尊重那些不平等條約，這是什麼道理呢？你們要升官發財，怕那些外國人，要尊重他們。既然如此，為什麼還來歡迎我呢？”
問得兩個代表無言以答。過了一陣，他們膽怯地勸孫中山不要過分“激烈”，免得惹怒洋人。