第一法華經六十食頃與五十半日疑
法華第一雲六十小劫謂如食頃又第五雲五十小劫謂如半日又雲從地湧出以諸菩薩種種讚法而讚於佛如是時間經五十小劫又第七雲出廣長舌放無量光現神力時滿百千歲等（雲雲）今疑雲法華經是八箇年說然今經雲五十小劫及百千歲其意如何若約晝夜月時年為劫者應雲八日八夜八月八時八年也今五十六十小劫及百千歲者意趣如何天台法華文句雲五十小劫與半日者此是時節不思議又雲解者即短而長謂五十小劫惑者即長而短謂如半日又雲如世人苦則以短為長樂則以長為短表重法之誌故寄時雲耳（雲雲） 今疑雲法華之日誰為惑者誰為解者惑者有苦則可即短而長謂之五十小劫解者有樂乃可即長而短謂之半日雲何地湧之眾謂五十小劫靈山之眾謂半日。
通雲既雲不思議時節不妨五十小劫為百千歲等並遠八年之內十方三世猶未出俄爾一念況五十小劫如半日之間六十小劫如食之頃何足恠焉固知百千歲月不足為長食頃半日亦未為短以不思議時節非定長短故也所言法華之日誰為解者誰為惑者雲法華之席已有發起等四眾都攝迷解者盡且七種具足煩惱性人有七種上慢三種無煩惱人具三染慢未聞七喻三平等之說皆名惑者聞而悟解方名解者諸求三乘人未蒙三周一乘之時皆是惑者聞已領解方名解者又開三顯一之後未聞壽量已前有昧久遠成佛理者皆名惑者得聞壽量已後方名解者況乃本跡二門發起影嚮內鑒而扣擊者豈不是解者乎解者有苦有樂之釋亦不思議之一意也靈山之眾未必皆是惑者地湧之人亦非皆是解者所以然者靈山已皆悟一乘不思議理固宜是解者乎地湧之眾皆有所化誠知未必皆是解者又不言地湧之眾但謂五十小劫靈山之眾但謂半日但包含而雲五十小劫佛神力故令諸大眾謂如半日此乃本不思議之一端也解者非唯了達即長而短亦能曉知即短而長惑者但恠半日之忽過未知所經之長劫又不測半日能容五十小劫之根源雲何得短而長之理由斯致有解惑之殊耳。
第二初發心住百佛世界疑
華嚴經第二十卷十行品第九善法行菩薩成就十種身所謂入無邊法界非趣身滅一切世間入無邊法界諸趣身出一切間等又第十真實行文雲念念遍十方世界念念普詣不可說不可說諸佛國土念念見不可說不可說佛及莊嚴清淨國土等智度論雲以一三千大千世界為一數數至恒沙為一佛世界經數此世界復至無量恒沙為佛一佛世界所化分齊瑜伽論雲初地菩薩一念之頃經百佛國土供養百千佛等然有華嚴師依此等經論以世界性世界海世界種為一佛土又相宗以百千三千界為一佛土今天台法華玄義雲初住斷一分無明顯一分我性橫則百佛世界分身散影作十界像利祐眾生等 今疑橫則百佛世界者為一百三界稱百佛世界為當百三千界為百佛世界又取智度論世界相等為百佛世界為復相宗所雲百千三千界為百佛世界請示其趣。
通曰諸經論明佛土各不同且據說梵網經一蓮華臺周迊千華葉一華葉則一三千大千世界便是一釋迦佛土千華乃一千三千界千佛國土也臺上之佛以此一千三千界為所居土若據千釋迦各居三千界即一千三千界為千佛國土即第二地戒波羅蜜菩薩所居佛土也若為初地菩薩所現佛身坐百葉蓮華臺一百華葉則百三千界每三千界各一釋迦便是百佛世界初地菩薩所居佛土也初住共初地證道同圓知初住菩薩於百佛世界成佛利生者即可一百三千界為百佛世界也第二住於千佛世界成佛利生等準例可知有雲百千三千界為一佛土者據第三地說耳所以然者為第三地所現佛身坐百千葉蓮華臺上百千葉乃百千三千界每三千界有一釋迦於百億三千界為主百千三千界是百千佛土即當第三地菩薩所居佛土若臺上佛即以百千三千界為一國土故雲百千三千界為一佛土也住準地說可知隨其地位所悟法門所為佛事皆轉倍於前展轉殊勝深廣以此觀之智論所說世界性海種為一佛國土者應是隣極者所居也此乃一往竪辨地位耳若橫論之從初一地具足諸地功德且初住菩薩於百佛世界分影利物之時遍於法界任運現身妙覺已來諸地賢聖所居佛土所證法門所作佛事於此初住皆隨分見之知之作之矣據此初住百佛世界成佛之時遍於法界皆一分轉以圓人從初遍現之法界之理纔入初住證理之時分證法界真如之理皆見一分解脫但有明昧宜顯優劣之殊然唯說初住百佛世界成佛利生者竪辨當位正動機顯益之齊限而已諸位行相比準可知。
第三生佛不異何度眾生疑
法華玄義及四教義等雲若知涅槃即生死是為無作之苦諦若知菩提即煩惱是為無作之集諦若知生死即涅槃是為無作滅諦若知煩惱即菩提是為無作道諦以非生死非涅槃非菩提非煩惱是一實諦一實諦論此四諦者即是無作四實諦又雲無緣大慈觀生死即涅槃煩惱即菩提與眾生此滅道之樂也無緣大悲觀涅槃即生死菩提即煩惱欲拔眾生此虗妄苦也 今疑圓教初心不觀夢法專觀緣起彼緣起法色心不二生佛不異生死涅槃非異虗煩惱菩提體無二何生有苦何法是虗與雲誓度眾生拔虗妄苦其意如何若言觀有實眾生有實苦者同於三藏若言見生之與苦皆是幻者同於通教若言見次第者同於別人三種慈悲既已混亂此義如何。
通曰法體本來非生死非涅槃非煩惱非菩提不可言是一不可言是異無苦集可斷無眾生可度但以妄想分別於無想中妄想執有相無苦集中生苦集相隨妄所見無始相續自積苦集輪迴不息由此諸佛菩薩慈悲之用無休息時遂於無言說中假立道滅之說本無相中強說苦集之名度寂滅之眾生斷如虗空之煩惱不得在其拔濟之不歇終日斷之不見有眾生可度不見有苦集可斷既無苦集之相矣道滅之詮本寂焉以達苦集之幻無實體故不同三藏以三觀圓鑒故不同通教非離邊非次第故與別教有殊所以圓融慈悲與前三教不相濫矣。