共產黨西北特委內部開始了“肅反”，一批一批幹部被審查、槍決或活埋。柳誌昌被隔離審查，警衛員牛占山救他不成離開了部隊，進了戲班，不久被國民黨縣黨部抓了起來。閏花嬸子用後順國的兩大箱銀錢救出了占山。占元在牛頭坡成親的當晚，紅軍攻上了寨子。占元在衛兵的拚死保護下得以逃脫。牛子耀和範冒堂從寨子跳下，從此萬事皆休！
十幾年後，國共兩黨好不容易才趕走日本人，卻又在戰場上兵戎相見。胡宗南率大軍進入高原腹地。牛占山被征召入伍並當了排長、連長。當他得知自己當上國民黨中將師長的哥哥牛占元在山東戰場戰敗自殺的消息後，逃離了部隊。占山用了近半年的時間去了趟山東，在一個月黑風高的晚上，挖出哥哥的遺骸。大哭一場後，找了個僻靜處把遺骸火化，帶上骨灰返回高原，住進閏花家的另窯藏了起來。
胡宗南進攻的時候，杏子河民兵連長馬虎子當上了區小隊的隊長。他在自己家裏發現了逃兵牛占山，下意識一槍打死了他。虎子坐在地上，仔細端詳著這個風傳是自己父親的人半天，終於證實了這個人就是自己的親大、親老子。虎子似乎沒怎麼難過，他依著槍艱難地站起來後，最後看了一眼那具餘溫尚存的軀體，轉身出門走了。過杏子河時，他把槍“日”一聲丟進水裏，趕天亮走到張家畔，住進了當年張四毛那孔破窯裏，從此改姓張，至死沒踏進杏子河地界半步。
《杏子河》是一部以個人化視角描述這塊土地上發生的一幕幕悲壯故事的小說，中間穿插著一段段民風民俗的傳說與故事，生動地展示了陝北的風土人情。範茂堂、曹士榮、牛子耀這些性格各異的陝北後生中的優秀人物，在這塊民生焦苦的土地上，領著一支由腳戶，刀客，破產農民組成的隊伍，揭竿而起，實在是李自成起義的繼續，渭華暴動的預演。
在陝北這塊“聖人布道此外偏遺漏”的地方，小說中的永安縣，實際上處於更為邊緣的地區，也是曆來各種軍事力量進行拉鋸的地區之一。
苗雨將這些長輩們在昏黃的油燈下進述的故事，從童年的回憶之中打撈出來，象小魚一樣晾曬在讀者而前，自然帶著一股原汁原味的鹹腥之氣。
作品上部由1868年回回亂，英雄氣死牛嚇退回回開始，寫到杏子河馬陰陽爬灰，馬潤花開店，漢茂堂舉義旗，惠四叛變，灰漢張四毛投機清軍，撲滅起義。氣死牛、馬陰陽、討吃的楞五、馬四喜、馬閏花、惠四、四毛、範茂堂、曹士榮、牛子耀等人物形象呼之欲出，顯示出作者苗雨老道的敘事經驗和比較成熟的寫人本領。特別是關於陝北的民風民俗，並不專意描繪，而是隨著故事的發展，不經意地塗抹幾筆，收到筆簡意贍的效果。
小說在結構上注意到處處呼應，使整個小說故事情節一波連著一波，而並不亂套。如小說的開始老英雄氣死牛嚇退回回兵，而結尾則是他親自手刃惠四，被亂刀砍死終結。其中馬陰陽爬灰，馬栓出走，四喜招親，馬潤花開店則地點都在杏子河，而一切重大事件的見證人則是那棵無言的老柳樹，這就使情節繁雜，旁枝斜出故事始終攏於一個地點，小說的整個結構既波瀾起伏，又完整嚴密。扭頭跑的氣死牛、牛子耀父子，杏子河的馬陰陽、馬栓、馬潤花一家，儒風甚濃的吊坪大戶曹家曹士榮，與西河口哥老會的範茂堂由“同學”而“拜識”，由“拜識”而起事，前勾後連，左牽右扯帶動了杏子河兩岸的大大小小的事事情情。
小說以第三人稱全知全覺的視角切入故事，遊刃有餘地講述高原腹地所發生的一幕幕悲壯而淒婉的故事，與小說中所描繪的高原風情相得益彰。傳奇的高原，與高原的傳奇緊緊地結合在一起，將作者始終固執一端的“英雄史詩”講述得淋漓盡致。小說中采用了民間傳說的靈魂出竅、投胎轉世的手法，既拉開故事與敘事者的審美距離，又增強了作品中高原風情的神秘氣氛。作者汲取了宋元話本的優長，在繪聲繪色的故事中，概括敘述和詳細敘述調控得宜，穿插適時，恰如其分地調節了全文的敘事速度，有效地推動了故事的發展。
小說的語言，采取的是書麵語言與口頭語言交替使用的方法，概述寫景時用簡潔而富有詩化傾向的書麵用語，既幹淨利落概括了事件的曆史背景與人文背景，又增強了小說的文學審美含量。人物對話與行動描寫時，適當地選用當地方言語口語，既能傳神地描摹當事人的動作神態，又能凸現濃鬱的地方風情。