宇智波鼬追捕篇第七班與第八班的牙、雛田及誌乃和卡卡西隊長出發追捕宇智波鼬，以求找到同樣追捕宇智波鼬的佐助與他新成立的“蛇”小隊，還有得到“曉”的情報。
小櫻與卡卡西的兩隻忍犬一組，曾發現佐助的氣味。但與香磷擦身而過後，氣味便消失。隨後聽到爆炸聲，便趕往爆炸現場，牙發覺佐助微弱的氣味，眾人跟隨牙去找。但香燐使計攘亂他的嗅覺，鳴人便以無數影分身去找佐助。現在眾人被宇智波斑阻擋去路，小櫻等人更從絕口中得知佐助殺了鼬並重傷。他們追趕宇智波斑去找佐助和鼬，但被宇智波斑先一步把佐助帶走。
如今找不到佐助，眾人已經返回木葉。木葉危機篇六個佩恩及小南攻入木葉，然後木葉的忍者與其進行殘酷的戰鬥。其中一個佩恩用通靈之術召喚了一隻大蜈蚣，蜈蚣追殺著平民及一部分穿著馬甲的忍者。正在危機關頭小櫻趕到並將其秒殺（一拳打飛）。之後木葉被佩恩毀成平地，心痛欲絕帶點無助的小櫻第一時間想到鳴人，並大喊：“鳴人快回來啊！”話音剛落不久，本在妙木山修煉仙術的鳴人趕到木葉，並與佩恩激戰，並且雛田被佩恩重傷，小櫻對其進行了治療，雛田逐漸康複。鳴人戰勝佩恩後，小櫻抱住鳴人，並向其道謝，木葉的危機就次平息。
解救佐助篇由於木葉危機時綱手昏迷至今未醒，所以團藏謀取了第六代火影的寶座。先前“鷹”小隊協助曉抓捕八尾的緣故，雷影派了薩姆伊等三人與火影商討，並得出了要抓拿佐助的決定。對此鳴人與小櫻極力反對，隨後鳴、櫻、井三人與雷忍奧摩伊、卡魯伊二人展開小規模的戰鬥，往後鳴人等人瞞著小櫻前往雷之國企圖說服雷影放過佐助。佐井找到小櫻與她說出了鳴人對她的喜愛之情，這時小櫻回憶到了很多東西，隨之淚流滿麵。十二小強除三忍以外的其他九人展開會議，商議決定了佐助基本上已成為敵人，得知此消息的小櫻二話沒說，回想起了自己以往一直依賴鳴人，決定了要親自找到鳴人跟他說這件事，與鳴人見麵同時向他表白（並不出自真心），並勸諭他放棄追尋佐助，卻被鳴人以“這種玩笑一點都不好玩，討厭對自己說謊的家夥”為由拒絕。事後與佐井、牙、小李離去，開始尋找佐助。牙捕捉到佐助氣息後，小櫻想迷倒大家單獨找佐助，但被佐井製止。幾人與佐井開戰，小櫻趁機迷倒眾人，並在佐助要殺香菱之前趕到。麵對變化巨大的佐助，櫻不寒而栗，謊說要與佐助君一起背叛木葉，正思考要給佐助一擊時，佐助突然向小櫻出手，被卡卡西攔下，並且命令小櫻帶香菱退下，治療香菱。治療後，偷襲佐助因不敵佐助反被捉住，在佐助即將殺死小櫻的時候，鳴人出現救下小櫻，在救下小櫻時，誤中小櫻想要殺死佐助的毒，原第七班集合。可惜佐助仍然被仇恨迷惑，不聽勸阻，佐助走後，鳴人因毒暈倒！而後鳴人一行人回木葉待命。