黃仁宇先生可謂是近世紀以來史學界的一大異數，他的“大曆史觀”“將宏觀及放寬視野這一觀念導引到中國曆史研究裏去”，從而高瞻遠矚地考察中國曆史，在史學界影響深遠。
黃仁宇先生提出的“大曆史觀”，可以歸納為兩種切入曆史的取徑：一種係以宏觀曆史之角度，從曆史的縱橫總體聯係上把握微觀的曆史研究對象，即“把握”是宏觀的，研究仍是微觀的。另一種強調從較長的時段來觀察曆史，注重曆史的結構性變動和長期發展趨勢。黃仁宇的研究顯係後者。
在黃仁宇“大曆史”的範疇內，分析因果關係及其曆史的合理性是主要的，對其他細端末節，不過分重視，甚至每個曆史人物的賢愚得失，都認做次要。對此，他解釋說：“縱使事實之衍化對我們個人不能如意，或者在短時看來為荒謬不合理，可是把這些事情前後連貫，又從超過人身經驗的角度看去，則它們有其意義；最低限度，這些事跡使我們知道我們生命旅途之原委。”尤其對於學習曆史的人來說，重要的並不是曆史應當或不應當如何展開，因為它一經展開就具有客觀性和不可逆轉性，無須人們從主觀上加以想象或構造，人們應當思考的問題是曆史何以如是展開。以“天地不為堯舜而存，也不因桀紂而亡”的客觀態度，放寬曆史的視界，探尋事件的前因後果，正是黃仁宇“大曆史觀”所提倡的學習方法。
那麼人們也許會有這樣的疑問：是不是凡有一件重要事件的發生必有後麵的背景，隻要它能與以前或以後的人與事相互印證，就取得它在長期曆史上的合理性？存在就一定合理嗎？這是否又陷入了社會達爾文主義的套路？對此，黃仁宇的解答是：“大曆史著重大眾的集體智慧、勇敢和道德，目的是勾畫一個曆史的大綱，著重東西的彙合。”其實“大曆史觀”強調用較長時段來觀察曆史，注重事物之間的因果關係，隻是為我們提供了研究曆史的一種方法、一個新的視角，重要的還在於我們如何將其作為一種工具加以掌握和運用。就像在曆史研究中的地理環境決定論和人口決定論一樣，它們都有其一定的合理性，但絕不能究其一點而不及其他。
“大曆史觀”筆下的通史也與一般意義上的中國通史不同。在注重曆史發展邏輯之餘，各朝代已不再是可以拿來互相比較的單位，而是前後一貫，具有因果關係。
黃仁宇先生以“大曆史觀”為其思想核心的作品，在不失史家謹嚴之基本原則下，走出殿堂，讓大眾願意去接受，使得了解曆史不再被視為畏途，不再是幾個曆史學家書齋中的“玩物”。以現代史學大家錢穆先生“不知一國之史則不配作一國之國民”的標準來看，黃仁宇先生對於中國“國民曆史性格”的發展是功不可沒的，他是一個真正的“平民學者”。
震撼史學界的《萬曆十五年》是黃仁宇先生的代表作，該書最初是用英文寫成，但最早出版的卻是中文版。1980年其中文版由中華書局在北京出版，其老友廖沫沙特地題箋，印在封麵。這部書的英文版是由耶魯大學出版社出版的，當時美國名作家厄卜代克特地在《紐約客》雜誌撰寫推薦文章。《萬曆十五年》一書先後兩次獲得美國國家書卷獎曆史類好書提名。後來，中國台灣出版人陶希聖先生很欣賞這本書，就由其主持的食貨出版社出版了台灣版，並親自為這本書作書評附於書後。從此，黃仁宇在兩岸三地成為知名度頗高的曆史學者，文章時有見報，並集結成多本專著，其作品被各方追捧，真可謂是史學界之異數。探究其原因，這恐怕與黃仁宇先生的文風有很大的關係，他的作品，首先建立一個大的曆史架構，然後以個人的人生經曆（作為國民黨下級軍官在抗戰中對中國社會政治結構的問題的體會，以及在美國生活多年對東西方文明的比較、認知與反思）對照曆史記載，從而發展出一套對中西方曆史文化的獨特解讀。寫作格式不拘成例，以通俗易懂的方式，將曆史呈現於讀者眼前，因而吸引了廣大讀者。
盡管黃先生的書受到了讀者的追捧，一時洛陽紙貴，然而在學術界黃先生卻是毀譽參半、褒貶互見，沒能獲得一致的肯定。正統的曆史學者或漢學家常質疑先生半路出家，學術著作不夠嚴謹；將數百年、上千年的大曆史架構合於一瞬，總讓他們覺得過於冒險，把曆史解釋得過於簡單化了。在先生的回憶錄《黃河青山》中，也屢屢提及他撰寫的書在美國是如何如何的難以出版，以及他與費正清、亞瑟？萊特等知名漢學家在對中國史解讀和撰寫方式方麵意見是如何如何的相左。實際上，先生半路出家不假，但他對中國曆史，尤其是明代史，確實是下過苦功的。他曾用兩年半的時間，把卷帙浩繁的《明實錄》閱讀完，並做了詳細的筆記，由此可知其用功之勤、功底之紮實。