在鼓勵墾荒之外，還采取了一係列措施。
中國旱澇無常，興修水利與農業生死攸關，特別是南方地狹人稠的地區，隻能以灌溉求豐收，保民生。還在明朝建立前，就設立督水營田司，專掌水利，蓄泄湖塘，修築堤防。建國後，朱元璋把水利工程的維護和修造作為地方官的重要職守。據《諸司職掌》所載：“凡各處閘壩陂堰引水可灌田以利農民者，務要時常整理疏浚。如有河水橫流泛溢損壞房屋田軒禾稼者，須要設法提防止遏。”在保護民力，節約民財的前提下，他還組織了幾件大的水利工程：修建了南直隸和州境內上連巢湖下通揚子江的銅城閘，使二百餘裏得灌溉之利。三次修建陝西涇縣洪渠堰（即戰國對鄭國渠），使涇縣、高陵、富平、三原、醴泉等縣糧食大麵積豐收。兩次修造廣西興安縣靈渠，使這一古老工程煥發出異彩，不僅便利了兩岸灌溉，而且溝通了湘江與淳江兩大水係，使帆檣梭行。在福建、浙江、南直隸沿海縣份，還修複和新築了障潮堤防，減輕了海潮的漫田和颶風的肆虐。
鑒於很多地方官對朝廷詔旨奉行不利，洪武二十七年，他派遣國子監生等分赴天下郡縣，督飭吏民，乘農隙、相地利，全麵整修水利工程，“凡陂塘湖堰可瀦、蓄以備旱曬、宣泄以防霖潦者，皆因地勢而修治之。”據第二年底的統計，這次集中行動共開塘堰4萬多處，河4000多處，陂渠堤岸5000多處。因為百廢待舉，百姓疲弊，朱元璋盡可能避免妄興工役和借機敲剝百姓。他把那些急需急用的，原來已有基礎易見功效的工程首先搞起來，百姓立時見到實惠，故雖勞而不怨。
農民小戶講究的是男耕女織，農業與家庭手工業相適合。宋朝詩人楊萬裏描繪過一幅耕織圖：“晝出耘田夜績麻，村莊兒女各當家，童孫未解供耕織，也傍桑蔭學種瓜。”所寫的紡織原料還是桑（絲）麻。到元代，棉花的種植和棉紡織品已經嶄露頭角。明朝開國，朱元璋在推行墾荒辟地的時候，一方麵要解決百姓和軍隊的吃飯問題，同時要解決穿衣問題。故而一手抓糧食，一手抓麻、棉的種植與推廣。他發布硬性指標：有5-10畝的，栽桑、麻、棉各半畝。10畝以上逐級加倍。要求有1／6左右的土地用來解決穿衣的問題。地方官要親臨田地檢查督促。還規定，不種桑的要出絹一匹，不種麻的出麻布一匹，不種棉的出棉布一匹，以此作為懲罰。有趣的是，三種作物同樣推廣，卻隻有棉花這種新品種獲得了迅速而廣泛的發展，在很多地區取代了傳統的桑麻地位，成為第一位的經濟作物。丘浚在《大學衍義補》中對棉業興旺頗引為國家的盛事，說：“至我朝其種乃遍布於天下。地無南北皆宜之，人無貧富皆賴之。其利視絲（麻）蓋百倍焉。臣故表出之，使天下後世和卉服（棉）之利始盛於今代。”棉布、棉絮很快成為百姓、士兵甚至中上人家的通用衣著和禦寒之物。它比絲品價廉，比葛麻結實美觀，可以說是服飾物料的一次革命。明代植棉業和棉紡織業的發達直接得力於朱元璋的提倡與推動，它同時為朱元璋所期望建立的男耕女織的小農社會增添了新的活力和生機。轉動乾坤，梭行日月，披辰戴星，五日三匹，換得來宮賦完私債了，家有黃犬，野有黃犢。這一輪一梭，像一些地方的一桑一蠶一樣，成為小戶耕農維護生計的有力助手。
為了溫飽和備荒，朱元璋還令全國廣種桑棗，洪武二十七年，他對身邊大臣說：“朕深知百姓艱難，曾千方百計勸督耕作，希望都能得以溫飽。近年來百姓家給人足，但水旱之災不可一日忘記。民間但有空閑之地，要廣種桑樹棗樹。遇有凶歉，也可以作為解決衣食的一個辦法。”因為桑棗抗旱抗澇的能力都很強，他讓工部轉行各地方官，督率百姓種植，並傳授種植技藝，分發種樹。要求每年呈報種植情況。
朱元璋說自己千方百計勸導督促百姓耕作，確是實情。他除三番五次勸誘開荒墾種，興修水利，植桑種棉邊外，還嚴禁“逸夫”、“遊民”，即不農不工不士不商的遊手之徒。他為此推行一種職業、身份及活動的引憑製度。商人經商必須持有商引，無引者以奸盜論。販鹽有鹽引，行茶有茶引，無鹽茶引以販私論，處以死刑。一般百姓外出有路引，隻要離鄉百裏之外，就需持有官方發給的路引，沒有路引的，則擒拿送官。還允許別人告發，有事實可給以獎賞，縱容的問罪。在天下要衝去處設立巡檢司，專門盤查販賣私鹽、犯人、逃困、奸細及無引可疑之人。洪武十九年，朱元璋對戶部說：“朕有天下，務使農民盡力田畝，士人篤於仁義，商賈溝通有無，工技專於藝業。所以如此，蓋欲各安其生也。然而士農工商往往流於遊惰，則民食何由而足，教化何得而興也？”他令戶部榜諭天下：令四民務在各守本業，即使行醫賣卜之人也隻能在本鄉活動，不得遠遊。凡出入作息，必須鄉鄰互知。有不務正業而各處遊惰者，遷之在外，藏匿者同罪。這一年他親自公布編寫的《大誥續編》，內中專立條款，禁止逸夫遊民，重申互知丁業，辨驗丁引。他列舉逸夫遊食的禍害說：“這些人不但荒廢職業，而且往往幫閑在官，教唆官吏，擾害良民，賊害鄉裏。因而嚴令市村之內絕不許有無所事事的“逸夫”、“遊食”，對這等不知悔改的無業者，許四鄰、裏甲、親戚諸人拘拿到京重處。
如果坐視不問，這些人一旦作奸犯科，裏甲親戚四鄰都要連坐。為了讓人們安守四業，命令百姓鄰裏，互相“知丁知業”，即各成年男子各作什麼職業，各在何處營生，都要彼此知曉。對於農業勞動者，則要求“不出一裏之間，朝出暮入。作息之道，互相知曉。”
為了督促百姓耕作，朱元璋命令每個農村置鼓一麵。農忙季節，鄉村老人（地方基層官員）五更擂鼓，大家都要聞鼓下田。老人當驗人數，有懶惰不到的，老人有權責罰。如果老人失去督飭，不負責任，造成農夫窮苦，為非犯法，本鄉老人也有罪責。
古人說，保護天下如保護赤子（小孩子）。有一人不得衣，如我凍之，一人不得食，如我餒之。無衣無食就像我把他擠進溝壑。
朱元璋不一定有這種聖賢的仁慈，但他卻知道一個人餓急了會是什麼滋味，能夠作出什麼舉動，造出什麼罪惡，百姓們吃飽喝足之後，他的江山又是怎樣的安穩。對此他曾經不止一次說過這樣的話：“保國之道，藏富於民。民富則親，民貧則離。民之貧富，國家休戚係焉。朕思微時兵荒饑饉，日食藜藿，今貴為天子，富有天下，未嚐一日忘於懷。”所以他對百姓衣食情況就不能不十分關心。洪武十四五年以後，連年豐收，卻聽說民間仍有不得溫飽的，便十分警惕。說道：“今歲豐而民猶如此，若有荒歉，又將如何？”他感歎道：“四民之中唯農最苦，有終歲勤勞而不得食者，做地方官的怎能不加意撫恤！”所以他對地方官的職責要求，第一條就是勸課農桑，督促生產。包括州縣教官也有責任關心反映老百姓的生活狀況。
有一年，山西岢嵐州學正吳從權、浙江山陰縣教諭張恒等入京朝見，朱元璋問道：“爾等皆老儒，來自州縣。民間疾苦，稼穡艱難，請如實講一講。”他們兩個都職在教學，對於農事無所知。元璋不盡勃然變色，說道；“哪有久居鄉裏不與人交接的道理，就是初一十五休假、四時八節與朋友親戚往來。也應該談及民情世務，如何說不知？”因而把他們流放到邊遠地方，並且讓刑部出榜告諭，引為鑒戒。為了使百姓安居樂業，他經常告誡官員注意訪貧問苦，告訴他們說：“朕昔在民間，目擊鰥、寡、孤、獨饑寒困頓之徒，常自厭生，恨不即死。亂離之時遇到這種情況，心中也為之惻然。今代天治民十有餘年，若天下之民仍有流離失所者，不但有背於朕原來救民之心，亦於代天之責有未盡。爾等當體朕懷，有貧苦無靠者，給以衣食屋舍，不可使天下有一夫之不獲其所也。”
開國之初，各地方官紛紛奏報有景星慶雲、嘉禾芝草等詳瑞出現，禮部請求頒布祥瑞呈現奏的辦法。朱元璋看罷奏章對大臣們說：“你們所議的隻是祥瑞，而不及災異。殊不知祥瑞固然是上天的愛憐，而災異尤其上天的垂誡，關係更為重大。今後，各處發生災異，無論大小，地方官都要快馬飛奏。”有些緊急水旱等災害，他允許地方官先賑濟後奏報，以免百姓饑餓死亡，釀成禍患。
中國傳統儒家的治國思想，首先是財產土地的均平，大家都有田耕，有飯吃，有衣穿。其次就是要教化，以教化為管理。解縉向朱元璋《獻太平十策》中，就根據儒家重要經典《周禮》的鄉間治理辦法，提出二百丁為一裏，裏同巷，過失相規，出入相友，守望相助，疾病相持。每裏居中設一堂，推行年高德厚的人坐堂治事，堂右邊設塾，左邊設癢，8歲以上的兒童入塾，學習灑掃應對日常勞作、禮儀和禮、樂、射、禦（駕車）、書、數，15歲以上學習《詩》、《書》、《禮》、《樂》的儒家經典以及修己治人的方法。成年男子早晨都出工耕作私田或公田，晚間飯後都去左癢講習道德禮儀。左癢的後麵設中堂，婦女相聚在這裏從事紡織縫紉工作。這種整齊化一的形式在現實生活中是難以推行的，但這種教化精神，朱元璋卻是非常欣賞。他采取了很多變通措施。加強了鄉村的自我教化和自我治理。
他建立了一種老人斷案理訟的鄉村自治製度。規定，戶婚、田土、鬥毆、爭占、失火、盜竊、罵人、錢債、賭搏、擅食、田園瓜果、六畜踐食禾稼、褻瀆神明等一切小事，不許徑直告官，必須有裏甲中推選出來公平正直、德高望重的老人來處理剖斷。一般每裏推3-5人，多不過10人。遇有難以決斷或涉及外裏的案件，則會同三裏五裏老人、裏長共同審理。老人中有行為不正、倚法為奸、斷案不以公論的，允許其他老人拿解赴京。老人審訊判理案犯，可以用竹篦荊條量情決打，但不得設置牢獄，不得拘禁。白天審問，夜間放回，可以第二天繼續審理。本鄉本裏有無籍潑皮無賴，平日為非作歹，欺壓良善，屢教不改，許眾老人嚴加懲治，直至拿送官府，解赴京城。本裏有逃軍逃囚，老人要向諸戶叮嚀告誡，將他們壓送官府，不得隱藏。