朱熹在同安任主簿時，還兼有“學事”一職。同安地處偏遠海濱，開發雖早，但文化教育一直較為落後，“民俗強悍，民風不醇”。當主簿工作受挫後，朱熹將主要精力幾乎全部花在了縣學教育上。那時的他盡管年輕，但已熟諳理學精髓，“其教人無非格言至論”。他行使學事職權，修建尊經閣，藏書900多卷；在大成殿後建教思堂，向縣民士子灌輸封建倫理綱常。為“使父子、君臣、夫婦、長幼、朋友各盡其道”，朱熹不辭勞苦，幾乎走遍了同安縣的山山水水。每到一地，都要“敦禮義，厚風俗”，不遺餘力地“教化”民眾，貫徹他的“誌道、據德、依仁、遊藝”四大教育口號。古代的同安縣包括如今的廈門市區、廈門同安區、翔安區、龍海角尾及台灣金門縣，就連當年孤懸海中的金門荒島，朱熹也渡海登島采風，“以禮導民”，建燕南書院，開創了金門島“家弦戶誦”文明之風。朱熹當年在同安題寫的“同民安”匾額，“安樂村”題刻，“寒竹風鬆”、“戰龍鬆”石刻，“靈源”、“太華岩”墨跡等，至今留存；一些關於朱熹的故事、傳說及體現他具有先見之明的“朱文公讖”，也在民間廣為流傳；朱熹的形象，仍受到當地民眾的景仰。
朱熹在被譽為朱子學的開宗聖地同安所進行的堅毅努力，一方麵使得這裏的文化教育水平得到了極大的提高，呈現出“海濱鄒魯，文教昌明”的氣象，南宋時同安出進士23人，明代又有文武進士106人；另一方麵，同安文化教育的普及與提高，是以朱熹理學為支撐的結果，也就是說，伴隨著文明的興盛與出現，朱熹的“三綱五常”、“三從四德”也深入人心，嚴重地毒害了廣大百姓，婦女受害最深，摧殘尤烈。受“朱子家禮”影響，“女子出門，必蔽其麵”，遮麵的花頭巾美其名曰“文公兜”。據有關學者考證，閩南惠安女今日出門，仍披戴頭巾，就是當年同安風俗在閩南地區的傳播、影響與留存。在“餓死事小，失節事大”的桎梏下，一個個鮮活而美麗的生命以自戕的方式，獲取所謂的烈女、貞節、節孝之名，換來一塊塊冰涼冷漠的節孝匾及一座座死氣沉沉的貞節坊。同安縣在明、清兩代的節婦多達1150多人，而這僅僅是載入《同安縣誌》的數字，沒有進入縣誌視野的實際人數肯定更多。“理學殺人”，並非虛言。
37後，年愈六旬、思想成熟的朱熹以理學大師的身份又一次來到閩南，出任漳州知事。他采取正經界、蠲橫賦、敦風俗、播儒教等措施在漳州地區開展全麵變革，以圖“振民革弊”。一年任期內，朱熹隻在整頓學校、吏治與民風上取得了一點成功，其他方麵乏善可陳。他創建紫陽書院，出版《四書集注》，提出“身修家齊，風俗嚴整，人心和平，萬物順治，隆及後世”的辦學方針，對當地文化產生了深遠影響，朱熹理學也在閩南迅速傳播，並紮下根來。正因創辦推行教化的紫陽書院，此後才在漳州、同安有了朱熹“紫陽過化”之說。
自朱熹在同安、漳州“過化”之後，屬閩南文化圈的廈門、泉州、漳州三地的理學形成了一股風起雲湧的思潮，大興孔廟，尊孔讀經，以朱熹理學為社會、人生準則，嚴重束縛了當地民眾的生命活力與創造能量。生於泉州的明代哲學家、思想家李贄就因為受不了理學之風的壓抑與摧殘，不得不遠走他鄉，隱居湖北紅安、麻城。葉落歸根，是廣大民眾無法化解的一種內在情結，而年邁的李贄正好相反，隻要一提回鄉，他的心頭就會生出無限反感乃至仇恨，矛頭直指故鄉盛行的僵化儒教與吃人理學。
在研究福建地域文化時我發現，鴉片戰爭後，同屬福建的廈門與福州作為東南沿海五口通商的其中兩個口岸，在西方文明的衝擊下，近代福州湧現出林則徐、嚴複、沈葆楨、林紓等一大批影響深遠的偉人、巨人與名人，而同樣得風氣之先的廈門卻嚴重缺席，一個也沒有。究其根源，應該說與朱熹不無關聯，正是他在閩南地區如火如荼推行的封建理學，長期以來似一道無形的枷鎖，壓抑了當地民眾的鋒芒與激情，束縛了他們的思想與個性，禁錮了他們的創造與活力。
淳熙六年（1179年）三月，朱熹前往江西星子縣，“知南康軍”。除忙於辦賑濟、減賦稅、築江堤等政事外，仍舊不忘宣揚“道學”並付諸實踐。他要求當地士民、鄉鄰、父老集會，教誡子弟修孝悌、行忠信、入事父兄、出事長上；他讓他們推擇子弟，進入他在唐代文人李渤的隱居之地複建的白鹿洞書院讀經學習；他將“父子有親，君臣有義，夫婦有別，長幼有序，朋友有信”作為“五教之目”赫然列入《白鹿洞書院學規》之中。
紹熙五年（1193年）五月，朱熹知潭州荊湖南路安撫使，時間雖隻兩個月，不僅以鎮壓與誘降相結合的方式平定了當地的農民起義，還幹了有生以來唯一的一件直接殺人事件。這本是一樁可以免卻的“差事”，因朱熹人為的幹預介入，也就顯得格外血腥殘酷。這年七月，光宗禪位，寧宗繼任，朱熹得到丞相趙汝愚密報，新皇準備召他進京擔任侍講。新皇登基，一般都要大赦天下罪犯。於是，朱熹搶在大赦令頒布之前，從獄中提出18名重犯“立斬之”。朱熹在下達立斬令時，肯定是一副怒不可遏、咬牙切齒的樣子，連眼都不會眨一下，因為這些罪犯都是有悖他心中理學原則的“大惡之人”。由此，不禁想到了孔子因政見不同誅殺少正卯之事，哪怕數一數二的大儒，麵對異己，骨子裏也是一副不能相容的殘忍。統治者定儒學於一尊，利用儒教壓製諸子百家，束縛廣大民眾，不過是儒家精義的部分擴展與發揮罷了。