近年來，腧穴研究主要集中在腧穴特異性研究、腧穴刺激方法研究與單穴研究3個方麵，其中單穴的臨床研究越來越受到人們的重視。針對“自北宋以來，針灸的‘國家標準’一直未經修訂，造成腧穴功能主治混雜錯亂、理論和臨床脫節”等現狀，國家中醫藥管理局於2003年設立了《中華人民共和國針灸穴典》（以下簡稱《穴典》）專項，其目的一是編撰出台一部國家標準的《針灸穴典》；二是針對腧穴功能主治進行臨床示範性研究，探索針灸臨床研究新思路。有關單穴的係列臨床研究由此展開。
本次以單穴為研究對象的係列臨床研究包括59項研究課題，從2003年啟動到2007年驗收完成曆經4年之久，有19個省、自治區及直轄市的618名針灸醫師及相關研究人員參加，在59個課題負責人的帶領下於134家醫院展開。研究涉及了39個臨床常用的穴位（注:手十二井穴因同用被視為一個穴位），包括36個經穴和3個經外奇穴。其通過對單穴的主治作用進行科學的驗證，為《穴典》中腧穴主治作用提供了確切的臨床依據。
單穴臨床研究概述59項課題中采用多中心、隨機、對照設計的單穴研究有52項，現對其研究情況介紹如下，其他研究在相關章節分別予以介紹。
該52項課題針對33個臨床常用、公認有效的單穴的主治作用進行了研究，它們分別是手陽明大腸經腧穴：合穀、曲池、肩髃；足陽明胃經腧穴：氣舍、天樞、足三裏、上巨虛、條口、豐隆；足太陰脾經腧穴：三陰交、地機；手少陰心經腧穴：神門；手太陽小腸經腧穴：少澤、後溪；足太陽膀胱經腧穴：肺俞、膈俞、會陽；足少陰腎經腧穴：照海；手厥陰心包經腧穴：內關；手少陽三焦經腧穴：支溝；足少陽膽經腧穴：風池、日月、環跳、丘墟；任脈腧穴：中極、中脘、膻中；督脈腧穴：大椎、百會、人中；經外奇穴：四神聰、太陽、四縫。這些研究分別涉及呼吸係統（感冒、慢性咽炎、哮喘）、心血管係統（高血壓、心髒過早搏動）、消化係統（胃腸檢查中的不良反應、慢性膽囊炎、消化性潰瘍、便秘、腸易激綜合征、潰瘍性結腸炎、小兒畏食、小兒疳證）、泌尿生殖係統（尿瀦留、良性前列腺增生症、提高分娩質量、乳汁分泌不足、子宮收縮乏力、女性尿道綜合征、原發性痛經、圍絕經期綜合征）、內分泌免疫係統（癭瘤、惡性腫瘤化療毒不良反應）、精神神經係統（中風後抑鬱、失眠、腦梗後遺症、原發性坐骨神經痛、偏頭痛、中樞性眩暈）、運動係統（肩周炎、急性腰扭傷）及其他（高脂血症、慢性蕁麻疹、牙痛、高熱、休克）等36個病症。
52項課題均通過多中心、隨機、對照的方法進行研究。其中有41項研究的治療組采用電針，10項研究治療組采用單純毫針，1項研究治療組采用艾灸。對照組設置的方法共有4類。最多的是藥物對照，共計32項：其次是不同穴位對照，共計14項；還有安慰對照3項；空白對照2項，其他1項。有40項研究結果顯示治療組療效優於對照組；11項研究顯示治療組與對照組療效相當；有1項研究結果顯示對照組療效優於治療組。在32項與藥物組進行對照的研究中共涉及了28個穴位（其中條口穴和百會穴均進行了3項研究），結果顯示12個穴位的治療作用優於藥物療法；7個穴位的治療作用與藥物療法相當；9個穴位的針刺治療能加強藥物的治療作用；1個穴位的治療作用不如藥物療法；1個穴位的治療作用在配合藥物治療時未顯效。有14個穴位采用了與不同穴位對照的研究方法，結果證實13個穴位的治療作用具有相對特異性。3項進行安慰對照的研究表明，在排除了安慰作用後，經穴均有治療作用。2項以空白組進行對照的臨床研究也證實了穴位均有治療作用。