第一卷：護衛，打敗數碼光明勢力的入侵者！
第一章：初入數碼寶貝世界！
“起床了，李昊天，第一天放假就這麼懶，快起來幫媽媽去買5斤雞蛋，3斤韭菜，4兩……”哎，可憐的李昊天，聽到這些頭都大了，好不容易買完菜回來，躺在床上看了一會電視，電視上正在演數碼寶貝，這時，李昊天被電視裏的一束強光吸入了一個地方。
李昊天醒來一看，自己周圍全是數碼寶貝，見到李昊天醒來，一隻基基獸說：“你是人類嗎？為什麼會來到數碼世界？”“什麼？這裏是數碼世界？”李昊天異常高興。“是啊，這裏是數碼世界！”基基獸回答。“啊，你怎麼有數碼暴龍機啊！”李昊天問。基基獸回答說：“我本來是13位皇家騎士中的紅蓮騎士獸，結果在一次和黑暗勢力交戰中被打敗，世界樹救了我但沒辦法讓我變成究極體，所以我在這裏等我的主人！”“你的，主人？”李昊天問。基基獸說：“世界樹說我的主人是人類，我的主人隻要一碰這個數碼暴龍機，就會使這個數碼暴龍機進化為數碼暴龍機EXB！而暴龍機上也會刻上我主人的名字！”“哦，那我碰碰看！”結果，不說大家也知道，李昊天觸摸過數碼暴龍機之後，暴龍機真的進化成了數碼暴龍機EXB，機上真的刻上了他的名字，基基獸也進化成為了基爾獸！這時，奧米加獸出現，說：“基基獸啊，找到你的主人了吧！我奉世界樹之命把你們帶到‘保衛數碼獸聯合組織’總部去!在飛行中，李昊天了解到保衛數碼獸聯合組織是由世界樹，皇家騎士，奧林匹斯12神將，4聖獸和天使獸兵團，迪路獸兵團組成的一個保衛數碼獸不被黑暗力量侵襲的組織！到了保衛數碼獸聯合組織總部了，李昊天見到了一位女孩，也拿著數碼暴龍機EXB，這個女孩的名字叫呂盈，帶著一個叫比丘獸的數碼獸，不知為什麼，李昊天一見到她便喜歡上了她！這時，世界樹對他倆說：“你們從今天起就要加入我們保衛數碼獸聯合組織了，首先你們的任務是去找屬於自己的數碼之魂，隻有有了數碼之魂才能使自己的數碼獸進化為成熟期，完全體，究極體，甚至超究極體和無限體！但是數碼之魂就在你自己身上！要在磨練中把它從體內挖掘出來！”“是！”呂盈和李昊天異口同聲地說道。“對了，你們在旅途中要尋找兩個人：孫莉和杜敬冥，他們也是被選召的孩子！隻不過被黑暗勢力抓去了！對了，最關鍵的忘了說了，找到你們數碼之魂必須先了解從什麼地方挖掘：李昊天是勇氣；呂盈是堅強；杜敬冥是責任；孫莉是夢想！好了，沒事了，你們可以踏上旅途了！”“再見！”
於是，呂盈和李昊天開始了旅程！